# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm06238.fasta.nr -Q ../query/mKIAA4046.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA4046, 1319 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7892781 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0639+/-0.000209; mu= 6.6324+/- 0.012 mean_var=172.6213+/-34.056, 0's: 35 Z-trim: 176 B-trim: 99 in 1/68 Lambda= 0.097617 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|73994495|ref|XP_859497.1| PREDICTED: similar to (1316) 7434 1060.4 0 gi|38505168|ref|NP_113933.2| restin [Rattus norveg (1320) 6416 917.1 0 gi|8247352|emb|CAB92974.1| CLIP-170 [Rattus norveg (1320) 6411 916.4 0 gi|109099108|ref|XP_001097802.1| PREDICTED: restin (1314) 6193 885.7 0 gi|114647523|ref|XP_001167071.1| PREDICTED: simila (1307) 6176 883.3 0 gi|114647521|ref|XP_001167046.1| PREDICTED: simila (1309) 6162 881.3 0 gi|73994497|ref|XP_859535.1| PREDICTED: similar to (1314) 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533.5 3.8e-148 gi|114647507|ref|XP_001167104.1| PREDICTED: restin (1387) 3691 533.3 4.1e-148 gi|266902|sp|P30622.1|CLIP1_HUMAN RecName: Full=CA (1427) 3689 533.0 5.1e-148 gi|194042904|ref|XP_001929016.1| PREDICTED: simila (1437) 3689 533.0 5.2e-148 gi|116497023|gb|AAI26306.1| CLIP1 protein [Homo sa (1438) 3689 533.0 5.2e-148 gi|119618726|gb|EAW98320.1| restin (Reed-Steinberg (1392) 3688 532.9 5.6e-148 gi|109099100|ref|XP_001098085.1| PREDICTED: restin (1427) 3683 532.2 9.2e-148 gi|180622|gb|AAA35693.1| cytoplasmic linker protei (1392) 3682 532.0 1e-147 gi|109099102|ref|XP_001097991.1| PREDICTED: restin (1392) 3682 532.0 1e-147 gi|109658674|gb|AAI17210.1| CLIP1 protein [Homo sa (1438) 3677 531.4 1.7e-147 gi|89130381|gb|AAI14214.1| CAP-GLY domain containi (1392) 3665 529.7 5.3e-147 gi|119618729|gb|EAW98323.1| restin (Reed-Steinberg ( 926) 3661 528.9 5.9e-147 gi|76638923|ref|XP_614458.2| PREDICTED: CAP-GLY do (1427) 3648 527.3 2.8e-146 gi|57105566|ref|XP_534659.1| PREDICTED: similar to (1427) 3615 522.6 7e-145 gi|73994499|ref|XP_859560.1| PREDICTED: similar to (1392) 3614 522.5 7.6e-145 gi|73994501|ref|XP_859601.1| PREDICTED: similar to (1429) 3601 520.7 2.8e-144 gi|73994491|ref|XP_859426.1| PREDICTED: similar to ( 926) 3587 518.5 8e-144 gi|134025749|gb|AAI35452.1| LOC100124823 protein [ (1150) 3291 476.9 3.3e-131 gi|49903415|gb|AAH76824.1| LOC445831 protein [Xeno (1429) 3265 473.3 4.9e-130 gi|52354715|gb|AAH82814.1| LOC494731 protein [Xeno (1489) 3250 471.2 2.2e-129 gi|126324218|ref|XP_001364504.1| PREDICTED: simila (1420) 3221 467.1 3.5e-128 gi|224071227|ref|XP_002194934.1| PREDICTED: CAP-GL (1435) 2917 424.3 2.8e-115 gi|224071225|ref|XP_002194896.1| PREDICTED: CAP-GL (1438) 2917 424.3 2.8e-115 gi|38512201|gb|AAH62543.1| CLIP1 protein [Homo sap ( 653) 2810 408.9 5.5e-111 gi|193785264|dbj|BAG54417.1| unnamed protein produ ( 472) 2700 393.3 2e-106 gi|26325878|dbj|BAC26693.1| unnamed protein produc ( 840) 2571 375.4 8.9e-101 gi|73994487|ref|XP_859351.1| PREDICTED: similar to (1215) 2246 329.8 6.9e-87 gi|5923918|gb|AAD56414.1|AF185286_1 cytoplasmic li ( 349) 2175 319.2 3e-84 gi|194214356|ref|XP_001496868.2| PREDICTED: simila (2101) 2110 310.8 5.9e-81 gi|66911955|gb|AAH97264.1| Clip1 protein [Rattus n ( 340) 2082 306.1 2.6e-80 gi|47226426|emb|CAG08442.1| unnamed protein produc ( 546) 2069 304.5 1.3e-79 >>gi|73994495|ref|XP_859497.1| PREDICTED: similar to res (1316 aa) initn: 6572 init1: 6572 opt: 7434 Z-score: 5664.5 bits: 1060.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 7434; 88.298% identity (97.340% similar) in 1316 aa overlap (5-1319:1-1316) 10 20 30 40 50 60 mKIAA4 PPENMSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPFSETQEEFVD ::::::::::::::::::::::::::::..::::.: :::::: : ::.:::::: gi|739 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAVVAPVERTTSSEKASGTPSSEAQEEFVD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 mKIAA4 DFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|739 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::::::::::::::::::::::::.:::::..::::::: gi|739 CDICDCFDLHDTEDCPTQAQASEDPPHSTHHGSRSEERPYCEICEVFGHWASHCNDDETF 1260 1270 1280 1290 1300 1310 >>gi|38505168|ref|NP_113933.2| restin [Rattus norvegicus (1320 aa) initn: 5885 init1: 2888 opt: 6416 Z-score: 4889.7 bits: 917.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 7514; 90.066% identity (93.010% similar) in 1359 aa overlap (5-1319:1-1320) 10 20 30 40 50 60 mKIAA4 PPENMSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPFSETQEEFVD ::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::: ::::::::: gi|385 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPLEKTVPSEKASGPPSSETQEEFVD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 mKIAA4 DFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|385 DFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKG 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 mKIAA4 IFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQAAPGRTASPLSTAAATMVSSSPATPSNIPHKPSQSTAK ::::::::::::::::::::::.: .:.:::::::::::::::::::::::.:::: .:: gi|385 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