# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpj02652.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1009.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1009, 620 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7918176 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9912+/-0.000196; mu= 8.5184+/- 0.011 mean_var=104.8882+/-19.888, 0's: 32 Z-trim: 39 B-trim: 2 in 1/65 Lambda= 0.125231 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|223462495|gb|AAI51105.1| RIKEN cDNA 4922501C03 (1403) 4029 739.1 2.2e-210 gi|148694578|gb|EDL26525.1| mCG11890, isoform CRA_ (1366) 3944 723.7 9.2e-206 gi|148694577|gb|EDL26524.1| mCG11890, isoform CRA_ (1406) 3944 723.7 9.4e-206 gi|109485065|ref|XP_001063109.1| PREDICTED: simila (1403) 3483 640.5 1.1e-180 gi|158563784|sp|Q4KLH6.2|QN1_RAT RecName: Full=Pro (1403) 3478 639.5 2.1e-180 gi|116283237|gb|AAH04073.1| 4922501C03Rik protein ( 475) 2766 510.5 4.8e-142 gi|109071904|ref|XP_001086275.1| PREDICTED: simila (1325) 2698 498.6 5.2e-138 gi|119569029|gb|EAW48644.1| chromosome 6 open read (1401) 2661 491.9 5.6e-136 gi|149018961|gb|EDL77602.1| rCG25580, isoform CRA_ (1065) 2616 483.7 1.3e-133 gi|73973878|ref|XP_532220.2| PREDICTED: similar to (1405) 2589 478.9 4.6e-132 gi|149638940|ref|XP_001512972.1| PREDICTED: simila (1476) 1332 251.9 1.1e-63 gi|82109548|sp|Q91365.1|QN1_COTCO RecName: Full=Pr (1251) 996 191.1 1.8e-45 gi|118088850|ref|XP_419856.2| PREDICTED: similar t (1476) 940 181.0 2.3e-42 gi|224048476|ref|XP_002188543.1| PREDICTED: simila (1366) 930 179.2 7.7e-42 gi|193785775|dbj|BAG51210.1| unnamed protein produ ( 789) 670 132.0 7e-28 gi|210103078|gb|EEA51118.1| hypothetical protein B (1650) 310 67.2 4.6e-08 gi|156225903|gb|EDO46717.1| predicted protein [Nem (1313) 263 58.7 1.4e-05 >>gi|223462495|gb|AAI51105.1| RIKEN cDNA 4922501C03 gene (1403 aa) initn: 4029 init1: 4029 opt: 4029 Z-score: 3933.3 bits: 739.1 E(): 2.2e-210 Smith-Waterman score: 4029; 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