# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mid15001.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1497.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1497, 721 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7900992 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3346+/-0.000188; mu= 11.2458+/- 0.010 mean_var=79.1466+/-15.403, 0's: 33 Z-trim: 143 B-trim: 449 in 2/65 Lambda= 0.144164 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|60390182|sp|Q61809.1|LRRN1_MOUSE RecName: Full= ( 716) 4656 978.6 0 gi|85701140|sp|Q32Q07.1|LRRN1_RAT RecName: Full=Le ( 716) 4618 970.7 0 gi|73985051|ref|XP_541797.2| PREDICTED: similar to ( 716) 4518 949.9 0 gi|149728335|ref|XP_001496735.1| PREDICTED: simila ( 716) 4517 949.6 0 gi|109035889|ref|XP_001099632.1| PREDICTED: leucin ( 716) 4508 947.8 0 gi|60390188|sp|Q6UXK5.1|LRRN1_HUMAN RecName: Full= ( 716) 4498 945.7 0 gi|114585231|ref|XP_526119.2| PREDICTED: leucine r ( 716) 4494 944.9 0 gi|23273823|gb|AAH34947.1| Leucine rich repeat neu ( 716) 4492 944.4 0 gi|158256866|dbj|BAF84406.1| unnamed protein produ ( 716) 4492 944.4 0 gi|124013788|sp|A0N0X6.1|LRRN1_BOVIN RecName: Full ( 716) 4482 942.4 0 gi|126336145|ref|XP_001364523.1| PREDICTED: simila ( 716) 4437 933.0 0 gi|149412776|ref|XP_001506488.1| PREDICTED: simila ( 716) 4434 932.4 0 gi|224066647|ref|XP_002187160.1| PREDICTED: leucin ( 716) 4405 926.4 0 gi|145226696|gb|ABP48107.1| leucine-rich repeat ne ( 716) 4404 926.1 0 gi|38303985|gb|AAH61939.1| MGC68797 protein [Xenop ( 718) 3917 824.9 0 gi|37590698|gb|AAH59292.1| Xnlrr-1 protein [Xenopu ( 718) 3895 820.3 0 gi|161612178|gb|AAI55657.1| Lrrn1 protein [Danio r ( 717) 3889 819.0 0 gi|3157804|dbj|BAA28530.1| neuronal leucine-rich r ( 718) 3888 818.8 0 gi|47227349|emb|CAF96898.1| unnamed protein produc ( 717) 3765 793.2 0 gi|132537080|gb|ABO34019.1| neuronal leucine-rich ( 712) 3754 791.0 0 gi|47229532|emb|CAG06728.1| unnamed protein produc ( 715) 3676 774.7 0 gi|157676725|emb|CAP07997.1| unnamed protein produ ( 631) 3391 715.4 1.6e-203 gi|74183531|dbj|BAE36622.1| unnamed protein produc ( 473) 3089 652.5 1e-184 gi|10435134|dbj|BAB14500.1| unnamed protein produc ( 431) 2745 580.9 3.3e-163 gi|57096498|ref|XP_539523.1| PREDICTED: similar to ( 708) 2601 551.1 5e-154 gi|76615294|ref|XP_588627.2| PREDICTED: similar to ( 708) 2595 549.9 1.2e-153 gi|23242678|gb|AAH35133.1| Leucine rich repeat neu ( 708) 2592 549.3 1.8e-153 gi|75070424|sp|Q5R482.1|LRRN3_PONAB RecName: Full= ( 708) 2592 549.3 1.8e-153 gi|74761421|sp|Q9H3W5.1|LRRN3_HUMAN RecName: Full= ( 708) 2592 549.3 1.8e-153 gi|118082233|ref|XP_001232594.1| PREDICTED: hypoth ( 708) 2589 548.6 2.8e-153 gi|126340565|ref|XP_001363413.1| PREDICTED: hypoth ( 708) 2587 548.2 3.7e-153 gi|158258549|dbj|BAF85245.1| unnamed protein produ ( 708) 2586 548.0 4.3e-153 gi|149705744|ref|XP_001501416.1| PREDICTED: leucin ( 708) 2576 545.9 1.8e-152 gi|48146911|emb|CAG33678.1| LRRN3 [Homo sapiens] ( 708) 2574 545.5 2.4e-152 gi|224093620|ref|XP_002195133.1| PREDICTED: leucin ( 708) 2568 544.3 5.8e-152 gi|81914224|sp|Q8CBC6.1|LRRN3_MOUSE RecName: Full= ( 707) 2516 533.5 1e-148 gi|148704870|gb|EDL36817.1| leucine rich repeat pr ( 707) 2514 533.0 1.4e-148 gi|51980290|gb|AAH81791.1| Leucine rich repeat pro ( 707) 2510 532.2 2.5e-148 gi|81917440|sp|Q9ESY6.1|LRRN3_RAT RecName: Full=Le ( 707) 2510 532.2 2.5e-148 gi|1369906|dbj|BAA08622.1| leucine-rich repeat pro ( 707) 2507 531.6 3.8e-148 gi|149476145|ref|XP_001515776.1| PREDICTED: hypoth ( 707) 2483 526.6 1.2e-146 gi|115292130|gb|AAI21980.1| Leucine rich repeat ne ( 706) 2381 505.4 2.9e-140 gi|110083947|gb|ABG49146.1| neuronal leucine-rich ( 441) 2364 501.7 2.4e-139 gi|125822909|ref|XP_688004.2| PREDICTED: leucine r ( 706) 2366 502.3 2.6e-139 gi|47222103|emb|CAG12129.1| unnamed protein produc ( 611) 2298 488.1 4.1e-135 gi|158254009|gb|AAI54067.1| LOC100127637 protein [ ( 738) 2267 481.7 4.2e-133 gi|213625312|gb|AAI70325.1| Neuronal leucine-rich ( 739) 2259 480.0 1.3e-132 gi|83743009|gb|ABC42025.1| neuronal leucine-rich r ( 739) 2244 476.9 1.2e-131 gi|84579235|dbj|BAE73051.1| hypothetical protein [ ( 598) 2222 472.3 2.3e-130 gi|126306857|ref|XP_001371227.1| PREDICTED: simila ( 713) 2201 468.0 5.5e-129 >>gi|60390182|sp|Q61809.1|LRRN1_MOUSE RecName: Full=Leuc (716 aa) initn: 4656 init1: 4656 opt: 4656 Z-score: 5231.5 bits: 978.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 4656; 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