# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mng13118.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1911.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mKIAA1911, 724 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7916963 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5323+/-0.00019; mu= 10.3906+/- 0.011
mean_var=92.0475+/-17.468, 0's: 29 Z-trim: 55 B-trim: 74 in 1/64
Lambda= 0.133681
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|109121752|ref|XP_001091733.1| PREDICTED: simila ( 840) 3031 595.4 2.8e-167
gi|194678214|ref|XP_615012.4| PREDICTED: similar t ( 841) 2958 581.3 4.8e-163
gi|149721000|ref|XP_001491308.1| PREDICTED: establ ( 847) 2926 575.2 3.5e-161
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gi|50949568|emb|CAH10682.1| hypothetical protein [ ( 581) 2461 485.3 2.6e-134
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gi|148691047|gb|EDL22994.1| mCG14668, isoform CRA_ ( 259) 1482 296.2 9.9e-78
gi|149031717|gb|EDL86667.1| rCG41261, isoform CRA_ ( 246) 1367 274.0 4.5e-71
gi|14198315|gb|AAH08220.1| Esco1 protein [Mus musc ( 234) 1305 262.1 1.7e-67
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gi|21748769|dbj|BAC03483.1| unnamed protein produc ( 386) 1126 227.7 6.2e-57
gi|224046144|ref|XP_002194852.1| PREDICTED: establ ( 852) 1123 227.4 1.7e-56
gi|26340334|dbj|BAC33830.1| unnamed protein produc ( 229) 933 190.3 6.8e-46
gi|148691048|gb|EDL22995.1| mCG14668, isoform CRA_ ( 319) 933 190.4 8.6e-46
gi|148691049|gb|EDL22996.1| mCG14668, isoform CRA_ ( 191) 928 189.3 1.2e-45
gi|149031720|gb|EDL86670.1| rCG41261, isoform CRA_ ( 319) 893 182.7 1.8e-43
gi|149491811|ref|XP_001505261.1| PREDICTED: simila ( 476) 878 180.0 1.8e-42
gi|149031718|gb|EDL86668.1| rCG41261, isoform CRA_ ( 178) 865 177.1 5e-42
gi|158828582|dbj|BAF91195.1| XEco1 [Xenopus laevis ( 262) 571 120.5 7.8e-25
gi|149411306|ref|XP_001507407.1| PREDICTED: simila ( 288) 515 109.8 1.5e-21
gi|47217459|emb|CAG10228.1| unnamed protein produc ( 251) 479 102.8 1.6e-19
gi|148704066|gb|EDL36013.1| establishment of cohes ( 516) 448 97.1 1.8e-17
gi|54311141|gb|AAH33303.2| Establishment of cohesi ( 592) 448 97.1 2e-17
gi|67460555|sp|Q8CIB9.3|ESCO2_MOUSE RecName: Full= ( 592) 448 97.1 2e-17
gi|68533796|gb|AAH99061.1| MGC115718 protein [Xeno ( 640) 441 95.8 5.3e-17
gi|158828580|dbj|BAF91194.1| XEco2 [Xenopus laevis ( 702) 441 95.8 5.7e-17
gi|12845802|dbj|BAB26905.1| unnamed protein produc ( 148) 430 93.1 7.8e-17
gi|67460434|sp|Q56NI9.1|ESCO2_HUMAN RecName: Full= ( 601) 435 94.6 1.1e-16
gi|119583942|gb|EAW63538.1| establishment of cohes ( 822) 435 94.7 1.4e-16
gi|109085986|ref|XP_001109626.1| PREDICTED: simila ( 600) 431 93.9 1.9e-16
gi|73993910|ref|XP_543224.2| PREDICTED: similar to ( 598) 430 93.7 2.2e-16
gi|114619463|ref|XP_001164762.1| PREDICTED: establ ( 601) 430 93.7 2.2e-16
gi|149030310|gb|EDL85366.1| rCG52137, isoform CRA_ ( 519) 428 93.2 2.6e-16
gi|148691050|gb|EDL22997.1| mCG14668, isoform CRA_ ( 217) 423 91.9 2.6e-16
gi|109501823|ref|XP_001080534.1| PREDICTED: simila ( 593) 428 93.3 2.8e-16
gi|149030309|gb|EDL85365.1| rCG52137, isoform CRA_ ( 595) 428 93.3 2.9e-16
gi|151556125|gb|AAI48945.1| ESCO2 protein [Bos tau ( 610) 428 93.3 2.9e-16
gi|183986176|gb|AAI66227.1| LOC100158558 protein [ ( 770) 429 93.6 3e-16
gi|71297041|gb|AAH34641.1| ESCO2 protein [Homo sap ( 239) 422 91.8 3.2e-16
gi|149746456|ref|XP_001492976.1| PREDICTED: simila ( 735) 427 93.2 3.8e-16
gi|109480686|ref|XP_001061977.1| PREDICTED: simila ( 595) 423 92.3 5.6e-16
>>gi|74208355|dbj|BAE26373.1| unnamed protein product [M (843 aa)
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Smith-Waterman score: 4460; 99.855% identity (100.000% similar) in 690 aa overlap (34-723:1-690)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|742 NQQSARREQCNSTQSKCNKVKVNQKHVKRKVLEIKSDCKEDRHSVTNEVINSPKGKKRKV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 TCQRDKMKGIKSEEVKINNIAIEINKATKRDPGNCNLDNHIKPSPDSSLDNQMKLSCESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 NRDVPPNHSQLKHDSHLEITIPKSLKLKDSEKVDEKQLVIDAGHKRFGAVSCNICGMLYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|742 NRDVPPNHSQLKHDSHLEITIPKSLKLKDSEKVDEKQLVIDAGHKRFGAVSCNICGMLYT
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mKIAA1 ASNPEDETQHLLFHNQFISAVKYVGWKKERILAEYPDGRIIMVLPEDPKYALKKVDEIRD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
gi|742 ASNPEDETQHLLFHNQFISAVKYVGWKKERILAEYPDGRIIMVLPEDPKYALKKVDEIRE
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mKIAA1 G
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>>gi|67460471|sp|Q69Z69.2|ESCO1_MOUSE RecName: Full=N-ac (843 aa)
initn: 4493 init1: 4460 opt: 4460 Z-score: 4649.0 bits: 871.0 E(): 0
Smith-Waterman score: 4460; 99.855% identity (100.000% similar) in 690 aa overlap (34-723:1-690)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA1 PDQNFSICSASEVETNPLENTAAASTLLSQAKIDEDRTFPGSAPNQQHSVLSDEASINRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|674 NRDVPPNHSQLKHDSHLEITIPKSLKLKDSEKVDEKQLVIDAGHKRFGAVSCNICGMLYT
580 590 600 610 620 630
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mKIAA1 ASNPEDETQHLLFHNQFISAVKYVGWKKERILAEYPDGRIIMVLPEDPKYALKKVDEIRD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
gi|674 ASNPEDETQHLLFHNQFISAVKYVGWKKERILAEYPDGRIIMVLPEDPKYALKKVDEIRE
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mKIAA1 G
gi|674 MVDNDLGFQQAPLMCYSRTKTLLFISNDKKVVGCLIAEHIQWGYRVIEEKLPVIRSEEEK
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>>gi|183985967|gb|AAI66441.1| Esco1 protein [Rattus norv (840 aa)
initn: 3105 init1: 2185 opt: 3929 Z-score: 4095.6 bits: 768.6 E(): 0
Smith-Waterman score: 3929; 88.986% identity (94.638% similar) in 690 aa overlap (34-723:1-687)
10 20 30 40 50 60
mKIAA1 LSDNTKYLASVPTWTQSSKTPQKERHYSGIMSIQEKSKENSSIVTKESEDENLEEEVESS
:::::::::::: : :::: ::::.:.:.:
gi|183 MSIQEKSKENSSKVIKESEGENLEQEIEGS
10 20 30
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mKIAA1 QNSPTKKSGSKEAVKTPVRFSNKSKTNESEFGMRMSTRSASCSADKTATNSFNKNTVTLK
::: .:::::::: :. ::::::::.:.::.: :::::::::::::.::::.::: :..:
gi|183 QNSLAKKSGSKEAGKSAVRFSNKSKVNQSEIGTRMSTRSASCSADKNATNSINKNMVSVK
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mKIAA1 GQSQESSKTKKLCQEKLSLGILKGNEQLHRRSQRLQQLTECTTRSLRSREIHGQIQTVKQ
:::::: : :::::::::.: .::.:::.::::::::::: :::::::::.::::::::
gi|183 GQSQESLKKKKLCQEKLSFGTFKGSEQLNRRSQRLQQLTESLTRSLRSREIQGQIQTVKQ
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mKIAA1 NQQSARREQCNSTQSKCNKVKVNQKHVKRKVLEIKSDCKEDRHSVTNEVINSPKGKKRKV
: : :::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|183 NLQPARREQCNSTQSKCNKV--NQKHVKRKVLEIKSDCKEDRHSVTNEVINSPKGKKRKV
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mKIAA1 QHQTTSTCSSQCNQGSEKCLQKTSRKEEIKPVPVTADIRKLKAATSVVSKKNELRKSAHT
:::::::::::: :::::::::: :::: :::::::.:::::.:::::::.:::::::::
gi|183 QHQTTSTCSSQCIQGSEKCLQKTIRKEETKPVPVTAEIRKLKTATSVVSKRNELRKSAHT
210 220 230 240 250 260
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mKIAA1 QVSTSTKRPQIPLPLVPEHSDDQELEQAGKSKRGSILQLCEEIAGEIESDTVEVKKESSC
:::.::: :::::::::::: :.:::: :::::::::::::::::::::::::::::: :
gi|183 QVSASTKFPQIPLPLVPEHSVDHELEQPGKSKRGSILQLCEEIAGEIESDTVEVKKES-C
270 280 290 300 310 320
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mKIAA1 VESVKEEKPAEVKLQGTDAERQILHHKEANQDVRSNRFFPSRKTKPVKCVLNGINSSTKK
::::::::::::::. :::::: ::.::.::::. :::::::::::::::::::::::::
gi|183 VESVKEEKPAEVKLEETDAERQTLHQKETNQDVQCNRFFPSRKTKPVKCVLNGINSSTKK
330 340 350 360 370 380
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mKIAA1 NSNWTKIKLSKFNSVQQHKLDSQVSPKLNLLQTGLSTSVLEMPHPVSQSTFLEMKAHGNV
:::::::::::::::.::::::::::::.:::: :: ::::::::::::::::: ::.:
gi|183 NSNWTKIKLSKFNSVHQHKLDSQVSPKLSLLQTFLSPPVLEMPHPVSQSTFLEMKPHGTV
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
mKIAA1 TCQRDKMKGIKSEEVKINNIAIEINKATKRDPGNCNLDNHIKPSPDSSLDNQMKLSCESA
:::.:::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::::: ::::::::: :::::
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mKIAA1 G
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.: .::: ::..::::: : :. :..::...:: :.::::: :....:.::.:: :
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mKIAA1 NVTCQRDKMKGIKSEEVKINNIAIEINKATKRDPGNCNLDNHIKPSPDSSLDNQMKLSCE
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