# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpf00222.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0173.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0173, 934 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919740 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5795+/-0.000187; mu= 12.1104+/- 0.010 mean_var=83.3488+/-16.151, 0's: 30 Z-trim: 41 B-trim: 122 in 1/65 Lambda= 0.140483 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|85541058|sp|Q80UG8.3|TTLL4_MOUSE RecName: Full= (1193) 6272 1281.6 0 gi|109486256|ref|XP_001074653.1| PREDICTED: simila (1198) 5911 1208.5 0 gi|109101014|ref|XP_001094742.1| PREDICTED: tubuli (1199) 5043 1032.5 0 gi|168274438|dbj|BAG09639.1| tubulin--tyrosine lig (1199) 4983 1020.4 0 gi|143811470|sp|Q14679.2|TTLL4_HUMAN RecName: Full (1199) 4983 1020.4 0 gi|114583347|ref|XP_516095.2| PREDICTED: tubulin t (1199) 4977 1019.2 0 gi|18204970|gb|AAH21707.1| Tubulin tyrosine ligase (1199) 4966 1016.9 0 gi|114583353|ref|XP_001158991.1| PREDICTED: tubuli (1197) 4925 1008.6 0 gi|149711111|ref|XP_001492271.1| PREDICTED: simila (1195) 4918 1007.2 0 gi|74005739|ref|XP_545645.2| PREDICTED: similar to (1200) 4884 1000.3 0 gi|76610594|ref|XP_589270.2| PREDICTED: similar to (1199) 4853 994.0 0 gi|114583355|ref|XP_001158947.1| PREDICTED: tubuli (1138) 4739 970.9 0 gi|194380360|dbj|BAG63947.1| unnamed protein produ ( 973) 4728 968.6 0 gi|114583357|ref|XP_001158641.1| PREDICTED: tubuli (1074) 4498 922.1 0 gi|126337814|ref|XP_001363239.1| PREDICTED: simila (1211) 4196 860.9 0 gi|118093759|ref|XP_422058.2| PREDICTED: similar t ( 698) 3249 668.8 2.5e-189 gi|148667930|gb|EDL00347.1| tubulin tyrosine ligas (1169) 3190 657.0 1.5e-185 gi|224054779|ref|XP_002191973.1| PREDICTED: simila (1042) 3187 656.3 2e-185 gi|109101020|ref|XP_001094019.1| PREDICTED: tubuli ( 494) 2952 608.5 2.5e-171 gi|67971926|dbj|BAE02305.1| unnamed protein produc ( 493) 2929 603.8 6.3e-170 gi|166796448|gb|AAI59326.1| Ttll4 protein [Xenopus ( 582) 2749 567.4 6.8e-159 gi|149016119|gb|EDL75365.1| rCG24009 [Rattus norve ( 408) 2701 557.5 4.4e-156 gi|190337152|gb|AAI62916.1| Si:ch211-67e16.9 prote ( 872) 2671 551.7 5.4e-154 gi|109101018|ref|XP_001094615.1| PREDICTED: tubuli ( 970) 2668 551.1 8.9e-154 gi|114583359|ref|XP_001158811.1| PREDICTED: tubuli ( 970) 2654 548.3 6.4e-153 gi|156230514|gb|AAI51973.1| Si:ch211-67e16.9 prote ( 578) 2603 537.8 5.5e-150 gi|141795531|gb|AAI34941.1| Si:ch211-67e16.9 prote ( 519) 2330 482.4 2.3e-133 gi|47221947|emb|CAG08202.1| unnamed protein produc ( 611) 2323 481.1 7e-133 gi|156217224|gb|EDO38145.1| predicted protein [Nem ( 480) 2108 437.4 7.5e-120 gi|28277216|gb|AAH44790.1| Ttll4 protein [Mus musc ( 317) 2069 429.4 1.3e-117 gi|115642163|ref|XP_001177836.1| PREDICTED: simila ( 814) 2070 429.9 2.4e-117 gi|198413981|ref|XP_002121643.1| PREDICTED: simila ( 547) 1963 408.1 5.9e-111 gi|210085214|gb|EEA33694.1| hypothetical protein B ( 492) 1918 398.9 3e-108 gi|108882734|gb|EAT46959.1| conserved hypothetical (1105) 1812 377.7 1.7e-101 gi|212516741|gb|EEB18715.1| conserved hypothetical (1151) 1810 377.3 2.3e-101 gi|167863607|gb|EDS26990.1| conserved hypothetical ( 972) 1767 368.5 8.4e-99 gi|193599100|ref|XP_001946812.1| PREDICTED: simila ( 884) 1746 364.2 1.5e-97 gi|157013739|gb|EAA14734.4| AGAP009150-PA [Anophel (1130) 1742 363.5 3.2e-97 gi|193638914|ref|XP_001946359.1| PREDICTED: simila ( 786) 1709 356.7 2.4e-95 gi|48130120|ref|XP_396662.1| PREDICTED: similar to ( 612) 1701 355.0 6.2e-95 gi|194382124|dbj|BAG58817.1| unnamed protein produ ( 277) 1665 347.5 5.2e-93 gi|194161124|gb|EDW76025.1| GK15248 [Drosophila wi ( 861) 1670 348.8 6.3e-93 gi|193904081|gb|EDW02948.1| GH10972 [Drosophila gr (1078) 1664 347.7 1.7e-92 gi|190661753|gb|EDV58945.1| GG23690 [Drosophila er (1068) 1660 346.9 3e-92 gi|210089473|gb|EEA37778.1| hypothetical protein B ( 430) 1653 345.2 4e-92 gi|25012405|gb|AAN71310.1| RE12363p [Drosophila me ( 828) 1656 346.0 4.4e-92 gi|7297795|gb|AAF53045.1| CG16833, isoform A [Dros ( 827) 1655 345.8 5e-92 gi|194174415|gb|EDW88026.1| GE18502 [Drosophila ya (1068) 1655 345.8 6.1e-92 gi|22946218|gb|AAN10770.1| CG16833, isoform B [Dro (1070) 1655 345.8 6.1e-92 gi|193904489|gb|EDW03356.1| GH11195 [Drosophila gr ( 971) 1654 345.6 6.5e-92 >>gi|85541058|sp|Q80UG8.3|TTLL4_MOUSE RecName: Full=Tubu (1193 aa) initn: 6272 init1: 6272 opt: 6272 Z-score: 6863.4 bits: 1281.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 6272; 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