# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm02067.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1548.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mKIAA1548, 789 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7919422 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2520+/-0.000193; mu= 12.8926+/- 0.011
mean_var=75.2441+/-14.967, 0's: 37 Z-trim: 45 B-trim: 1410 in 2/66
Lambda= 0.147856
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|75050384|sp|Q9MYU8.1|E41L5_CANFA RecName: Full= ( 505) 2709 587.6 4.2e-165
gi|75057558|sp|Q58CU2.1|E41L5_BOVIN RecName: Full= ( 502) 2636 572.0 2e-160
gi|223647792|gb|ACN10654.1| Band 4.1-like protein ( 766) 2567 557.4 7.6e-156
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gi|118093800|ref|XP_422083.2| PREDICTED: similar t ( 502) 2535 550.5 6.2e-154
gi|195539962|gb|AAI67959.1| Epb41l5 protein [Xenop ( 747) 2382 517.9 5.7e-144
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gi|37682117|gb|AAQ97985.1| erythrocyte membrane pr ( 772) 2361 513.5 1.3e-142
gi|125826061|ref|XP_001343472.1| PREDICTED: simila ( 772) 2361 513.5 1.3e-142
gi|33416630|gb|AAH55968.1| Epb4.1l5 protein [Xenop ( 498) 2357 512.5 1.7e-142
gi|149637751|ref|XP_001509941.1| PREDICTED: hypoth ( 820) 1969 429.9 2e-117
gi|73971944|ref|XP_532028.2| PREDICTED: similar to ( 914) 1942 424.2 1.2e-115
gi|119579448|gb|EAW59044.1| erythrocyte membrane p ( 881) 1933 422.2 4.4e-115
gi|209572611|sp|Q9H329.2|E41LB_HUMAN RecName: Full ( 900) 1933 422.2 4.4e-115
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gi|149739724|ref|XP_001491824.1| PREDICTED: erythr ( 833) 1929 421.4 7.5e-115
gi|194669706|ref|XP_597526.4| PREDICTED: similar t ( 868) 1910 417.3 1.3e-113
gi|209572833|sp|B2RYE5.1|E41LB_RAT RecName: Full=B ( 527) 1864 407.3 7.9e-111
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gi|126333970|ref|XP_001364211.1| PREDICTED: simila ( 898) 1860 406.7 2.2e-110
gi|123229182|emb|CAM19970.1| erythrocyte protein b ( 527) 1857 405.8 2.2e-110
gi|30172954|sp|Q9JMC8.1|E41LB_MOUSE RecName: Full= ( 527) 1856 405.6 2.6e-110
gi|119579447|gb|EAW59043.1| erythrocyte membrane p ( 499) 1852 404.8 4.5e-110
gi|12002686|gb|AAG43368.1|AF153418_1 FERM-containi ( 504) 1852 404.8 4.5e-110
gi|55664811|emb|CAH71093.1| erythrocyte membrane p ( 518) 1852 404.8 4.6e-110
gi|8096551|dbj|BAA96079.2| EHM2 [Homo sapiens] ( 518) 1851 404.6 5.3e-110
gi|74227227|dbj|BAE38378.1| unnamed protein produc ( 524) 1848 403.9 8.4e-110
gi|148670301|gb|EDL02248.1| mCG3043 [Mus musculus] ( 464) 1824 398.8 2.6e-108
gi|118086655|ref|XP_419046.2| PREDICTED: similar t ( 839) 1819 397.9 8.8e-108
gi|114626099|ref|XP_520178.2| PREDICTED: erythrocy ( 925) 1790 391.7 6.9e-106
>>gi|148707867|gb|EDL39814.1| erythrocyte protein band 4 (783 aa)
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Smith-Waterman score: 5089; 98.986% identity (98.986% similar) in 789 aa overlap (1-789:3-783)
10 20 30 40 50
mKIAA1 QGGLAPCAAISRCLWRPVLSSSRLGISLRGSRVPVAVVSVASRCSPPSTEMLSFLRRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
mKIAA1 LGRRSMRKHAEKERLREAQRAATHIPAAGDAKSIITCRVSLLDGTDVSVDLPKKAKGQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 LGRRSMRKHAEKERLREAQRAATHIPAAGDAKSIITCRVSLLDGTDVSVDLPKKAKGQEL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
mKIAA1 FDQIMYHLDLIESDYFGLRFMDSAQVAHWLDGTKSIKKQVKIGSPYCLHLRVKFYSSEPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 FDQIMYHLDLIESDYFGLRFMDSAQVAHWLDGTKSIKKQVKIGSPYCLHLRVKFYSSEPN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 NLREELTRYLFVLQLKQDILSGKLECPFDTAVQLAAYNLQAELGDYDLAEHSPELVSEFR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 FVPIQTEEMELAIFEKWKEYRGQTPAQAETNYLNKAKWLEMYGVDMHVVKARDGNDYSLG
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300 310 320 330 340 350
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 LTPTGVLVFEGETKIGLFFWPKITRLDFKKNKLTLVVVEDDDQGKEQEHTFVFRLDHPKA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 CKHLWKCAVEHHAFFRLRGPVQKSSHRSGFIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNKARRSTSFE
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
mKIAA1 RRPSKRYSRRTLQMKASTTQPEDLGRFSSLLYSVLNASAQKSDSQQAWGVMSPVPVTSSS
::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
gi|148 RRPSKRYSRRTLQMKASTTQPEDLG--------VLNASAQKSDSQQAWGVMSPVPVTSSS
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
mKIAA1 SCGAVQVEIENLPQTSATEQHDRKCLPLSVDLLNSPDLLETTIGDVTRTSETSAPFPAPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 SCGAVQVEIENLPQTSATEQHDRKCLPLSVDLLNSPDLLETTIGDVTRTSETSAPFPAPD
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
mKIAA1 TINVATRSNELEEFKAECETLKDDTEKLKQLETEQTILPSLRPTIDINVNSQEEVVKLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 TINVATRSNELEEFKAECETLKDDTEKLKQLETEQTILPSLRPTIDINVNSQEEVVKLTE
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
mKIAA1 KCLNNAIENPALNAVKVPPDFKSNILKAQVEAVHKVTREDSLLTHKNASVQDAATNSTAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 KCLNNAIENPALNAVKVPPDFKSNILKAQVEAVHKVTREDSLLTHKNASVQDAATNSTAF
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
mKIAA1 NENDVPVCKDSLTPVHGTAADSASVLKDATDELDALLLSLTENLMDHTVTPQVSSPSMIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 NENDVPVCKDSLTPVHGTAADSASVLKDATDELDALLLSLTENLMDHTVTPQVSSPSMIT
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720 730 740 750 760 770
mKIAA1 PRWIIPQSATISNGLAGYGASLAGTDECSQKDGFSLISPPAPFLVDAVTSSAPPLPEDST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|148 PRWIIPQSATISNGLAGYGASLAGTDECSQKDGFSLISPPAPFLVDAVTSSAPPLPEDST
720 730 740 750 760 770
780
mKIAA1 LKQKCLLTTEL
:::::::::::
gi|148 LKQKCLLTTEL
780
>>gi|81873727|sp|Q8BGS1.1|E41L5_MOUSE RecName: Full=Band (731 aa)
initn: 2619 init1: 2619 opt: 4753 Z-score: 5474.6 bits: 1023.7 E(): 0
Smith-Waterman score: 4753; 98.917% identity (98.917% similar) in 739 aa overlap (51-789:1-731)
30 40 50 60 70 80
mKIAA1 SSRLGISLRGSRVPVAVVSVASRCSPPSTEMLSFLRRTLGRRSMRKHAEKERLREAQRAA
::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 ITRLDFKKNKLTLVVVEDDDQGKEQEHTFVFRLDHPKACKHLWKCAVEHHAFFRLRGPVQ
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mKIAA1 KSSHRSGFIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNKARRSTSFERRPSKRYSRRTLQMKASTTQPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 KSSHRSGFIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNKARRSTSFERRPSKRYSRRTLQMKASTTQPE
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::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 RKCLPLSVDLLNSPDLLETTIGDVTRTSETSAPFPAPDTINVATRSNELEEFKAECETLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 DDTEKLKQLETEQTILPSLRPTIDINVNSQEEVVKLTEKCLNNAIENPALNAVKVPPDFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 SNILKAQVEAVHKVTREDSLLTHKNASVQDAATNSTAFNENDVPVCKDSLTPVHGTAADS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 ASVLKDATDELDALLLSLTENLMDHTVTPQVSSPSMITPRWIIPQSATISNGLAGYGASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 AGTDECSQKDGFSLISPPAPFLVDAVTSSAPPLPEDSTLKQKCLLTTEL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 AGTDECSQKDGFSLISPPAPFLVDAVTSSAPPLPEDSTLKQKCLLTTEL
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>>gi|26330111|dbj|BAC28794.1| unnamed protein product [M (731 aa)
initn: 2608 init1: 2608 opt: 4742 Z-score: 5461.9 bits: 1021.4 E(): 0
Smith-Waterman score: 4742; 98.782% identity (98.782% similar) in 739 aa overlap (51-789:1-731)
30 40 50 60 70 80
mKIAA1 SSRLGISLRGSRVPVAVVSVASRCSPPSTEMLSFLRRTLGRRSMRKHAEKERLREAQRAA
::::::::::::::::::::::::::::::
gi|263 MLSFLRRTLGRRSMRKHAEKERLREAQRAA
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90 100 110 120 130 140
mKIAA1 THIPAAGDAKSIITCRVSLLDGTDVSVDLPKKAKGQELFDQIMYHLDLIESDYFGLRFMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|263 THIPAAGDAKSIITCRVSLLDGTDVSVDLPKKAKGQELFDQIMYHLDLIESDYFGLRFMD
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mKIAA1 SAQVAHWLDGTKSIKKQVKIGSPYCLHLRVKFYSSEPNNLREELTRYLFVLQLKQDILSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 KLECPFDTAVQLAAYNLQAELGDYDLAEHSPELVSEFRFVPIQTEEMELAIFEKWKEYRG
:::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|263 KLECPFDTAVQLAAYNLQAELGYYDLAEHSPELVSEFRFVPIQTEEMELAIFEKWKEYRG
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mKIAA1 QTPAQAETNYLNKAKWLEMYGVDMHVVKARDGNDYSLGLTPTGVLVFEGETKIGLFFWPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|263 QTPAQAETNYLNKAKWLEMYGVDMHVVKARDGNDYSLGLTPTGVLVFEGETKIGLFFWPK
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
mKIAA1 ITRLDFKKNKLTLVVVEDDDQGKEQEHTFVFRLDHPKACKHLWKCAVEHHAFFRLRGPVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|263 ITRLDFKKNKLTLVVVEDDDQGKEQEHTFVFRLDHPKACKHLWKCAVEHHAFFRLRGPVQ
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
mKIAA1 KSSHRSGFIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNKARRSTSFERRPSKRYSRRTLQMKASTTQPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|263 KSSHRSGFIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNKARRSTSFERRPSKRYSRRTLQMKASTTQPE
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480 490 500
mKIAA1 DLGRFSSLLYSVLNASAQKSDSQQAWGVMSPVPVTSSSSCGAVQVEIENLPQTSATEQHD
::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|263 DLG--------VLNASAQKSDSQQAWGVMSPVPVTSSSSCGAVQVEIENLPQTSATEQHD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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. : :: :::::..:::::::. ::::::: :: : : :: :::::.::..:::
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.::. :.::::::::::::::::::::::::::: ::.:::::::::::
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.:. . :.:.:.. ::::::. : .::. : : . : ::::::::. .:.:::
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.:. . :.:.:.. ::::::. : .::. : : . : ::::::::. .:.:::
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:.: . ..:::.:::::::::::::::::.: : :...:::::::::::
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gi|114 SAQVAHWLDGTKSIKKQVKIGSPYCLHLRVKFYSSEPNNLREELTRYLFVLQLKQDILSG
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.:. . :.:.:.. ::::::. : .::. : : . : ::::::::. .:.:::
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:.: . ..:::.:::::::::::::::::.: : :...:::::::::::
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:: . .... ::.::::::::::::: :: : :...:::::::::::
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gi|104 FTDH
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