# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mib07095.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0478.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0478, 1234 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7894634 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4208+/-0.000191; mu= 13.5500+/- 0.011 mean_var=87.7107+/-16.808, 0's: 42 Z-trim: 201 B-trim: 5 in 1/65 Lambda= 0.136946 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|37747425|gb|AAH59177.1| Zinc finger and BTB dom (1258) 7925 1576.8 0 gi|109475648|ref|XP_342954.3| PREDICTED: similar t (1255) 7143 1422.3 0 gi|94372475|ref|XP_919018.2| PREDICTED: similar to ( 998) 6223 1240.5 0 gi|92058721|gb|AAI14608.1| ZBTB40 protein [Homo sa (1127) 4562 912.4 0 gi|119615418|gb|EAW95012.1| zinc finger and BTB do (1239) 4562 912.4 0 gi|168267384|dbj|BAG09748.1| zinc finger and BTB d (1239) 4562 912.4 0 gi|114554578|ref|XP_001165023.1| PREDICTED: zinc f (1127) 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|377 CKNLLTNLVNCSVQGQVVRDVSVLSSEAGNKESEKPQVEALSSEGAEEPSSSPEVSAVPA 110 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 mKIAA0 GPEKAKTQDVINIATQEINADPPVAQEVQVAAEITGATPHTAEVCSPSPVGQIPSETKEV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|377 GPEKAKTQDVINIATQEINADPPVAQEVQVAAEITGATPHTAEVCSPSPVGQIPSETKEV 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 mKIAA0 NTEAECETKQDQLTLLLEHESVFSDAALLTPDTLRRLAGCSEIEGPQKETIIECLTSEGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|377 NTEAECETKQDQLTLLLEHESVFSDAALLTPDTLRRLAGCSEIEGPQKETIIECLTSEGG 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 mKIAA0 SSAFQRILDKVHDGSLDVQVALSLVRLYQESTPAEKVSQIQPEGSAGEGKTLSVLLLEHK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|377 SSAFQRILDKVHDGSLDVQVALSLVRLYQESTPAEKVSQIQPEGSAGEGKTLSVLLLEHK 290 300 310 320 330 340 330 340 350 360 370 380 mKIAA0 EDLIQCVTQLRPIVEFLETAKEEFLPDSEKRVIQSCCEGRTPKEMIENLLHRVTEEKTLP 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