FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0840.ptfa, 523 aa vs ./tmplib.26680 library 1768494 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2811+/-0.00559; mu= 9.0912+/- 0.374 mean_var=152.7332+/-35.397, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 2 in 1/35 Lambda= 0.1038 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4147 ( 506 res) mni01012 ( 506) 519 89 7.3e-19 mKIAA3014 ( 1304 res) mbg08774 (1304) 172 38 0.0059 >>mKIAA4147 ( 506 res) mni01012 (506 aa) initn: 853 init1: 333 opt: 519 Z-score: 431.0 bits: 89.3 E(): 7.3e-19 Smith-Waterman score: 643; 29.387% identity (31.881% ungapped) in 473 aa overlap (53-513:1-448) 30 40 50 60 70 mKIAA0 QGGGGHDGDRMGANNGKQYGSEGKGSSSVSSDVSSSTDHTPTKAQRNVATSEDSDL---- :: .:: .:: . . : : : : mKIAA4 SDWQSSRPRTPRAVVEAPAGLERSLLRVGR 10 20 30 80 90 100 110 120 130 mKIAA0 -SMRTLSTPSPALICP-PTL-PGFQNGRGSSTSSSSITGETVAMVHSPPPTRLTHPLIRL :. : : :: : :.: : : . . .. .: :.. .:. .. mKIAA4 ASLALLPPPPPAPGTPGPALAPIFALRTPQRPARAAPAGPMRRDVNGVTKSRF-----EM 40 50 60 70 80 140 150 160 170 180 190 mKIAA0 ASRPQKEQASIDR-LPDHSMVQIFSFLPTNQLCRCARVCRRWYNLAWDPRLWRTIRLTGE : ....: :.. :: . ...::::: . :::::.: : : :: : :. : : mKIAA4 FS--NSDEAVINKKLPKELLLRIFSFLDVVTLCRCAQVSRAWNVLALDGSNWQRIDLFDF 90 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 mKIAA0 TINVD-RALKVLTRRLCQDTPNVCLMLETVIVSGCRRLTDRGLYTIAQCCPELRRLEVSG ... :... ...: : .:. . . :: . : .: :.:: : ... : ..: mKIAA4 QRDIEGRVVENISKR-CGG------FLRKLSLRGCLGVGDNALRTFAQNCRNIEVLSLNG 150 160 170 180 190 260 270 280 290 300 310 mKIAA0 CYNISNEAVFDVVSLCPNLEHLDVSGCSKVTCISLTREASIKLSPLHGKQISIRYLDMTD : . .. . .. ..: .:.:::...:...: .:: .: . :: .:..: . :. mKIAA4 CTKTTDATCTSLSKFCSKLRHLDLASCTSITNMSL--KALSEGCPLL-EQLNISWCDQ-- 200 210 220 230 240 250 320 330 340 350 360 370 mKIAA0 CFVLEDEGLHTIAAHCTQLTHLYLRRCVRLTDEGLRYLVIYCTSIKELSVSDCRFVSDFG : .: :..... : : :.:. :..: ::.:.:. .: . :... : ..: : mKIAA4 --VTKD-GIQALVRGCGGLKALFLKGCTQLEDEALKYIGAHCPELVTLNLQTCLQITDEG 260 270 280 290 300 380 390 400 410 420 430 mKIAA0 LREIAKLESRLRYLSIAHCGRITDVGIRYVAKYCSKLRYLNARGCEGITDHGVEYLAKNC : : . .:. : . :. :::. . ... : .:: :.. : .:: : ::.:: mKIAA4 LITICRGCHKLQSLCASGCSNITDAILNALGQNCPRLRILEVARCSQLTDVGFTTLARNC 310 320 330 340 350 360 440 450 460 470 480 490 mKIAA0 TKLKSLDIGKCPLVSDTGLESLALNCFNLKRLSLKSCESITGQGLQIV--AANCFD-LQM .:...:. .: ..:. : .:...: :. :::. :: :: .:.. . .: : :.. mKIAA4 HELEKMDLEECVQITDSTLIQLSIHCPRLQVLSLSHCELITDDGIRHLGNGACAHDQLEV 370 380 390 400 410 420 500 510 520 mKIAA0 LNVQDCEVSVEALRFVKRHCKRCVIEHTNPAFF .....: . ..: .: : : mKIAA4 IELDNCPLITDA---SLEHLKSCHSLERIELYDCQQITRAGIKRLRTHLPNIKVHAYFAP 430 440 450 460 470 480 >>mKIAA3014 ( 1304 res) mbg08774 (1304 aa) initn: 256 init1: 124 opt: 172 Z-score: 145.4 bits: 37.9 E(): 0.0059 Smith-Waterman score: 243; 24.812% identity (28.947% ungapped) in 399 aa overlap (51-412:914-1292) 30 40 50 60 70 80 mKIAA0 SVQGGGGHDGDRMGANNGKQYGSEGKGSSSVSSDVSSSTDHTPTKAQRNVATSEDSDLSM .:...:. .: :.. ..: .. .. mKIAA3 TAGPSTEGAEGPEEKKKVKMRRKRRLVNKELSKELSKELNHEIQKTESTLAHESQQPIKS 890 900 910 920 930 940 90 100 110 120 130 mKIAA0 RTLS---TPS-PALIC--PPTLPGFQNGRGSSTSSSSITG-ETVAMVHSPPPTRLTHP-- . : :. : : : . :: : : .. : : :: . : mKIAA3 EPESENDEPKRPLSHCERPHRFSKGLNGTPRELRHSLGPGLRSPPRVMSRPPPSASPPKC 950 960 970 980 990 1000 140 150 160 170 mKIAA0 --LIRLASRPQKEQASIDRLP--D---HSM-----VQIFSFLPTNQLCRCARVCRRWYNL . : . :: . : :: : : : . .::.: .:: : :::: : mKIAA3 IQMERHVIRPPPISPPPDSLPLDDGAAHVMHREVWMAVFSYLSHRDLCVCMRVCRTWNRW 1010 1020 1030 1040 1050 1060 180 190 200 210 220 230 mKIAA0 AWDPRLWRTIRLTGETINVDRALKVLTRRLCQDTPNVCLMLETVIVSGCRRLTDRGLYTI : ::: : :. . :. . :: : : : : . .: . : . mKIAA3 CCDKRLWTRIDLNRCKSITPLMLSGIIRR----QP-VSLDLSWTNIS------KKQLSWL 1070 1080 1090 1100 1110 240 250 260 270 280 290 mKIAA0 AQCCPELRRLEVSGCYNISNEAVFDVVSLCPNLEHLDVSGCSKVTCISLTREASIKLSPL . : :: : .::: :. :. . : :: :. :::. . .. : . mKIAA3 INRLPGLRDLVLSGCSWIAVSALCS--SSCPLLRTLDVQWVEGLKDAQMRDLLSPPTDNR 1120 1130 1140 1150 1160 1170 300 310 320 330 340 mKIAA0 HGKQ---------ISIRY--LDMTDCFVLEDEGLHTIAAHCTQLTHLYLRRCVRLTDEGL :.. . .: ::.:: .:. : : :..: : : ...:... mKIAA3 PGQMDNRSKLRNIVELRLAGLDITDV------SLRLIIRHMPLLSKLQLSYCNHINDQSI 1180 1190 1200 1210 1220 350 360 370 380 390 400 mKIAA0 RYLVIYCT----SIKELSVSDCRFVSDFGLREIAKLESRLRYLSIAHCGRITDVGI-RYV :. : :. :...::: :.:. : . . . . .... .: ..: : ... mKIAA3 NLLTAVGTTTRDSLTEVNLSDCNKVTDLCLSFFKRC-GNICHIDLRYCKQVTKEGCEQFI 1230 1240 1250 1260 1270 1280 410 420 430 440 450 460 mKIAA0 AKYCSKLRYLNARGCEGITDHGVEYLAKNCTKLKSLDIGKCPLVSDTGLESLALNCFNLK :.. .... mKIAA3 AEMSVSVQFGQVEEKLLQKLS 1290 1300 523 residues in 1 query sequences 1768494 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:30:02 2006 done: Mon Mar 27 10:30:02 2006 Scan time: 0.730 Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]