# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mkg00207.fasta.nr -Q ../query/mFLJ00080.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mFLJ00080, 882 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7918867 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5162+/-0.000191; mu= 13.2503+/- 0.011 mean_var=98.2508+/-19.008, 0's: 35 Z-trim: 45 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.129392 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|81873327|sp|Q80WQ6.1|RHDF2_MOUSE RecName: Full= ( 827) 5742 1082.8 0 gi|26324818|dbj|BAC26163.1| unnamed protein produc ( 827) 5733 1081.1 0 gi|93352558|ref|NP_001005498.2| rhomboid, veinlet- ( 827) 5305 1001.2 0 gi|122131675|sp|Q00M95.1|RHDF2_CANFA RecName: Full ( 827) 5300 1000.3 0 gi|45825436|gb|AAS77567.1| rhomboid veinlet-like 5 ( 827) 5298 999.9 0 gi|158257764|dbj|BAF84855.1| unnamed protein produ ( 827) 5290 998.4 0 gi|114670633|ref|XP_001151981.1| PREDICTED: rhombo ( 827) 5286 997.7 0 gi|119609810|gb|EAW89404.1| rhomboid 5 homolog 2 ( ( 827) 5285 997.5 0 gi|149723286|ref|XP_001493344.1| PREDICTED: simila ( 827) 5270 994.7 0 gi|109118386|ref|XP_001104742.1| PREDICTED: simila ( 827) 5249 990.8 0 gi|119912793|ref|XP_596084.3| PREDICTED: similar t ( 825) 5180 977.9 0 gi|93352556|ref|NP_078875.3| rhomboid, veinlet-lik ( 856) 5060 955.5 0 gi|193806488|sp|Q6PJF5.2|RHDF2_HUMAN RecName: Full ( 856) 5060 955.5 0 gi|54311128|gb|AAH16034.2| Rhomboid 5 homolog 2 (D ( 856) 5059 955.3 0 gi|114670629|ref|XP_001151797.1| PREDICTED: rhombo ( 856) 5041 951.9 0 gi|109118388|ref|XP_001104817.1| PREDICTED: simila ( 856) 5004 945.0 0 gi|126308402|ref|XP_001368925.1| PREDICTED: simila ( 827) 4926 930.5 0 gi|126308404|ref|XP_001368951.1| PREDICTED: simila ( 851) 4725 893.0 0 gi|74222744|dbj|BAE42238.1| unnamed protein produc ( 653) 4550 860.2 0 gi|118099627|ref|XP_415618.2| PREDICTED: similar t ( 829) 4385 829.5 0 gi|119609807|gb|EAW89401.1| rhomboid 5 homolog 2 ( ( 851) 4365 825.8 0 gi|224074988|ref|XP_002195482.1| PREDICTED: simila ( 825) 4363 825.4 0 gi|21595108|gb|AAH31398.1| Rhbdf2 protein [Mus mus ( 607) 4217 798.0 0 gi|54311162|gb|AAH35829.1| RHBDF2 protein [Homo sa ( 649) 4183 791.7 0 gi|193806414|sp|A0JPA1.1|RHDF2_XENTR RecName: Full ( 826) 4126 781.1 0 gi|10438686|dbj|BAB15310.1| unnamed protein produc ( 619) 4016 760.5 0 gi|18676416|dbj|BAB84860.1| FLJ00080 protein [Homo ( 716) 3884 735.9 1.5e-209 gi|149054866|gb|EDM06683.1| rhomboid, veinlet-like ( 595) 3797 719.6 1e-204 gi|149637695|ref|XP_001507893.1| PREDICTED: simila ( 822) 3735 708.1 3.9e-201 gi|119609808|gb|EAW89402.1| rhomboid 5 homolog 2 ( ( 622) 3653 692.7 1.3e-196 gi|221044566|dbj|BAH13960.1| unnamed protein produ ( 458) 2711 516.7 8.9e-144 gi|57088635|ref|XP_547222.1| PREDICTED: similar to ( 856) 2566 489.9 2e-135 gi|183396440|gb|ACC62115.1| rhomboid family 1 (pre ( 856) 2565 489.7 2.2e-135 gi|218157236|gb|ACK58461.1| rhomboid family 1 (pre ( 856) 2563 489.4 2.9e-135 gi|190195531|gb|ACE73629.1| rhomboid family 1 (pre ( 868) 2559 488.6 4.9e-135 gi|149750980|ref|XP_001494786.1| PREDICTED: simila ( 856) 2558 488.4 5.5e-135 gi|224069971|ref|XP_002196233.1| PREDICTED: simila ( 857) 2556 488.1 7.1e-135 gi|190360184|sp|A7YWH9.1|RHDF1_BOVIN RecName: Full ( 856) 2554 487.7 9.2e-135 gi|190360226|sp|Q96CC6.2|RHDF1_HUMAN RecName: Full ( 855) 2550 486.9 1.6e-134 gi|15680161|gb|AAH14425.1| Rhomboid 5 homolog 1 (D ( 855) 2550 486.9 1.6e-134 gi|190360185|sp|B0VX73.1|RHDF1_CALJA RecName: Full ( 855) 2548 486.6 2e-134 gi|190360187|sp|A9L8T6.1|RHDF1_PAPAN RecName: Full ( 855) 2546 486.2 2.6e-134 gi|118098129|ref|XP_414944.2| PREDICTED: similar t ( 853) 2545 486.0 3e-134 gi|10438710|dbj|BAB15318.1| unnamed protein produc ( 855) 2545 486.0 3e-134 gi|190360186|sp|B1MT31.1|RHDF1_CALMO RecName: Full ( 855) 2543 485.6 3.8e-134 gi|18463968|gb|AAL73049.1| C16ORF8 [Sphoeroides ne ( 773) 2542 485.4 4.1e-134 gi|19483909|gb|AAH23469.1| Rhbdf1 protein [Mus mus ( 621) 2535 484.0 8.6e-134 gi|47220058|emb|CAG12206.1| unnamed protein produc ( 894) 2536 484.4 9.8e-134 gi|190360227|sp|Q6PIX5.2|RHDF1_MOUSE RecName: Full ( 856) 2535 484.1 1.1e-133 gi|82184057|sp|Q6GMF8.1|RHDF1_DANRE RecName: Full= ( 857) 2535 484.1 1.1e-133 >>gi|81873327|sp|Q80WQ6.1|RHDF2_MOUSE RecName: Full=Rhom (827 aa) initn: 5742 init1: 5742 opt: 5742 Z-score: 5792.1 bits: 1082.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 5742; 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