FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA4142.ptfa, 1639 aa vs ./tmplib.26680 library 1767378 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3174+/-0.00615; mu= 7.6589+/- 0.408 mean_var=190.0163+/-44.896, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0930 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0816 ( 1168 res) mbg21892 (1168) 2757 384 1.2e-106 mKIAA0163 ( 466 res) mph02463 ( 466) 254 47 8.9e-06 >>mKIAA0816 ( 1168 res) mbg21892 (1168 aa) initn: 1943 init1: 1496 opt: 2757 Z-score: 2007.0 bits: 383.8 E(): 1.2e-106 Smith-Waterman score: 2757; 48.063% identity (48.771% ungapped) in 826 aa overlap (58-876:63-883) 30 40 50 60 70 80 mKIAA4 TAPTRAPPPPPPPLLLLVLYCSLVPAAASPLLLFANRRDVRLVDAGGVKLESTIVA-SGL .:::: : :.: .. : . .. . . mKIAA0 CLPSGQNYTCACPTGFRKINSHACAQSLDKFLLFARRMDIRRISFDTEDLSDDVIPLADV 40 50 60 70 80 90 90 100 110 120 130 140 mKIAA4 EDAAAVDFQFSKGAVYWTDVSEEAIKQTYLNQTGAAAQNIVI-SGLVSPDGLACDWVGKK ..:.:.:.. ::::::: ..:... . :: :..:. ..: :: ::: ::: .: mKIAA0 RSAVALDWDSRDDHVYWTDVSTDTISRAKWDGTG---QEVVVDTSLESPAGLAIDWVTNK 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 mKIAA4 LYWTDSETNRIEVANLNGTSRKVLFWQDLDQPRAIALDPAHGYMYWTDWGEAPRIERAGM :::::. :.:::::: .:. : ::.:..::.:: :...: ::::::::: .:.:::::: mKIAA0 LYWTDAGTDRIEVANTDGSMRTVLIWENLDRPRDIVVEPMGGYMYWTDWGASPKIERAGM 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 mKIAA4 DGSTRKIIVDSDIYWPNGLTIDLEEQKLYWADAKLSFIHRANLDGSFRQKVVEGSLTHPF :.:.:..:..:.. :::::.:: :.:::::: .. :. :.:::: :. .. ..: ::: mKIAA0 DASSRQVIISSNLTWPNGLAIDYGSQRLYWADAGMKTIEFAGLDGSKRKVLIGSQLPHPF 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 mKIAA4 ALTLSGDTLYWTDWQTRSIHACNKWTGEQRKEILSALYSPMDIQVLSQERQPPFHTPCEE .::: :. .:::::::.::.. .. :: .:. . : . :::.:. ..: :: : : mKIAA0 GLTLYGQRIYWTDWQTKSIQSADRLTGLDRETLQENLENLMDIHVFHRQR-PPVTTLCAV 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 mKIAA4 DNGGCSHLCLLSPREPFYSCACPTGVQLQDNGKTCKTGAEEVLLLARRTDLRRISLDTPD .::::::::: :: .::.::::..: .::::. : . :..::: :.: .::: : mKIAA0 ENGGCSHLCLRSPNPSGFSCTCPTGINLLRDGKTCSPGMNSFLIFARRIDVRMVSLDIPY 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 mKIAA4 FTDIVLQVG-DIRHAIAIDYDPLEGYVYWTDDEVRAIRRAYLDGSGAQTLVNTEINDPDG :.:.:. .. ....::: ::::: :::.:. .. : :: :::: . ...: .. :: mKIAA0 FADVVVPINMTMKNTIAIGVDPLEGKVYWSDSTLHRISRASLDGSQHEDIITTGLQTTDG 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 mKIAA4 IAVDWVARNLYWTDTGTDRIEVTRLNGTSRKILVSEDLDEPRAIVLHPVMGLMYWTDWGE .::: ..:..:::::::.:::: :.:. ::.:: ..:: ::::::. ::.:::::::: mKIAA0 LAVDAIGRKVYWTDTGTNRIEVGNLDGSMRKVLVWQNLDSPRAIVLYHEMGFMYWTDWGE 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 mKIAA4 NPKIECANLDGRDRHVLVNTSLGWPNGLALDLQEGKLYWGDAKTDKIEVINIDGTKRKTL : :.: ...:: :: ::.:..:::::::..: ..: :.::.:..::: ...:..:.:: mKIAA0 NAKLERSGMDGSDRTVLINNNLGWPNGLTVDKTSSQLLWADAHTERIEVADLNGANRHTL 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 mKIAA4 LEDKLPHIFGFTLLGDFIYWTDWQRRSIERVHKVKASRDVII-DQLPDLMGLKAVNVAKV . . . : .:.::: ..::::::: :::.:. : .: ... ..:: :: ..::. :. mKIAA0 V-SPVQHPYGLTLLDSYIYWTDWQTRSIHRADKSTGSNVILVRSNLPGLMDIQAVDRAQP 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 mKIAA4 VGTNPCADGNGGCSHLCFFTPRATKCGCPIGLELLSDMKTC-IIPEAFLVFTSRATIHRI .: : :.. ::::::::. : . .:.:: :..: .: ::: ::..:.:.::..:.:: mKIAA0 LGFNKCGSRNGGCSHLCLPRPSGFSCACPTGIQLKGDRKTCDPSPETYLLFSSRGSIRRI 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 mKIAA4 SLETNNN-DVAIPLTGVKEASALDFDVSNNHIYWTDVSLKTISRAFMNGSSVEHVIEFGL ::.:... :: .:. :.... .::.: ....:.::: : .: :: .:::..: :: :: mKIAA0 SLDTDDHTDVHVPVPGLNNVISLDYDSVHGKVYYTDVFLDVIRRADLNGSNMETVIGHGL 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 mKIAA4 DYPEGMAVDWMGKNLYWADTGTNRIEVARLDGQFRQVLVWRDLDNPRSLALDPTKGYIYW .:.::::...::::.::: : ::..::::. :.::. .::.::..:. : :::..: mKIAA0 KTTDGLAVDWVARNLYWTDTGRNTIEASRLDGSCRKVLINNSLDEPRAIAVFPRKGYLFW 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 mKIAA4 TEWGGKPRIVRAFMDGTNCMTLVDK-VGRANDLTIDYADQRLYWTDLDTNMIESSNMLGQ :.:: .: :: .::.. .:.. .: : ::.:: .:.::.: . :::... :. mKIAA0 TDWGHIAKIERANLDGSERKVLINTDLGWPNGLTLDYDTRRIYWVDAHLDRIESADLNGK 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 mKIAA4 ERMVIADDLPYPFGLTQYSDYIYWTDWNLHSIERADKTSGRNRTLIQGHLDFVMDILVFH :.:... . .::.::. mKIAA0 LRQVLVSHVSHPFALTNGGCTHLCFARASDFVCACPDEPDGHPCSLVPGLVPPAPRATSM 870 880 890 900 910 920 >>mKIAA0163 ( 466 res) mph02463 (466 aa) initn: 273 init1: 207 opt: 254 Z-score: 196.1 bits: 47.4 E(): 8.9e-06 Smith-Waterman score: 254; 37.607% identity (40.741% ungapped) in 117 aa overlap (1260-1372:3-114) 1230 1240 1250 1260 1270 1280 mKIAA4 EVSLEEFSAHPCARDNGGCSHICIAKGDGTPRCSCPVHLVLLQNLLTCGEP--P--TCSP :. . . :.:. .:: :: : :.: mKIAA0 MVPKADSGAFLLLFLLVLTVTEPLRPELRCNP 10 20 30 1290 1300 1310 1320 1330 1340 mKIAA4 DQFACTTGEIDCIPGAWRCDGFPECADQSDEEGCPVCSASQFPCARGQCVDLRLRCDGEA :::: : :.::: :.:::.: : :.::: :: .. : .. . :::: .:.: mKIAA0 GQFACHGGTIQCIPLPWQCDGWPTCEDKSDEADCPEVTGEARPYGK-ETVDLR---QGRA 40 50 60 70 80 1350 1360 1370 1380 1390 1400 mKIAA4 DCQDRSDEANCDAVCLPNQFRCTSGQCVLIKQQCDSFPDCADGSDELMCEINKPPSDDIP : . . . : : .: :.: mKIAA0 RGGDPTHFHTVN-VAQPVRFSSFLGKCPSGWHHYEGTASCYRVYLSGENYWDAAQTCQRV 90 100 110 120 130 140 1639 residues in 1 query sequences 1767378 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 11:03:11 2006 done: Mon Mar 27 11:03:12 2006 Scan time: 1.200 Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]