# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mib06001.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0146.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0146, 827 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7920276 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1057+/-0.000184; mu= 13.8496+/- 0.010 mean_var=73.1387+/-14.059, 0's: 38 Z-trim: 40 B-trim: 39 in 1/66 Lambda= 0.149969 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|26343021|dbj|BAC35167.1| unnamed protein produc ( 824) 4596 1004.2 0 gi|74218100|dbj|BAE42027.1| unnamed protein produc ( 760) 4256 930.6 0 gi|148664992|gb|EDK97408.1| RIKEN cDNA 2310008H04, ( 753) 4043 884.5 0 gi|125858880|gb|AAI29121.1| RGD1566036 protein [Ra ( 878) 3860 845.0 0 gi|149019696|gb|EDL77844.1| similar to RIKEN cDNA ( 772) 3572 782.6 0 gi|28422336|gb|AAH46558.1| 2310008H04Rik protein [ ( 625) 3509 768.9 0 gi|74151304|dbj|BAE38782.1| unnamed protein produc ( 601) 3280 719.3 1.1e-204 gi|194376834|dbj|BAG57563.1| unnamed protein produ ( 845) 2973 653.0 1.4e-184 gi|194383254|dbj|BAG64598.1| unnamed protein produ ( 876) 2973 653.1 1.5e-184 gi|109086379|ref|XP_001104319.1| PREDICTED: hypoth ( 915) 2966 651.6 4.4e-184 gi|194375744|dbj|BAG57216.1| unnamed protein produ ( 737) 2560 563.6 1e-157 gi|47682209|gb|AAH69859.1| 2310008H04Rik protein [ ( 475) 2510 552.7 1.3e-154 gi|119607081|gb|EAW86675.1| hCG1810961, isoform CR ( 683) 2317 511.0 6.5e-142 gi|55391495|gb|AAH85258.1| 2310008H04Rik protein [ ( 414) 2098 463.5 8.1e-128 gi|20071267|gb|AAH26877.1| 2310008H04Rik protein [ ( 393) 1919 424.7 3.6e-116 gi|194376796|dbj|BAG57544.1| unnamed protein produ ( 426) 1787 396.2 1.5e-107 gi|194377178|dbj|BAG63150.1| unnamed protein produ ( 420) 1413 315.3 3.4e-83 gi|194381750|dbj|BAG64244.1| unnamed protein produ ( 405) 1396 311.6 4.2e-82 gi|193786271|dbj|BAG51554.1| unnamed protein produ ( 390) 1326 296.4 1.5e-77 gi|165970530|gb|AAI58396.1| LOC100145029 protein [ ( 395) 821 187.2 1.2e-44 gi|183986200|gb|AAI66296.1| Unknown (protein for M ( 645) 821 187.3 1.7e-44 gi|119607083|gb|EAW86677.1| hCG1810961, isoform CR ( 198) 484 114.0 6.1e-23 gi|194387354|dbj|BAG60041.1| unnamed protein produ ( 209) 449 106.5 1.2e-20 gi|194376000|dbj|BAG57344.1| unnamed protein produ ( 181) 445 105.6 2e-20 gi|47220367|emb|CAF98466.1| unnamed protein produc ( 479) 382 92.3 5.3e-16 gi|74003788|ref|XP_535861.2| PREDICTED: hypothetic ( 358) 358 87.0 1.5e-14 gi|210119755|gb|EEA67478.1| hypothetical protein B (1010) 354 86.5 6.2e-14 gi|156226491|gb|EDO47300.1| predicted protein [Nem ( 970) 265 67.2 3.8e-08 gi|119607082|gb|EAW86676.1| hCG1810961, isoform CR ( 144) 193 51.0 0.00043 >>gi|26343021|dbj|BAC35167.1| unnamed protein product [M (824 aa) initn: 4596 init1: 4596 opt: 4596 Z-score: 5367.8 bits: 1004.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 4596; 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