# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mph00541.fasta.nr -Q ../query/mKIAA3016.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA3016, 714 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7910840 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1731+/-0.000185; mu= 13.0508+/- 0.010 mean_var=77.4170+/-14.901, 0's: 31 Z-trim: 95 B-trim: 4 in 1/65 Lambda= 0.145766 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148692501|gb|EDL24448.1| leucine-rich repeats a (1117) 3785 806.0 0 gi|41020787|gb|AAR98630.1| leucine-rich and immuno (1117) 3774 803.7 0 gi|73621177|sp|Q6P1C6.1|LRIG3_MOUSE RecName: Full= (1117) 3774 803.7 0 gi|149066648|gb|EDM16521.1| similar to Leucine-ric (1116) 3533 753.0 1.3e-214 gi|109480645|ref|XP_216905.4| PREDICTED: similar t (1262) 3533 753.1 1.4e-214 gi|73968601|ref|XP_531654.2| PREDICTED: similar to (1046) 3190 680.9 6.4e-193 gi|109097543|ref|XP_001116582.1| PREDICTED: simila (1026) 3185 679.8 1.3e-192 gi|109097541|ref|XP_001116597.1| PREDICTED: simila (1095) 3185 679.8 1.4e-192 gi|109097539|ref|XP_001116602.1| PREDICTED: simila (1119) 3185 679.9 1.4e-192 gi|114644092|ref|XP_001166988.1| PREDICTED: leucin (1026) 3174 677.5 6.5e-192 gi|114644088|ref|XP_001166924.1| PREDICTED: leucin (1059) 3174 677.5 6.7e-192 gi|114644082|ref|XP_001167044.1| PREDICTED: leucin (1095) 3174 677.5 6.8e-192 gi|114644076|ref|XP_001167016.1| PREDICTED: leucin (1119) 3174 677.5 7e-192 gi|22760684|dbj|BAC11295.1| unnamed protein produc ( 697) 3169 676.3 1e-191 gi|37181710|gb|AAQ88662.1| SAPS287 [Homo sapiens] (1059) 3169 676.5 1.4e-191 gi|73621176|sp|Q6UXM1.1|LRIG3_HUMAN RecName: Full= (1119) 3169 676.5 1.4e-191 gi|158259175|dbj|BAF85546.1| unnamed protein produ (1119) 3161 674.8 4.6e-191 gi|76658979|ref|XP_583040.2| PREDICTED: similar to (1300) 3101 662.2 3.3e-187 gi|194212322|ref|XP_001489281.2| PREDICTED: simila (1182) 3039 649.2 2.5e-183 gi|194037579|ref|XP_001927863.1| PREDICTED: leucin (1006) 3031 647.4 7.2e-183 gi|26347491|dbj|BAC37394.1| unnamed protein produc ( 400) 2813 601.3 2.3e-169 gi|114644084|ref|XP_509180.2| PREDICTED: leucine-r (1061) 2815 602.0 3.6e-169 gi|126339204|ref|XP_001375215.1| PREDICTED: simila (1121) 2737 585.6 3.2e-164 gi|149409483|ref|XP_001506742.1| PREDICTED: simila (1109) 2665 570.5 1.2e-159 gi|224093925|ref|XP_002187536.1| PREDICTED: leucin (1059) 2634 564.0 1e-157 gi|118082264|ref|XP_416055.2| PREDICTED: similar t (1099) 2632 563.6 1.4e-157 gi|109097547|ref|XP_001116574.1| PREDICTED: simila ( 948) 2443 523.8 1.2e-145 gi|114644086|ref|XP_001166863.1| PREDICTED: leucin ( 977) 2421 519.1 2.9e-144 gi|47220753|emb|CAG11822.1| unnamed protein produc ( 829) 2233 479.5 2.1e-132 gi|189520450|ref|XP_699750.3| PREDICTED: similar t (1044) 2176 467.6 1e-128 gi|158325150|gb|ABW34715.1| leucine-rich repeats a (1107) 2170 466.4 2.5e-128 gi|47218262|emb|CAF96299.1| unnamed protein produc ( 862) 1837 396.3 2.5e-107 gi|193784767|dbj|BAG53920.1| unnamed protein produ ( 553) 1725 372.6 2.2e-100 gi|76670191|ref|XP_615593.2| PREDICTED: similar to (1065) 1728 373.4 2.3e-100 gi|158255498|dbj|BAF83720.1| unnamed protein produ (1065) 1725 372.8 3.6e-100 gi|54036167|sp|O94898.3|LRIG2_HUMAN RecName: Full= (1065) 1725 372.8 3.6e-100 gi|114558825|ref|XP_001162083.1| PREDICTED: leucin ( 604) 1717 370.9 7.5e-100 gi|73621175|sp|Q52KR2.1|LRIG2_MOUSE RecName: Full= (1054) 1716 370.9 1.3e-99 gi|189522927|ref|XP_001920857.1| PREDICTED: simila ( 995) 1712 370.0 2.3e-99 gi|194036445|ref|XP_001928200.1| PREDICTED: simila (1065) 1712 370.1 2.4e-99 gi|73981614|ref|XP_540333.2| PREDICTED: similar to (1245) 1706 368.9 6.4e-99 gi|149030423|gb|EDL85460.1| leucine-rich repeats a (1054) 1702 368.0 1e-98 gi|194210974|ref|XP_001495377.2| PREDICTED: simila (1065) 1699 367.3 1.6e-98 gi|149411567|ref|XP_001506660.1| PREDICTED: simila (1107) 1694 366.3 3.4e-98 gi|187953911|gb|AAI38423.1| Lrig2 protein [Mus mus (1047) 1646 356.2 3.6e-95 gi|148675623|gb|EDL07570.1| leucine-rich repeats a (1060) 1646 356.2 3.6e-95 gi|193786686|dbj|BAG52009.1| unnamed protein produ ( 465) 1557 337.2 8.3e-90 gi|149030424|gb|EDL85461.1| leucine-rich repeats a ( 490) 1497 324.6 5.4e-86 gi|148675622|gb|EDL07569.1| leucine-rich repeats a ( 438) 1495 324.1 6.7e-86 gi|210084163|gb|EEA32704.1| hypothetical protein B (1008) 1408 306.1 4e-80 >>gi|148692501|gb|EDL24448.1| leucine-rich repeats and i (1117 aa) initn: 3826 init1: 3782 opt: 3785 Z-score: 4295.7 bits: 806.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 4768; 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