FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA3013.ptfa, 1461 aa vs ./tmplib.26680 library 1767556 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.9052+/-0.00908; mu= -18.1841+/- 0.600 mean_var=554.9669+/-132.895, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0544 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1542 ( 1085 res) mpg00592 (1085) 614 64 1.9e-10 mFLJ00034 ( 1255 res) mfj27008 (1255) 425 49 6.1e-06 >>mKIAA1542 ( 1085 res) mpg00592 (1085 aa) initn: 611 init1: 377 opt: 614 Z-score: 280.1 bits: 64.0 E(): 1.9e-10 Smith-Waterman score: 616; 26.131% identity (28.640% ungapped) in 685 aa overlap (806-1461:427-1080) 780 790 800 810 820 mKIAA3 ECDSFCSDQNESEVESSANTDSKQLSENSVPHSSEDKLSSDPAVEKVE------TVAQPA : ..::..: : . : :: .:. mKIAA1 SDLEQEGLGEIEPTEIRGSTARTQRPPPPDPWDDEDEVSCTPFFGSEERTVTCVTVEEPG 400 410 420 430 440 450 830 840 850 860 870 880 mKIAA3 ESLVDKAPKPRTRR-SRFHSPSTTWSPNKDAAQEKRRAQSPSPKRETVVESQSSQSPSPK ::. :.: .:.. : . ..... . : .. . :.... : : ..: . mKIAA1 VLPSPDAPQITTHRIVEFRASSRS----RSTSSSRSRKKTKKKKKKVAREHQRTRSST-- 460 470 480 490 500 510 890 900 910 920 930 940 mKIAA3 RESARGRRKSRSLSPKKDVARERRQSRSPKRENAREAKRSESGSPRRDTSRENQRSQSRV : ..: : :::.:: . .:..... .:... . :.. . :: . .: . : mKIAA1 RSGSRDRT-SRSVSPVAEEHTRRHRAKTKSRRSSSDRASSQDRAKRRKDRDDRDREHRRG 520 530 540 550 560 950 960 970 980 990 1000 mKIAA3 KDSSSREKSRSRSRERESDREAQRRERDRERRARRWSRSRSRSRSPSRLRT-KSKSSSFG . . .: . .:::: . .:.... :: :: : ::::. : : : : . : mKIAA1 SWGHGRCRRKSRSRSGSPGSSSCERHESK-RRKRRHSGSRSRGSSLERDRRHKHRERSRE 570 580 590 600 610 620 1010 1020 1030 1040 1050 1060 mKIAA3 RNERDNYSPRWKER--WTNDGWRCPRGNDRYRRNDSEKQNENTRNEKNDITADSNDPSST : .... : .:: : . : : . : :: :... .. ..:. . : :.. mKIAA1 RMDKQESVTRSRERRRWRS---RSPSLEHRPRRPPSREKRAHSPEKKGPVREVSPAPATQ 630 640 650 660 670 680 1070 1080 1090 1100 1110 mKIAA3 DKHRSD----CPSWVTEKINSGPDPRTRNPE----KLKDSHWEENRNENSGNSWTKNFGP . :.: :.: .. :. . :: :. . : .. : mKIAA1 GESRQDGDHSAEPPVSE-VSVLPEVVSVLPEVVVADLNPPEVPPVLAEPVAHV------P 690 700 710 720 730 1120 1130 1140 1150 1160 1170 mKIAA3 GWMSSRGRGGRGKGAYRGNFACNDQSENRWQSRTPLSGSDSFKSAEQQPSKRKSEQELSF .. :... :. . ..: . . .:. : .:....: . . . mKIAA1 EDLD------YGESVEAGHVFEDFSNEAIFIQLDDMSSPPSPESTDSSPERDFPPNPILP 740 750 760 770 780 790 1180 1190 1200 1210 1220 1230 mKIAA3 GTAADRSGWTSASSWAVRKTLPADVQSYYSSGPQSGWMRQEEETPEQDSNLKDQTNQVDG .. .. :. :..:: .. . ::. ... .::. :. mKIAA1 PASLPQD---STLPTIQREVLPIHSEDISKPVPQA-LAPSDQSLLKQDTVEITTTTPSTP 800 810 820 830 840 1240 1250 1260 1270 1280 1290 mKIAA3 SQLPVNMMQPHMSVMQPPVNAPMMNMQRNPFTMHPPMPLHPHTGVPLMQVAAPASIPQGP . .:.. .: .:. . : . . :. . . .. . ..::.. . : mKIAA1 AVVPMTKDSPVLSARGWEAVRPRDAVAQAPLLRSRTLVKRVTWNLQEAEHSTPAALDRDP 850 860 870 880 890 900 1300 1310 1320 1330 1340 mKIAA3 -----P--PPPPPPPSQQVSY-VASQPDGKQVQGLSSASHVSNNMNTQVL-PAPSAAPAN : ::: ::. . : ..:::. . . :... ... ..: : :.:. ::. mKIAA1 AQVYSPNMPPPLAQPSSILPYALVSQPSVQLI--LQGTLPLAGCGTAQSLAPVPTM-PAT 910 920 930 940 950 960 1350 1360 1370 1380 1390 1400 mKIAA3 TGSVQGPSSGNT--SSSSHVQASNAAVKLAESKKLQIQEKAAQEVKLAIKPFYQNKDITK .. . :...:. ... :.. . : :::..::.:..:::::::::::....:: mKIAA1 VSELAVPTTNNSEERTATPKTAAEKTKKEEYMKKLHMQERAVEEVKLAIKPFYQKREVTK 970 980 990 1000 1010 1020 1410 1420 1430 1440 1450 1460 mKIAA3 EEYKEIVRKAVDKVCHSKSGEVNSTKVANLVKAYVDKYRYSRKKALEEPGSTEKT ::::.:.::::.:.:::::::.: .::::::::::::::. :.. : : : mKIAA1 EEYKDILRKAVQKICHSKSGEINPVKVANLVKAYVDKYRHMRRHKKTEGGEEPPTQGAET 1030 1040 1050 1060 1070 1080 >>mFLJ00034 ( 1255 res) mfj27008 (1255 aa) initn: 516 init1: 352 opt: 425 Z-score: 199.0 bits: 49.2 E(): 6.1e-06 Smith-Waterman score: 518; 24.234% identity (29.787% ungapped) in 751 aa overlap (842-1456:482-1228) 820 830 840 850 860 mKIAA3 KLSSDPAVEKVETVAQPAESLVDKAPKPRTRRSRFHSPSTTWSP---NKDAAQEKRRAQS :: :... :.. .: : : .:..:. . mFLJ00 LQVDLGEPPAPPAADARWGGLDLRRKILTQRRERYRQRSASPGPPPARKKARRERQRSGD 460 470 480 490 500 510 870 880 890 900 910 mKIAA3 PSP---------KRETVVESQSSQSPSPKRESARGRRKSRSLSPKKDVARERRQSRSPKR :.: :... .. .:.: . .: .:.::.::: : . . .: .:: .: mFLJ00 PAPPDSPSWEAKKHRSRERKLGSHSTARRRSRSRSRRRSRSRSADRRRGGHRSRSREKRR 520 530 540 550 560 570 920 930 940 950 960 mKIAA3 ENAREAKRSESGSPRRDTSRENQRSQSRVKDSSSREKSRSRSRERE-------------- . : :. ..: .. :: .:.. : ......::::...: mFLJ00 RRRRSASPPPAASSSSSSRRERHRGKRREGGKKKKKRSRSRAEKRSGDLEKLPASVPPSG 580 590 600 610 620 630 970 980 990 1000 mKIAA3 SDREAQRR-----------ERD-----RERRARRWSRSRSRSRSPSRLRTKSK-----SS :::...:: ..: : . : .... :. ::. . .. : mFLJ00 SDRDSRRRGAVPPSIQDLTDHDLFAIKRTITVGRPDKAEPRAPSPAPAVSPKREVLYDSE 640 650 660 670 680 690 1010 1020 1030 1040 1050 mKIAA3 SFGRNERDNYSPRWKER---WTNDGWRCPRGNDRY-----RRNDSEKQNENTRNEKNDIT ... .:: . : . ..: .... .:. : : : ......:: :.. mFLJ00 GLSADERGGKSDKDRRRSGAASSSSSSREKGSRRKALDGDRGRDRDRSSKKTRPPKDSTP 700 710 720 730 740 750 1060 1070 1080 1090 1100 mKIAA3 ADSNDP-----SSTDKHRSDCPS-----------WVTEKINSGPDPRTRNPEKLKDSHWE ... : :.... :.: : . : ..: . . : . . mFLJ00 GSGPLPKAPPSSGSSSSSSSCSSRKVKLQSKVAVLIREGVSSTTPAKDSSSSGLGSIGVK 760 770 780 790 800 810 1110 1120 1130 1140 mKIAA3 ENRNENSGNSWTK----------NFGPGWMSSRGRGGRGK-GAYR--GNFACNDQSENRW .:...: . . : . .:: . . ...: :: . :. . . :..: mFLJ00 FSRDRESRSPFLKPDERAPAEVAKVAPGSNKPKKTKAKAKAGAKKAKGTKGKTKPSKTRK 820 830 840 850 860 870 1150 1160 1170 1180 1190 1200 mKIAA3 QSRTPLSGSDSFKSAEQQPSKRKSEQELSFGTAADRSGWTSA--SSWAVRKTLPADVQSY . :. :.. : . . :: : .. . . ......:.. .. : : . mFLJ00 KVRSGGSSTASGGPGSLKKSKADSCSQAASAKGTEETSWSGEERTTKAPSTPPPKVAPPP 880 890 900 910 920 930 1210 1220 1230 1240 1250 mKIAA3 YSSGPQSGWMRQEEETPEQDSNLKDQTNQVDGSQLPVNMMQPHMS------VMQPPVNAP . :.: . . .::: : : ..... : .. .. . . .:: ... mFLJ00 PALTPDSQTVDSSCKTPEV-SFLPEEASEDTGVRVGAEEEEEEEEEEEEEEEQQPATTTA 940 950 960 970 980 990 1260 1270 1280 1290 1300 mKIAA3 MMNMQRNPFTMHPPMPLHPHTGVPLMQVAAPASIPQGPPPPPPPPPS------------- . : : .:. .: ...: ::: : :. mFLJ00 TSTAAAAPSTAPSAGSTAGDSGAEDGPAARISQLPTLPPPMPWNLPAGVDCTTSGVLALT 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1310 1320 1330 1340 1350 mKIAA3 -----QQVSYVASQPDGKQ-VQGLSSA-SHVSNNMNTQVLPAPSAAPANTGSVQGPSS-- .. . .::. ... .:. .. :: . . . : ::: .:.. : :::: mFLJ00 ALLFKMEEANLASRAKAQELIQATNQILSHRKPSSTLGVTPAP--VPTSLGLPPGPSSYL 1060 1070 1080 1090 1100 1360 1370 1380 1390 mKIAA3 ----------GNTS--------SSSHVQASNAAVKLAES----KKLQIQEKAAQEVKLAI :.: .:.. ..:... ... :::. ::.:..:::::: mFLJ00 LPGSLPIGGCGSTPPTPTGLAPASDKREGSSSSEGRGDTDKYLKKLHTQERAVEEVKLAI 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1400 1410 1420 1430 1440 1450 mKIAA3 KPFYQNKDITKEEYKEIVRKAVDKVCHSKSGEVNSTKVANLVKAYVDKYRYSRKKALEEP ::.::.:::::::::.:.:::: :.:::::::.: .::.:::.:::..::: ::.. ..: mFLJ00 KPYYQKKDITKEEYKDILRKAVHKICHSKSGEINPVKVSNLVRAYVQRYRYFRKHG-RKP 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1460 mKIAA3 GSTEKT :. mFLJ00 GDPPGPPRPPKEPGPPDKGGPGLPLPPL 1230 1240 1250 1461 residues in 1 query sequences 1767556 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:58:31 2006 done: Mon Mar 27 10:58:32 2006 Scan time: 1.250 Display time: 0.190 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]