FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 ../query/mKIAA1939.ptfa, 798 aa
 vs ./tmplib.26680 library

1768219 residues in  2168 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.5168+/-0.00416; mu= 22.7580+/- 0.279
 mean_var=81.2306+/-18.614, 0's: 0 Z-trim: 9  B-trim: 0 in 0/36
 Lambda= 0.1423

FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                       opt bits E(2168)
mKIAA1137  ( 923 res)   meh02020                   ( 923) 1939  409 1.4e-114
mKIAA1021  ( 1196 res)   mpm09008                  (1196) 1312  280 8.9e-76
mKIAA4233  ( 1195 res)   mbg18924                  (1195) 1137  244 5.8e-65
mKIAA0566  ( 1521 res)   mbg09880                  (1521) 1054  227 8.8e-60
mKIAA0956  ( 1210 res)   mpm12246                  (1210)  563  127 1.7e-29
mKIAA0611  ( 1093 res)   mbh02036                  (1093)  443  102 4.3e-22
mKIAA0715  ( 889 res)   mbp06183                   ( 889)  357   84   8e-17


>>mKIAA1137  ( 923 res)   meh02020                        (923 aa)
 initn: 1951 init1: 1267 opt: 1939  Z-score: 2149.5  bits: 408.8 E(): 1.4e-114
Smith-Waterman score: 1939;  65.306% identity (65.455% ungapped) in 441 aa overlap (285-725:13-452)

          260       270       280       290       300       310    
mKIAA1 GPDTKLMQNSGKTKFKRTSIDRLMNTLVLWIFGFLVCLGIILAVGSSILESEVGDQFRTP
                                     :::::::.:.:::.:..: : ::: .:.. 
mKIAA1                   ASASSALFLSPQIFGFLVCMGVILAIGNAIWEHEVGTRFQVY
                                 10        20        30        40  

          320       330       340       350       360       370    
mKIAA1 PFWREGEKSFLFSGFLTFWSYVIILNTLVPISLYVSVEVIRLGHSYFINWDRKMYYASKA
         : :.  : .:::::.::::.:::::.:::::::::::::::::::::::.::.  .: 
mKIAA1 LPWDEAVDSAFFSGFLSFWSYIIILNTVVPISLYVSVEVIRLGHSYFINWDKKMFCMKKR
             50        60        70        80        90       100  

          380       390       400       410       420       430    
mKIAA1 MPAEARTTTLNEELGQIEYIFSDKTGTLTQNIMTFKKCSINGRVYAGEVLDDPIQKKEIT
        :::::::::::::::.::::::::::::::::.:.::::::. : :.:.:   .: :. 
mKIAA1 TPAEARTTTLNEELGQVEYIFSDKTGTLTQNIMVFNKCSINGHSY-GDVFDVLGHKAELG
            110       120       130       140        150       160 

          440       450       460       470       480       490    
mKIAA1 KEKEATDFSSKSKSEKTLHFFDQSLMESIELGDPKVHEFLRLLALCHTVMSEENSAGQLV
       .. : .::: .  ..: . :.:.::.:....:::..:::.:::.:::::::::.. :.: 
mKIAA1 ERPEPVDFSFNPLADKKFLFWDSSLLEAVKMGDPHTHEFFRLLSLCHTVMSEEKNEGELY
             170       180       190       200       210       220 

          500       510       520       530       540       550    
mKIAA1 YQVQSPDEGALVTAARNFGFIFKSRTPETITIEELGTPVTYQLLAFLDFNNIRKRMSVIV
       :..:::::::::::::::::.:.::::.:::..:::: .::::::.::::::::::::::
mKIAA1 YKAQSPDEGALVTAARNFGFVFRSRTPKTITVHELGTAITYQLLAILDFNNIRKRMSVIV
             230       240       250       260       270       280 

          560       570       580       590       600       610    
mKIAA1 RNPEGRIKLYSKGADTILFEKLHPSNEDLQSLTSDHLSEFAGEGLRTLAIAYRELDDKYF
       :::::.:.:: :::::::...::: ...: : :.:::.:.::.:::::..::..::..:.
mKIAA1 RNPEGKIRLYCKGADTILLDRLHPPTQELLSSTTDHLNEYAGDGLRTLVLAYKDLDEEYY
             290       300       310       320       330       340 

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mKIAA1 KMWQKMLEDANSATLERDERISGLYEEIERDLMLLGATAVEDKLQEGVIETITSLSLANI
       . : .   .:. :   :..:....:::.: :.:::::::.:::::.:: :::. :.::::
mKIAA1 EEWARRRLQASLAQDSREDRLASIYEEVESDMMLLGATAIEDKLQQGVPETIALLTLANI
             350       360       370       380       390       400 

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mKIAA1 KIWILTGDKQETAINIGYACNVLTDAMDALFVITGNTAGEVREELRCVLKERESGKGQGR
       :::.:::::::::.::::.:..::: :  .::.::.:. ::::::: . :.         
mKIAA1 KIWVLTGDKQETAVNIGYSCKMLTDDMTEVFVVTGHTVLEVREELRKARKKMVDSSHAVG
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          740       750       760       770       780       790    
mKIAA1 ETVLPFLFRSTSLGLNHVPHQGLILATRHCLRASNISQVFSGKNLKSCMLCFKMFLDKNL
                                                                   
mKIAA1 NGFTYQGNLSSSKLTSVLEAVAGEYALVINGHSLAHALEADMELEFLETACACKAVICCR
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>>mKIAA1021  ( 1196 res)   mpm09008                       (1196 aa)
 initn: 1348 init1: 330 opt: 1312  Z-score: 1452.8  bits: 280.3 E(): 8.9e-76
Smith-Waterman score: 1326;  34.424% identity (37.346% ungapped) in 703 aa overlap (32-708:125-798)

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mKIAA1 LRVMMFCNKKKLLEVERVVKANDRDYNEKFQYADNRIHTSKYNVLTFLPINLFEQLQRVA
                                     .: :::: .:::.  .:.: :::::..:.:
mKIAA1 CAGEENWVDSRTIYVGHKEPPPGAEAYIPQRYPDNRIVSSKYTFWNFIPKNLFEQFRRIA
          100       110       120       130       140       150    

              70        80        90       100       110       120 
mKIAA1 NAYFLFLLILQLIPEISSLTWFTTIVPLVLVISMTAVKDATDDYFRHKSDNQVNNRQSKV
       : :::.....::: .  . .  :. .:: .::..::.:.. .:..:::.:: .:.   . 
mKIAA1 NFYFLIIFLVQLIIDTPT-SPVTSGLPLFFVITVTAIKQGYEDWLRHKADNAMNQCPVHF
          160       170        180       190       200       210   

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mKIAA1 LINSKLQNEKWMNVKVGDIIKLENNQFVAADLLLLSSSEPHGLCYVETAELDGETNLKVR
       . ..::  ..  ...::::. .....    ::..:::..  : :.: :: ::::.. :..
mKIAA1 IQHGKLVRKQSRKLRVGDIVMVKEDETFPCDLIFLSSNRADGTCHVTTASLDGESSHKTH
           220       230       240       250       260       270   

             190         200       210       220            230    
mKIAA1 QALPVTSELG--ADISSLAEFDGIVRCEAPNNKLDRFSGVLS-WKDSK----HALSNQKI
        :.  :. .   ::..::    . ..:: :.  : .: : .. ..: .    . :.....
mKIAA1 YAVQDTKGFHTEADVDSL---HATIECEQPQPDLYKFVGRINVYNDLNDPVVRPLGSENL
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          240       250       260       270       280       290    
mKIAA1 ILRGCVLRNTSWCFGMVLFAGPDTKLMQNSGKTKFKRTSIDRLMNTLVLWIFGFLVCLGI
       .::: .:.::   ::.....: .::.  :  . . ::..... :::...  . .::  ..
mKIAA1 LLRGATLKNTEKIFGVAIYTGMETKMALNYQSKSQKRSAVEKSMNTFLIVYLCILVSKAL
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          300       310       320            330       340         
mKIAA1 ILAVGSSILESEVGDQFRTPPFWREG-----EKSFLFSGFLTFWSYVIILNTLVPISLYV
       : .: . . .::    ::  :.. :      ...... .:  : ......: ..:.:.::
mKIAA1 INTVLKYVWQSE---PFRDEPWYNEKTESERQRNLFLRAFTDFLAFMVLFNYIIPVSMYV
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     350       360       370       380       390       400         
mKIAA1 SVEVIRLGHSYFINWDRKMYYASKAMPAEARTTTLNEELGQIEYIFSDKTGTLTQNIMTF
       .::. ..  ::::.::. :.    .    . :. :::::::.::::.:::::::.: :.:
mKIAA1 TVEMQKFLGSYFITWDEDMFDEEMGEGPLVNTSDLNEELGQVEYIFTDKTGTLTENNMAF
       450       460       470       480       490       500       

     410       420       430       440       450       460         
mKIAA1 KKCSINGRVYAGEVLDDPIQKKEITKEKEATDFSSKSKSEKTLHFFDQSLMESIELGDPK
       :.: :.:.::. .:    : . ..  .. . :. ..: .                 :  .
mKIAA1 KECCIEGHVYVPHV----ICNGQVLPDSSGIDMIDSSPGV---------------CGRER
       510       520           530       540                       

     470       480       490                    500       510      
mKIAA1 VHEFLRLLALCHTVMSEENSAGQ-------------LVYQVQSPDEGALVTAARNFGFIF
        . :.: . :::::. ...  :.              ::  .:::: ::: ... .:: .
mKIAA1 EELFFRAICLCHTVQVKDDHCGDDVDGPQKSPDAKSCVYISSSPDEVALVEGVQRLGFTY
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mKIAA1 KSRTPETITIEELGTPVT-YQLLAFLDFNNIRKRMSVIVRNPEGRIKLYSKGADTILFEK
            . . : .  . .  ..::  : :...:.::::::..  :.: :. ::::. .: .
mKIAA1 LRLKDNYMEILNRENDIERFELLEVLTFDSVRRRMSVIVKSTTGEIYLFCKGADSSIFPR
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         580       590       600       610       620       630     
mKIAA1 LHPSNEDLQSLTSDHLSEFAGEGLRTLAIAYRELDDKYFKMWQKMLEDANSATLERDERI
       .  .. :    . ... . : :::::: .::..:. . ..   ..:..:. :  .:....
mKIAA1 VIEGKVDQ---VRSRVERNAVEGLRTLCVAYKRLEPEQYEDACRLLQSAKVALQDREKKL
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mKIAA1 SGLYEEIERDLMLLGATAVEDKLQEGVIETITSLSLANIKIWILTGDKQETAINIGYACN
       .  ::.::.::.:::::::::.::: . .:: .:. :.::.:.:::::.:::    :::.
mKIAA1 AEAYEQIEKDLVLLGATAVEDRLQEKAADTIEALQKAGIKVWVLTGDKMETASATCYACK
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         700       710       720       730       740       750     
mKIAA1 VLTDAMDALFVITGNTAGEVREELRCVLKERESGKGQGRETVLPFLFRSTSLGLNHVPHQ
       ..  . . : . :                                               
mKIAA1 LFRRSTQLLELTTKKLEEQSLHDVLFDLSKTVLRCSGSMTRDSFSGLSTDMHDYGLIIDG
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>>mKIAA4233  ( 1195 res)   mbg18924                       (1195 aa)
 initn: 1841 init1: 698 opt: 1137  Z-score: 1258.6  bits: 244.3 E(): 5.8e-65
Smith-Waterman score: 1892;  43.931% identity (45.238% ungapped) in 692 aa overlap (32-719:79-754)

              10        20        30        40        50        60 
mKIAA1 LRVMMFCNKKKLLEVERVVKANDRDYNEKFQYADNRIHTSKYNVLTFLPINLFEQLQRVA
                                     .. .:.. :.::::.::::  :. :..:.:
mKIAA4 YEKTDDVSEKTSLADQEEVRTIFINQPQLTKFCNNHVSTAKYNVITFLPRFLYSQFRRAA
       50        60        70        80        90       100        

              70        80        90       100       110       120 
mKIAA1 NAYFLFLLILQLIPEISSLTWFTTIVPLVLVISMTAVKDATDDYFRHKSDNQVNNRQSKV
       :..:::. .:: ::..:    .::.:::.......:.:.  .:  :::.:: ::..:..:
mKIAA4 NSFFLFIALLQQIPDVSPTGRYTTLVPLLFILAVAAIKEIIEDIKRHKADNAVNKKQTQV
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             130       140       150       160       170       180 
mKIAA1 LINSKLQNEKWMNVKVGDIIKLENNQFVAADLLLLSSSEPHGLCYVETAELDGETNLKVR
       : :.  .  .: .: ::.:.:. :.. . :::: ::::::...::.::..::::::::.:
mKIAA4 LRNGAWEIVHWEKVAVGEIVKVTNGEHLPADLLSLSSSEPQAMCYIETSNLDGETNLKIR
      170       180       190       200       210       220        

             190       200       210       220        230       240
mKIAA1 QALPVTSELGADISSLAEFDGIVRCEAPNNKLDRFSGVLSWKDSKHA-LSNQKIILRGCV
       :.::.::..  ::.:: ...: ..::.:: .:  : : .       . :. ..:.:::  
mKIAA4 QGLPATSDI-KDIDSLMRISGRIECESPNRHLYDFVGNIRLDGHGTVPLGADQILLRGAQ
      230        240       250       260       270       280       

              250       260       270       280       290       300
mKIAA1 LRNTSWCFGMVLFAGPDTKLMQNSGKTKFKRTSIDRLMNTLVLWIFGFLVCLGIILAVGS
       ::::.:  :.:...: :::::::: .  .: ....:. :. .: .: .:. .... .:::
mKIAA4 LRNTQWVHGIVVYTGHDTKLMQNSTSPPLKLSNVERITNVQILILFCILIAMSLVCSVGS
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       ::. : ::: .:  :.::::::::::::::::::..: .:   :  . .  :.  : .::
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        :...:. .: :::::: :: : :. . .  : .   .:....  :.: .     ..::.
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       ......    :. . . :  : ..   .  :. :. :   : :  .: . .  :  .:..
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       . .   ..:  ...  : . .. :..   : .: : :    .... : ..::::::.::.
mKIAA0 ILKYTWQAE--EKWDEPWYNQKTEHQRNSSKILRFISDFLAFLVLYNFIIPISLYVTVEM
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mKIAA1 IRLGHSYFINWDRKMYYASKAMPAEARTTTLNEELGQIEYIFSDKTGTLTQNIMTFKKCS
        ..  :.::.::  .:.  . . :.. :. :::::::.::.:.:::::::.: : :..::
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mKIAA1 INGRVYA---GEVLDDPIQKKEITKEKEATDFSSKSKSEKTLHFFDQSLMESIELGDPKV
       :::  :    :...  :   .  . : :.  ..: :.  .. :.   ::  : :     .
mKIAA0 INGLKYQEINGKLV--PEGPSPDSTEGEVPFLGSLSHLSNSAHLTATSLRTSPESETELI
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       .:   :.. ..::::: .:. .. :             :: : ..:::: ::: ::   :
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mKIAA1 FIFKSRTPETITIEELGTPVTYQLLAFLDFNNIRKRMSVIVRNPEGRIKLYSKGADTILF
       .:: . . ::. .. ::    :.:: .:.:.. :.::::::. : :.  :..:::.. ..
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mKIAA1 EKLHPSNEDLQSLTSDHLSEFAGEGLRTLAIAYRELDDKYFKMWQKMLEDANSATLERDE
        :   ..:  .  :  :..::: .::::: ::::..  : ..  .. : .: .:  .:.:
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mKIAA1 RISGLYEEIERDLMLLGATAVEDKLQEGVIETITSLSLANIKIWILTGDKQETAINIGYA
       ...  .. ::.::.:::::::::.::. : ::: .: .:.::.:.:::::.:::.... .
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mKIAA1 CNVLTDAMDALFVITGNTAGEVREELRCVLKERESGKGQGRETVLPFLFRSTSLGLNHVP
       :. .  .:. : .:. .. .   :.:: . ..    .   .  :.     .:::.:    
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mKIAA1 HQGLIL-ATRHCLRASNISQVFSGKNLKSCMLCFKMFLDKNLEDIK              
       :. :.. . :.:                                                
mKIAA0 HEKLFMEVCRNCSAVLCCRMAPLQKAKVIRLIKISPEKPITLAVGDGANDVSMIQEAHVG
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mKIAA1 NAYFLFLLILQLIPEISSLTWFTTIVPLVLVISMTAVKDATDDYFRHKSDNQVNNRQSKV
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mKIAA1 LINSKLQNEKWMNVKVGDIIKLENNQFVAADLLLLSSSEPHGLCYVETAELDGETNLKVR
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mKIAA0 GTVIASGT-VVGVVLYTGRELRSVMNTSDPRSKIGLFDLEVNCLTKILFGALVVVSLVMV
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mKIAA1 VGSSILESEVGDQFRTPPFWREGEKSFLFSGFLTFWSYVIILNTLVPISLYVSVEVIRLG
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mKIAA0 A----LQHFAGR-------W-----------YLQIIRFLLLFSNIIPISLRVNLDMGKIV
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mKIAA1 HSYFINWDRKMYYASKAMPAEA-RTTTLNEELGQIEYIFSDKTGTLTQNIMTFKKCSING
       .:. :  : :.       :. . :..:. :.::.: :...::::::::: :.::.  .. 
mKIAA0 YSWVIRRDSKI-------PGTVVRSSTIPEQLGRISYLLTDKTGTLTQNEMVFKRLHLGT
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mKIAA1 LLALCHTVMSEENSAG---------QL-----VYQVQSPDEGALVTAARNFGFIFKSRTP
        .::::.:    .: :         :.     :::..:::: :::  ... :. . .:  
mKIAA0 AIALCHNVTPVYESNGVTDQAEAEKQFEDSCRVYQASSPDEVALVQWTESVGLTLVGRDQ
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        .. ..  :  : .  .:  . :.   :::..:::.   :.: .: ::::...   .   
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mKIAA1 NEDLQSLTSDHLSEFAGEGLRTLAIAYRELDDKYFKMWQKMLEDANSATLERDERISGLY
       :. :.    .. ...: ::::.:..: . : .. .. ..    .:. .. .:. ... . 
mKIAA0 NDWLE----EECGNMAREGLRVLVVAKKSLTEEQYQDFEARYVQAKLSVHDRSLKVATVI
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mKIAA1 EEIERDLMLLGATAVEDKLQEGVIETITSLSLANIKIWILTGDKQETAINIGYACNVLTD
       : .: .. ::  :.:::.::  :  :. .:  :.::.:.::::: :::   .   ...: 
mKIAA0 ESLEMEMELLCLTGVEDQLQADVRPTLETLRNAGIKVWMLTGDKLETATCTAKNAHLVTR
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mKIAA1 AMDA-LFVITGNTAGEVREELRCVLKERESG---KGQGRETVLPFLFRSTSLGLNHVPHQ
        .:  .: .. :  ::.. ::    .... .   .:.. :. : .               
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mKIAA1 GLILATRHCLRASNISQVFSGKNLKSCMLCFKMFLDKNLEDIK                 
                                                                   
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Smith-Waterman score: 585;  41.296% identity (43.777% ungapped) in 247 aa overlap (492-725:127-372)

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mKIAA1 SIELGDPKVHEFLRLLALCHTVMSEENSAGQLVYQVQSPDEGALVTAARNFGFIFKSRTP
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mKIAA1 ETITIE-ELGTPVTYQLLAFLDFNNIRKRMSVIVRNP-EGRIKLYSKGADTILFEKLH-P
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mKIAA1 ---SNEDLQ-------SLTSDHLSEFAGEGLRTLAIAYRELDDKYFKMWQKMLEDANSAT
          :: :..       . :. ::. .: .::::: :: . .:.. :. : .. ..:... 
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mKIAA1 NIGYACNVLTDAMDALFVITGNTAGEVREELRCVLKERESGKGQGRETVLPFLFRSTSLG
       ::.:.:..: :  :... :. ..    .  : :.:..                       
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]