FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0992.ptfa, 1081 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767936 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.4240+/- 0.011; mu= -27.1794+/- 0.730
mean_var=719.4176+/-173.464, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0478
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA4170 ( 1376 res) mbg21326 (1376) 1888 146 3e-35
>>mKIAA4170 ( 1376 res) mbg21326 (1376 aa)
initn: 3054 init1: 1120 opt: 1888 Z-score: 725.2 bits: 146.3 E(): 3e-35
Smith-Waterman score: 3066; 46.886% identity (54.162% ungapped) in 1124 aa overlap (1-1081:361-1376)
10 20 30
mKIAA0 WFCEGKELYNSPDVQIHCESGELHTLVIAE
:.:::::: ::::..: ..:.::.:.:::
mKIAA4 TQKLRSREVPEGSRVQLDCIVVGIPPPQVRWYCEGKELENSPDIHI-VQAGNLHSLTIAE
340 350 360 370 380
40 50 60 70 80
mKIAA0 AFEDDTGRYTCLATNPSGSDSTSAEVFIEGASSTDSDSESLSFISKAGAMPQAQK--KTT
:::.:::::.:.:.: :.::::::..:::.::.::... .: : . :: ...
mKIAA4 AFEEDTGRYSCFASNIYGTDSTSAEIYIEGVSSSDSEGDP----NKE-EMNRIQKPNEVS
390 400 410 420 430 440
90 100 110 120 130 140
mKIAA0 SVSLTIGSSAPKTGVTTAVIQPLSVPVQQAHSATSYLCRPDGTTMGCLLPVFTKELQNTA
: : .. : . . . :: ::: .: :.:: .: . ::::: ::: .
mKIAA4 SPPTTSAAIPPAAEAQPLAAQPRVSTVQQCQSPTNYLQGLNGKPI-IAAPVFTKMLQNLS
450 460 470 480 490 500
150 160 170 180 190 200
mKIAA0 ASEGQVVVLECRVRGAPPLQVQWFRQGSEIQDSPDFRILQKKPRSTAEPEEICTLVIAES
:::::.::.::::.::: .:.:.:.:. :.:::::::::::::: :::::::::::::
mKIAA4 ASEGQLVVFECRVKGAPSPKVEWYREGTLIEDSPDFRILQKKPRSMAEPEEICTLVIAEV
510 520 530 540 550 560
210 220 230 240 250 260
mKIAA0 FPEDAGIFTCSATNDYGSVTSTAQLVIT-----SANNENCSYDSTGEPNSDHFQHFP-PP
: ::.: :::.:.: ::.:.: ::: . : :. : .:: .: . : : :
mKIAA4 FSEDSGCFTCTASNKYGTVSSIAQLDVRGNEDISDNGALHSANSTTNPAVAEHQPSPLNP
570 580 590 600 610 620
270 280 290 300 310
mKIAA0 PPILETGSYELASQKPSEIQQV----NSPNLGFSMAALQMQFNTAERETNGVHPSHGVNG
:. : :: ... : : : . : .:...:: : . . .. : : ..
mKIAA4 QPLSEE-----QPPKP-KLEGVLVNHNEPRSS-SRIGLRVHFNLPEDDKD-MEASSGSGA
630 640 650 660 670
320 330 340 350 360
mKIAA0 LINGKAYGNKSP----------PTPTALLSPTKEPPPLLAKPKLDPLKLQQLQNQVRLEQ
.... :. : : :. :: :::::.::::::: .::::.::: :::
mKIAA4 ANTSQTRPNSFPERFNGQEARIPEPS---SPIKEPPPVLAKPKLDSTQLQQLHNQVLLEQ
680 690 700 710 720 730
370 380 390 400 410 420
mKIAA0 EACAWPPAPPGVPCNSSSSGSSAPPSPPFPPPPPAFPELAACASPVPSEPMSALASRATA
. :.: : : ...: : :. .:. .. :
mKIAA4 QQLQ----------NTS------------PSSPKESLHMSALNSAPPAVTISSKQVKGPA
740 750 760 770
430 440 450 460 470
mKIAA0 MQSSGSFNYARPKQFIAAQNLGPASGLPTPTSSP--SSSSLPSPLSPT----------PS
: :: ::::.:. :.. . :. .:.::: . :. :. .. : ::
mKIAA4 PQM---FNLARPKHFFPASSTSTAT--VSPSSSPVFTLSNTPQTIQRTVSKESLLMAHPS
780 790 800 810 820
480 490 500 510 520 530
mKIAA0 PFGRAPGPPFVEPEAMWGPSSPSPPPPPPPVFSPSAAYPVPDVFPLPPPPPPLPSSTSHC
::.:: .. : :.:: : :. :.::: .:. . : ::
mKIAA4 TQGRSPGGLSIQNE-------PAPPSPAEPAAPPTAAYSIPSGNQFQP----------HC
830 840 850 860
540 550 560 570 580
mKIAA0 ASPARFGPS---QTPAAFLSALLPSQP--PPVAVNALGLPKG---VTPAGFPKKSSRTAR
.::. .:. :.:.::::..::: : ::. ::.::::. : :. ::.... .
mKIAA4 VSPTPVSPTGRIQNPVAFLSSVLPSLPSIPPT--NAMGLPKSAPSVPSQGLMKKTTKAPQ
870 880 890 900 910 920
590 600 610 620 630 640
mKIAA0 IASDEEIQGTKDAVIQDLERKLRFKEDLLNNGQPRLTYEERMARRLLGADSANVFNIQEP
.::. :. ::..:: :: .:. : :. :
mKIAA4 AVSDDYIRETKNSVILDLGKKVNF-------GDVR-------------------------
930 940 950
650 660 670 680 690 700
mKIAA0 EETAANQEYKVSSCEQRLISEIEYRLERSPVDESGDEVQDPDVPVENATAPFFEMKLKHY
. .::::.:: ::::..:::.::::.::::: ::.. ..:. . ::.:. .:::.
mKIAA4 ---SHQQEYKISSFEQRLMNEIEFRLERTPVDESDDEIEHDEIPTGKCIAPIFDKRLKHF
960 970 980 990 1000 1010
710 720 730 740 750 760
mKIAA0 KIFEGMPVTFTCRVAGNPKPKIYWFKDGKQISPKSDHYTIQRDLDGTCSLHTTASTLDDD
.. :: ::::::...: : ::.:::::::::: ...: ..:. ::::::: .. :::
mKIAA4 RVTEGSPVTFTCKIVGIPVPKVYWFKDGKQISKRNEHCKMRREGDGTCSLHIESTHGDDD
1020 1030 1040 1050 1060 1070
770 780 790 800 810 820
mKIAA0 GNYTIMAANPQGRVSCTGRLMVQAVNQRGRSPRSPSGHPHARRPRSRSRDSGDENEPIQE
:::::::::::::.::.:.::::.. :.: ::. : : : . ::. ::.::
mKIAA4 GNYTIMAANPQGRISCSGHLMVQGLPIRSRL--SPA-LSHRGRSRMQERDK----EPLQE
1080 1090 1100 1110 1120
830 840 850 860 870 880
mKIAA0 RFFRPHFLQAPGDLTVQEGKLCRMDCKVSGLPTPDLSWQLDGKPIRPDSAHKMLVRENGV
:::::::::::::....::.:::.:::::::: :.:.: :.:.:. ::..:::::::.::
mKIAA4 RFFRPHFLQAPGDMVAHEGRLCRLDCKVSGLPPPELTWLLNGQPVLPDASHKMLVRETGV
1130 1140 1150 1160 1170 1180
890 900 910 920 930 940
mKIAA0 HSLIIEPVTSRDAGIYTCIATNRAGQNSFNLELVVAAKEAHKAPVFMEKLQNTGVADGYP
:::.:.:.:.:::: :::.:::..:::::.:::.:.:::..::::..:::::.:: .:.:
mKIAA4 HSLLIDPLTQRDAGTYTCVATNKTGQNSFSLELTVVAKEVKKAPVILEKLQNSGVPEGHP
1190 1200 1210 1220 1230 1240
950 960 970 980 990 1000
mKIAA0 VRLECRVSGVPPPQIFWKKENESLTHSTERVSMHQDNHGYICLLIQGATKEDAGWYTVSA
:::: :: :.::: ..:::.::.. . ::.:::::. ::.::::: : : ::::::.::
mKIAA4 VRLEGRVIGMPPPVFYWKKDNETIPFTRERISMHQDTTGYVCLLIQPAKKSDAGWYTLSA
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1010 1020 1030 1040 1050 1060
mKIAA0 KNEAGIVSCTARLDVYTQWHQQPQTTKPKKVRPSASRYAALSDQGLDIKAAFQP-EASPS
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mKIAA4 KNEAGIVSCTARLDIYAQWHQQIPT--PISIRPSGSRYGSLTSKGLDIFSAFSSVESTML
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1070 1080
mKIAA0 HLTLNSGLVESEDL
. . ..:::..:
mKIAA4 YSCTSRSVVESDEL
1370
1081 residues in 1 query sequences
1767936 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:33:32 2006 done: Mon Mar 27 10:33:33 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]