FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 ../query/mKIAA1207.ptfa, 2078 aa
 vs ./tmplib.26680 library

1766939 residues in  2168 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0956+/-0.0051; mu= 19.4228+/- 0.342
 mean_var=113.2495+/-25.015, 0's: 0 Z-trim: 11  B-trim: 2 in 1/35
 Lambda= 0.1205

FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                       opt bits E(2168)
mFLJ00175  ( 2118 res)   mtg01832                  (2118) 6869 1207       0
mKIAA4194  ( 320 res)   mbg12940                   ( 320)  155   39  0.0034
mKIAA0538  ( 826 res)   msh37311                   ( 826)  151   38  0.0098


>>mFLJ00175  ( 2118 res)   mtg01832                       (2118 aa)
 initn: 5989 init1: 1285 opt: 6869  Z-score: 6449.8  bits: 1207.1 E():    0
Smith-Waterman score: 7955;  55.556% identity (58.986% ungapped) in 2115 aa overlap (2-2031:14-2090)

                           10        20        30         40       
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        50        60        70        80        90       100       
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        . : .:::::: .:.::.:::::.:: :..:::: ::.:.:...: : . :.....  .
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        :  .. . ::. : : :::.. : ..::::             :: :. :.   ::: :
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       :    : ::    .   :.:  ..   :..::.:::::::::.::::::: : ::.::::
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mKIAA1 DVESNLLLPAGIALRWVTFMLKIYRAEDIPQMDDAFSQTVKEIFGGNADKKNLVDPFVEV
       :.:.::: :.:.::: . : ::..::::.::::::  ..::.::: ...:::::::::::
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mKIAA1 SFAGKKVCTNIIERNANPEWNQVVNLQIKFPSMCEKIKLTVYDWDRLTKNDVVGTTYLYL
       ::::: .:..:.:..:::.::: ..:   :::::::... :.::::::.::.:.:::: .
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mKIAA1 GRIFVELNTFLEKKPPEKKLEPISSDDLLVVEKYQRRRKYSLSAVFHSATMLQDVGEAIQ
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       :::::::::::::.:: ::::::::::::::: .::::::...::::.:.:::::::::.
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mKIAA1 DAVNTLLVMAERLQSNIEAVKSGIQGKIPANQLAEVWLKLIDEVIEDTRYTLPVTEGKAN
       .  : :: .:.::..:.: :. .....  ....  .  .: ::.. :    :   .   .
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mKIAA1 VTVLDTQIRKLRSRFLSQIHEAALRMRSEATDVKSTLLEIEEWLDKLMQLTEEPQNSMPD
       .: ::  . .::.: ::::.:::: ..   ......: . :.:: .:  :.::::::.::
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mKIAA1 RVNIWLGLSAVEKKFNSFAEGTFTVFAEMYENQ---ALVFGKWGTSGLVGRHKFSDVTGK
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mFLJ00 RIKLWFGLSVDEKEFNQFAEGKLSVFAETYENQTKLALV-GNWGTTGLT-YPKFSDVTGK
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       .:::::.:.:..: ::::::::::::::.:::::..::::::::::. :.: ::..:.:.
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       :::   .:::.:.::.:.:: ::.:.::::.:::::.::::::::  :. : ::::.. :
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       ::.:..: .. ::.:: .::.:  : ::.:: .:::::::.. .:..::::.::::: :.
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       :::::.::..: :::::..:  . :::: ::::::... :::.: :: :::::::..:::
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        ..:.::... . :::  :::::::.:. :::::::::.: :.: .::.: :::::::.:
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       .:::::: ...   ...:::.:::::.. : : .:::::.::.::::::::. : ::.::
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       :      : ..:     .:   . :: .: :::  . ::::..: .:  .:    :.. .
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