# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mph00646.fasta.nr -Q ../query/mFLJ00136.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mFLJ00136, 857 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7920808 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8546+/-0.000185; mu= 15.7054+/- 0.010 mean_var=74.5638+/-14.592, 0's: 23 Z-trim: 29 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.148529 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|83305926|sp|Q7TN60.2|TMC6_MOUSE RecName: Full=T ( 810) 5446 1176.9 0 gi|123261068|emb|CAM15524.1| transmembrane channel ( 810) 5441 1175.8 0 gi|33355701|gb|AAP69875.1| transmembrane channel-l ( 810) 5433 1174.1 0 gi|149054908|gb|EDM06725.1| rCG32673, isoform CRA_ ( 799) 4886 1056.9 0 gi|148702679|gb|EDL34626.1| transmembrane channel- ( 700) 4532 981.0 0 gi|23428524|gb|AAL25836.1| Evin1 [Homo sapiens] ( 805) 4045 876.7 0 gi|83305925|sp|Q7Z403.2|TMC6_HUMAN RecName: Full=T ( 805) 4035 874.5 0 gi|18676478|dbj|BAB84891.1| FLJ00136 protein [Homo ( 811) 4035 874.5 0 gi|23273803|gb|AAH23597.1| Transmembrane channel-l ( 805) 4031 873.7 0 gi|33355699|gb|AAP69874.1| transmembrane channel-l ( 805) 4017 870.7 0 gi|148702678|gb|EDL34625.1| transmembrane channel- ( 605) 3838 832.2 0 gi|73964977|ref|XP_540460.2| PREDICTED: similar to ( 783) 3802 824.6 0 gi|111305391|gb|AAI19988.1| Transmembrane channel- ( 769) 3783 820.5 0 gi|26346593|dbj|BAC36945.1| unnamed protein produc ( 553) 3513 762.5 0 gi|148702676|gb|EDL34623.1| transmembrane channel- ( 724) 3510 762.0 0 gi|126308953|ref|XP_001380451.1| PREDICTED: simila ( 785) 3488 757.3 5.7e-216 gi|194216598|ref|XP_001491235.2| PREDICTED: simila ( 776) 3318 720.9 5.2e-205 gi|149054911|gb|EDM06728.1| rCG32673, isoform CRA_ ( 713) 3134 681.4 3.6e-193 gi|15488718|gb|AAH13502.1| Tmc6 protein [Mus muscu ( 450) 3068 667.1 4.7e-189 gi|119609894|gb|EAW89488.1| transmembrane channel- ( 595) 2852 620.9 4.9e-175 gi|193788313|dbj|BAG53207.1| unnamed protein produ ( 572) 2792 608.0 3.6e-171 gi|32425418|gb|AAH18346.2| TMC6 protein [Homo sapi ( 513) 2736 596.0 1.3e-167 gi|13529602|gb|AAH05510.1| Tmc6 protein [Mus muscu ( 373) 2525 550.7 4.4e-154 gi|49118992|gb|AAH73096.1| MGC83549 protein [Xenop ( 725) 2511 547.9 5.6e-153 gi|119609898|gb|EAW89492.1| transmembrane channel- ( 525) 2399 523.8 7.5e-146 gi|7209574|dbj|BAA24179.2| LAK-4p [Homo sapiens] ( 444) 2389 521.6 2.9e-145 gi|224074422|ref|XP_002193342.1| PREDICTED: transm ( 739) 2069 453.2 1.9e-124 gi|32264677|gb|AAP78785.1| Tmc6-related protein 1 ( 794) 2065 452.4 3.5e-124 gi|26343001|dbj|BAC35157.1| unnamed protein produc ( 328) 1936 424.4 3.9e-116 gi|25527167|gb|AAM44453.1| small EVER1 protein [Ho ( 454) 1936 424.5 5e-116 gi|123261070|emb|CAM15526.1| transmembrane channel ( 253) 1649 362.8 1.1e-97 gi|32264679|gb|AAP78786.1| Tmc6-related protein 2 ( 690) 1557 343.5 1.9e-91 gi|10432983|dbj|BAB13884.1| unnamed protein produc ( 298) 1427 315.3 2.5e-83 gi|47219066|emb|CAG00205.1| unnamed protein produc ( 664) 1430 316.2 2.8e-83 gi|71039871|gb|AAZ20186.1| expressed in activated ( 384) 1260 279.6 1.8e-72 gi|149409306|ref|XP_001509198.1| PREDICTED: simila ( 962) 1227 272.9 4.6e-70 gi|224070609|ref|XP_002193210.1| PREDICTED: simila ( 832) 1221 271.6 1e-69 gi|47223844|emb|CAG06021.1| unnamed protein produc ( 854) 1195 266.0 4.9e-68 gi|52430453|gb|AAT85602.1| transmembrane channel-l ( 429) 1180 262.5 2.8e-67 gi|56789633|gb|AAH88406.1| Transmembrane channel-l ( 758) 1154 257.2 2e-65 gi|152061115|sp|Q5M7W4.2|TMC5_RAT RecName: Full=Tr ( 965) 1154 257.3 2.4e-65 gi|126334304|ref|XP_001376733.1| PREDICTED: simila (1045) 1144 255.1 1.1e-64 gi|14043574|gb|AAH07766.1| TMC6 protein [Homo sapi ( 211) 1136 252.8 1.1e-64 gi|28385924|gb|AAH46390.1| Tmc5 protein [Mus muscu ( 602) 1141 254.3 1.2e-64 gi|12855381|dbj|BAB30314.1| unnamed protein produc ( 757) 1141 254.4 1.4e-64 gi|123786292|sp|Q32NZ6.1|TMC5_MOUSE RecName: Full= ( 967) 1141 254.5 1.6e-64 gi|148685186|gb|EDL17133.1| transmembrane channel- (1024) 1140 254.3 2e-64 gi|33355697|gb|AAP69873.1| transmembrane channel-l ( 757) 1132 252.4 5.2e-64 gi|189517063|ref|XP_689991.3| PREDICTED: similar t ( 670) 1125 250.9 1.4e-63 gi|194219184|ref|XP_001488180.2| PREDICTED: transm ( 758) 1112 248.2 1e-62 >>gi|83305926|sp|Q7TN60.2|TMC6_MOUSE RecName: Full=Trans (810 aa) initn: 5446 init1: 5446 opt: 5446 Z-score: 6301.0 bits: 1176.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 5446; 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