# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mic17043.fasta.nr -Q ../query/mKIAA2000.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA2000, 1263 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7916713 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6635+/-0.000185; mu= 12.5346+/- 0.010 mean_var=84.2264+/-16.346, 0's: 38 Z-trim: 59 B-trim: 74 in 1/66 Lambda= 0.139749 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|159131889|ref|NP_082997.3| nephrocystin 3 isofo (1325) 8357 1695.7 0 gi|68565898|sp|Q7TNH6.1|NPHP3_MOUSE RecName: Full= (1324) 8290 1682.2 0 gi|109483899|ref|XP_343462.3| PREDICTED: similar t (1492) 7959 1615.5 0 gi|109732340|gb|AAI15725.1| Nphp3 protein [Mus mus (1204) 7889 1601.3 0 gi|68565783|sp|Q7Z494.1|NPHP3_HUMAN RecName: Full= (1330) 7441 1511.0 0 gi|114589447|ref|XP_516758.2| PREDICTED: nephronop (2073) 7427 1508.3 0 gi|119922500|ref|XP_584147.3| PREDICTED: similar t (1331) 7394 1501.5 0 gi|73990082|ref|XP_542785.2| PREDICTED: similar to (1335) 7373 1497.3 0 gi|73990088|ref|XP_863961.1| PREDICTED: similar to (2066) 7373 1497.4 0 gi|73990086|ref|XP_863943.1| PREDICTED: similar to (2040) 7365 1495.8 0 gi|126341396|ref|XP_001369364.1| PREDICTED: simila (1335) 6901 1402.1 0 gi|194221602|ref|XP_001495737.2| PREDICTED: nephro (1577) 6901 1402.2 0 gi|118085988|ref|XP_418790.2| PREDICTED: similar t (1315) 6646 1350.7 0 gi|224045487|ref|XP_002196573.1| PREDICTED: nephro (1373) 6514 1324.1 0 gi|149632081|ref|XP_001514031.1| PREDICTED: simila (1275) 6405 1302.1 0 gi|68565725|sp|Q6AZT7.1|NPHP3_XENLA RecName: Full= (1300) 6281 1277.1 0 gi|119599593|gb|EAW79187.1| nephronophthisis 3 (ad (1017) 5932 1206.7 0 gi|109049352|ref|XP_001115440.1| PREDICTED: simila (1734) 5851 1190.5 0 gi|125853159|ref|XP_691073.2| PREDICTED: similar t (1303) 5673 1154.5 0 gi|16549947|dbj|BAB70891.1| unnamed protein produc ( 711) 4126 842.5 0 gi|148689136|gb|EDL21083.1| mCG16149 [Mus 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similar to ( 379) 2019 417.5 8.2e-114 gi|156216671|gb|EDO37603.1| predicted protein [Nem (1346) 1639 341.2 2.6e-90 gi|190586397|gb|EDV26450.1| hypothetical protein T ( 476) 1477 308.2 7.7e-81 gi|148689134|gb|EDL21081.1| mCG140767 [Mus musculu ( 393) 1355 283.6 1.7e-73 gi|149018727|gb|EDL77368.1| rCG25531 [Rattus norve ( 389) 1309 274.3 1e-70 gi|32478130|gb|AAP83426.1| nephrocystin 3 splice v ( 231) 1283 268.9 2.6e-69 gi|148689135|gb|EDL21082.1| mCG115611 [Mus musculu ( 193) 1138 239.6 1.4e-60 gi|21751737|dbj|BAC04018.1| unnamed protein produc ( 150) 939 199.4 1.4e-48 gi|198415581|ref|XP_002123449.1| PREDICTED: simila ( 340) 894 190.6 1.4e-45 gi|68161852|emb|CAI46200.2| hypothetical protein [ ( 150) 876 186.7 9.2e-45 gi|115677496|ref|XP_001203493.1| PREDICTED: simila (1012) 769 165.7 1.3e-37 gi|210106935|gb|EEA54894.1| hypothetical protein B ( 536) 761 163.9 2.4e-37 gi|190586396|gb|EDV26449.1| hypothetical protein T ( 837) 727 157.2 4e-35 gi|32478128|gb|AAP83425.1| nephrocystin 3 splice v ( 123) 665 144.1 5e-32 gi|193086676|gb|ACF11952.1| TPR repeat-containing ( 646) 667 145.0 1.4e-31 gi|76882018|gb|ABA56699.1| TPR repeat protein [Nit ( 454) 653 142.1 7.6e-31 gi|119452070|gb|EAW33283.1| kinesin light chain-li (1104) 648 141.4 3.1e-30 >>gi|159131889|ref|NP_082997.3| nephrocystin 3 isoform a (1325 aa) initn: 8357 init1: 8357 opt: 8357 Z-score: 9097.9 bits: 1695.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 8357; 100.000% identity (100.000% similar) in 1263 aa overlap (1-1263:63-1325) 10 20 30 mKIAA2 GGLLGASFKSTGSSVPELEYAAAEFERLKK :::::::::::::::::::::::::::::: gi|159 EVKPKARLLRSSFRRGAGAGPGSLPRAAGGGGLLGASFKSTGSSVPELEYAAAEFERLKK 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 mKIAA2 EYEIFRVSKNQELLSMGRREAKLDTENKRLRAELQALQKTYQKILREKEGALEAKYQAME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|159 EYEIFRVSKNQELLSMGRREAKLDTENKRLRAELQALQKTYQKILREKEGALEAKYQAME 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 mKIAA2 RAVTFEHDRDRVKRQFKIFRETKENEIQDLLRAKRELESKLQRLQAQGIQVFDPGESDSD 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