# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpf01333.fasta.nr -Q ../query/mKIAA4041.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA4041, 1671 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7906875 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3950+/-0.00019; mu= 15.3851+/- 0.011 mean_var=89.9198+/-17.317, 0's: 33 Z-trim: 121 B-trim: 234 in 1/65 Lambda= 0.135253 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|115648153|ref|NP_034016.2| cadherin EGF LAG sev (3034) 11501 2255.8 0 gi|22095546|sp|O35161.2|CELR1_MOUSE RecName: Full= (3034) 11493 2254.3 0 gi|109481140|ref|XP_001070474.1| PREDICTED: simila (3064) 11256 2208.0 0 gi|194666763|ref|XP_600703.4| PREDICTED: similar t (3071) 9869 1937.4 0 gi|119593835|gb|EAW73429.1| cadherin, EGF LAG seve (3019) 9643 1893.3 0 gi|119593834|gb|EAW73428.1| cadherin, EGF LAG seve (3014) 9602 1885.3 0 gi|22095551|sp|Q9NYQ6.1|CELR1_HUMAN RecName: Full= 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..::..:::: .:..:.::..:::::::.:::::::::::: : ::.::::::.:: gi|119 DQNKADIGGMLPGLTVRSVVVGGASEDKVSVRRGFRGCMQGVRMGGTPTNVATLNMNNAL 1810 1820 1830 1840 1850 1860 520 530 540 550 560 570 mKIAA4 KVRVKDGCDVEDPCASSPCPPHSHCRDTWDSYSCICDRGYFGKKCVDACLLNPCKHVAAC ::::::::::.:::.::::::.:.:.:.:..:::.::.::.: .::::: ::::....:: gi|119 KVRVKDGCDVDDPCTSSPCPPNSRCHDAWEDYSCVCDKGYLGINCVDACHLNPCENMGAC 1870 1880 1890 1900 1910 1920 580 590 600 610 620 630 mKIAA4 VRSPNTPRGYSCECGPGHYGQYCENKVDLPCPKGWWGNPVCGPCHCAVSQGFDPDCNKTN ::::..:.:: :::::.::: :::::.:::::.::::::::::::::::.:::::::::: gi|119 VRSPGSPQGYVCECGPSHYGPYCENKLDLPCPRGWWGNPVCGPCHCAVSKGFDPDCNKTN 1930 1940 1950 1960 1970 1980 640 650 660 670 680 690 mKIAA4 GQCQCKENYYKPPAQDACLPCDCFPHGSHSRACDMDTGQCACKPGVIGRQCNRCDNPFAE ::::::::::: :::.::::::::::::::.::: :::::::::::::::::::::::: gi|119 GQCQCKENYYKLLAQDTCLPCDCFPHGSHSRTCDMATGQCACKPGVIGRQCNRCDNPFAE 1990 2000 2010 2020 2030 2040 700 710 720 730 740 750 mKIAA4 VTSLGCEVIYNGCPRAFEAGIWWPQTKFGQPAAVPCPKGSVGNAVRHCSGEKGWLPPELF 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