# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm05283.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0922.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0922, 1346 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7915229 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5894+/-0.000192; mu= 13.3805+/- 0.011 mean_var=95.2774+/-18.185, 0's: 42 Z-trim: 58 B-trim: 140 in 1/65 Lambda= 0.131395 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|38566238|gb|AAH62940.1| D930015E06Rik protein [ (1386) 8980 1713.7 0 gi|109464986|ref|XP_001054490.1| PREDICTED: simila (1533) 8261 1577.5 0 gi|123787495|sp|Q3U3D7.1|T131L_MOUSE RecName: Full (1597) 7173 1371.3 0 gi|33989624|gb|AAH56491.1| D930015E06Rik protein [ ( 883) 5998 1148.3 0 gi|194208388|ref|XP_001499777.2| PREDICTED: simila (1461) 5592 1071.5 0 gi|196114949|ref|NP_001124479.1| hypothetical prot (1610) 5492 1052.6 0 gi|182691583|sp|A2VDJ0.2|T131L_HUMAN RecName: Full (1609) 5480 1050.3 0 gi|182691582|sp|Q08DV9.2|T131L_BOVIN RecName: Full (1598) 5069 972.4 0 gi|148683467|gb|EDL15414.1| mCG18092 [Mus musculus (1064) 4935 946.9 0 gi|193787309|dbj|BAG52515.1| unnamed protein produ (1054) 4718 905.7 0 gi|126331471|ref|XP_001375836.1| PREDICTED: hypoth (1612) 4546 873.3 0 gi|12053359|emb|CAB66866.1| hypothetical protein [ (1239) 4540 872.0 0 gi|19484191|gb|AAH23391.1| D930015E06Rik protein [ ( 659) 4466 857.8 0 gi|149048255|gb|EDM00831.1| rCG62627 [Rattus norve (1035) 4342 834.4 0 gi|26354024|dbj|BAC40642.1| unnamed protein produc ( 953) 4190 805.6 0 gi|224049638|ref|XP_002196391.1| PREDICTED: hypoth (1533) 4182 804.3 0 gi|118089752|ref|XP_420366.2| PREDICTED: hypotheti (1686) 4093 787.4 0 gi|26342641|dbj|BAC34977.1| unnamed protein produc ( 774) 3679 708.6 3.9e-201 gi|193788423|dbj|BAG53317.1| unnamed protein produ ( 895) 2716 526.1 3.9e-146 gi|165971482|gb|AAI58192.1| LOC100144926 protein [ (1055) 2611 506.3 4.3e-140 gi|47124889|gb|AAH70588.1| 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896) 711 146.1 1e-31 gi|148683466|gb|EDL15413.1| mCG18095 [Mus musculus ( 312) 671 138.1 9e-30 gi|212515008|gb|EEB17219.1| transmembrane protein, (1845) 664 137.4 8.3e-29 gi|149048253|gb|EDM00829.1| rCG62490, isoform CRA_ ( 312) 632 130.7 1.5e-27 >>gi|38566238|gb|AAH62940.1| D930015E06Rik protein [Mus (1386 aa) initn: 6058 init1: 4852 opt: 8980 Z-score: 9194.7 bits: 1713.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 8980; 99.406% identity (99.703% similar) in 1346 aa overlap (1-1346:43-1386) 10 20 30 mKIAA0 RVSTEGSAEQLPNAYFLLPQVQSIQLSQTQ :::::::::::::::::::::::::::::: gi|385 TEEGSIESSLFINTSSHGVFSYHVSGVGTRRVSTEGSAEQLPNAYFLLPQVQSIQLSQTQ 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 AETTNTSLLRVQLECSLHNKVCQQLKSCSLGSDDALHLEMNIIVAVENSSKQPEENTQAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|385 AETTNTSLLRVQLECSLHNKVCQQLKSCSLGSDDALHLEMNIIVAVENSSKQPEENTQAL 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 mKIAA0 LDHLSIVYVATDESDTSDESAVNMYVLHSGNSLIWIQDIHHFSQKNVLSLQFEPVLLSTS 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