# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpj00694.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1128.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1128, 672 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919954 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7945+/-0.00019; mu= 9.8966+/- 0.011 mean_var=87.3414+/-16.722, 0's: 39 Z-trim: 41 B-trim: 29 in 1/66 Lambda= 0.137235 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|123787991|sp|Q3UHI0.1|GCA14_MOUSE RecName: Full ( 833) 4450 891.3 0 gi|74182447|dbj|BAE42850.1| unnamed protein produc ( 728) 4441 889.5 0 gi|194042231|ref|XP_001927867.1| PREDICTED: simila ( 834) 3878 778.1 0 gi|114631538|ref|XP_507884.2| PREDICTED: granule c ( 808) 3864 775.3 0 gi|114631534|ref|XP_001155270.1| PREDICTED: granul ( 834) 3864 775.3 0 gi|114631536|ref|XP_001155519.1| PREDICTED: granul (1018) 3864 775.3 0 gi|194386502|dbj|BAG61061.1| unnamed protein produ (1047) 3842 771.0 0 gi|10436679|dbj|BAB14884.1| unnamed protein produc ( 701) 3833 769.1 0 gi|109089124|ref|XP_001085630.1| PREDICTED: simila ( 834) 3815 765.6 0 gi|73953838|ref|XP_536410.2| PREDICTED: similar to ( 832) 3804 763.4 0 gi|149690711|ref|XP_001501264.1| PREDICTED: simila ( 834) 3792 761.0 0 gi|194679355|ref|XP_591155.3| PREDICTED: similar t ( 834) 3789 760.4 0 gi|109503098|ref|XP_224672.4| PREDICTED: similar t ( 907) 3778 758.3 2.6e-216 gi|148692946|gb|EDL24893.1| granule cell antiserum ( 791) 3149 633.7 7.3e-179 gi|126272224|ref|XP_001364176.1| PREDICTED: simila ( 842) 3056 615.3 2.7e-173 gi|149409996|ref|XP_001508052.1| PREDICTED: simila ( 836) 2870 578.5 3.2e-162 gi|149409994|ref|XP_001508027.1| PREDICTED: simila ( 839) 2870 578.5 3.2e-162 gi|12005487|gb|AAG44473.1|AF241785_1 NPD012 [Homo ( 566) 2750 554.6 3.4e-155 gi|84798740|gb|AAI11466.1| Gcap14 protein [Mus mus ( 585) 1904 387.1 9.1e-105 gi|118092393|ref|XP_421492.2| PREDICTED: similar t ( 846) 1680 342.9 2.7e-91 gi|169642042|gb|AAI60783.1| LOC100158327 protein [ ( 719) 1517 310.6 1.2e-81 gi|38173907|gb|AAH60947.1| Gcap14 protein [Mus mus ( 183) 1234 254.1 3.1e-65 gi|12838769|dbj|BAB24323.1| unnamed protein produc ( 485) 1239 255.4 3.4e-65 gi|194377294|dbj|BAG57595.1| unnamed protein produ ( 261) 1038 215.4 2e-53 gi|189530944|ref|XP_001333850.2| PREDICTED: simila ( 965) 810 170.7 2.2e-39 gi|189525919|ref|XP_001920124.1| PREDICTED: simila ( 645) 447 98.7 6.8e-18 gi|109110951|ref|XP_001107664.1| PREDICTED: simila ( 155) 359 80.8 3.8e-13 gi|47218143|emb|CAG10063.1| unnamed protein produc ( 790) 262 62.1 8.5e-07 gi|109075001|ref|XP_001095828.1| PREDICTED: simila ( 724) 200 49.8 0.0039 gi|167860713|gb|ACA05131.1| dentin sialophosphopro ( 551) 197 49.1 0.0047 gi|114595183|ref|XP_001162951.1| PREDICTED: hypoth ( 677) 193 48.4 0.0097 >>gi|123787991|sp|Q3UHI0.1|GCA14_MOUSE RecName: Full=Pro (833 aa) initn: 4450 init1: 4450 opt: 4450 Z-score: 4759.3 bits: 891.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 4450; 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