# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpf01067.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0754.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0754, 939 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7904525 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7294+/-0.000201; mu= 6.8609+/- 0.011 mean_var=134.1480+/-26.033, 0's: 29 Z-trim: 67 B-trim: 136 in 2/65 Lambda= 0.110734 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|114555669|ref|XP_001170899.1| PREDICTED: hypoth (1363) 2666 438.2 1.3e-119 gi|149773456|ref|NP_055853.1| hypothetical protein (1427) 2663 437.7 1.8e-119 gi|34534555|dbj|BAC87042.1| unnamed protein produc ( 980) 2653 436.0 4.2e-119 gi|224056975|ref|XP_002190837.1| PREDICTED: simila (1388) 368 71.1 4.2e-09 gi|49648049|emb|CAG82502.1| YALI0C23452p [Yarrowia ( 830) 307 61.1 2.5e-06 gi|114194814|gb|EAU36514.1| predicted protein [Asp (1181) 294 59.2 1.3e-05 gi|210121023|gb|EEA68738.1| hypothetical protein B (1009) 289 58.3 2.1e-05 gi|221504305|gb|EEE29980.1| conserved hypothetical ( 749) 281 56.9 4e-05 gi|115681537|ref|XP_001201559.1| PREDICTED: simila ( 727) 280 56.8 4.4e-05 gi|119697372|gb|ABL94445.1| conserved hypothetical ( 291) 273 55.3 4.8e-05 gi|187027240|emb|CAP33666.1| Hypothetical protein ( 397) 275 55.7 4.9e-05 gi|108772549|gb|ABG11271.1| conserved hypothetical ( 314) 273 55.3 5.1e-05 gi|125835881|ref|XP_001345158.1| PREDICTED: hypoth (1333) 273 55.9 0.00015 gi|70865690|gb|EAN81634.1| hypothetical protein, c ( 556) 265 54.3 0.00019 gi|194199693|gb|EDX13269.1| GD20599 [Drosophila si ( 908) 268 54.9 0.0002 gi|70883414|gb|EAN96328.1| hypothetical protein, c ( 579) 262 53.8 0.00027 gi|198429187|ref|XP_002120948.1| PREDICTED: simila ( 739) 263 54.1 0.00029 gi|194207322|ref|XP_001494660.2| PREDICTED: simila ( 744) 263 54.1 0.0003 gi|60678627|gb|AAX33674.1| plus agglutinin [Chlamy (2371) 270 55.6 0.00032 gi|221111577|ref|XP_002161655.1| PREDICTED: hypoth ( 781) 260 53.6 0.00043 gi|221504378|gb|EEE30053.1| transmembrane domain-c ( 539) 256 52.8 0.0005 gi|211967557|gb|EEB02753.1| transmembrane domain-c ( 539) 252 52.2 0.00078 gi|119411964|gb|EAW21907.1| hypothetical protein N ( 894) 254 52.7 0.00092 gi|84384879|gb|EAQ00759.1| putative iron-sulphur-b (1303) 256 53.1 0.00097 gi|70905619|gb|AAZ14258.1| hypothetical protein, c (1514) 257 53.4 0.00097 gi|223546753|gb|EEF48251.1| ATP binding protein, p ( 670) 251 52.1 0.001 gi|117606933|gb|ABK42021.1| vegetative cell wall p ( 613) 249 51.8 0.0012 gi|211591430|emb|CAP97660.1| Pc22g03720 [Penicilli (1373) 254 52.8 0.0013 gi|46442517|gb|EAL01806.1| hypothetical protein Ca ( 240) 242 50.3 0.0013 gi|123093744|gb|AAI30295.1| AMOT protein [Homo sap ( 676) 248 51.6 0.0014 gi|222848929|gb|EEE86476.1| predicted protein [Pop ( 686) 248 51.6 0.0015 gi|47211671|emb|CAF91445.1| unnamed protein produc (1553) 252 52.6 0.0017 gi|119400357|gb|EAW10783.1| hypothetical protein A (1297) 250 52.2 0.0019 gi|119947465|gb|ABM06376.1| hypothetical protein A ( 627) 245 51.1 0.0019 gi|217411531|gb|EEC51459.1| predicted protein [Pha ( 848) 247 51.6 0.0019 gi|119911833|ref|XP_581184.3| PREDICTED: similar t ( 650) 245 51.1 0.002 gi|157345238|emb|CAO71966.1| unnamed protein produ ( 235) 238 49.6 0.002 gi|105895268|gb|ABF78432.1| conserved hypothetical ( 552) 243 50.8 0.0022 gi|221117735|ref|XP_002161185.1| PREDICTED: hypoth ( 373) 240 50.1 0.0023 gi|70876557|gb|EAN89996.1| hypothetical protein, c ( 503) 242 50.6 0.0023 gi|210080720|gb|EEA29936.1| hypothetical protein B ( 550) 242 50.6 0.0024 gi|157032|gb|AAA28405.1| calcium-binding protein [ ( 865) 245 51.2 0.0024 gi|219858351|gb|ACL38693.1| Peptidase M23 [Arthrob ( 487) 241 50.4 0.0025 gi|221043636|dbj|BAH13495.1| unnamed protein produ ( 904) 244 51.1 0.0028 gi|194674235|ref|XP_606494.4| PREDICTED: proteogly (1271) 246 51.5 0.0029 gi|31339992|sp|Q9P7E8.1|APP1_SCHPO RecName: Full=P ( 857) 243 50.9 0.003 gi|147831576|emb|CAN02544.1| hypothetical protein ( 455) 238 49.9 0.0033 gi|221041954|dbj|BAH12654.1| unnamed protein produ ( 853) 242 50.8 0.0033 gi|189181724|ref|NP_001121182.1| proteoglycan 4 is (1270) 244 51.2 0.0036 gi|189181722|ref|NP_001121181.1| proteoglycan 4 is (1311) 244 51.2 0.0037 >>gi|114555669|ref|XP_001170899.1| PREDICTED: hypothetic (1363 aa) initn: 2649 init1: 820 opt: 2666 Z-score: 2303.9 bits: 438.2 E(): 1.3e-119 Smith-Waterman score: 3159; 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