# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mia33045.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0308.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0308, 1890 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7899716 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5537+/-0.000201; mu= 10.5768+/- 0.011 mean_var=132.6121+/-25.027, 0's: 35 Z-trim: 128 B-trim: 205 in 1/63 Lambda= 0.111374 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|76782010|gb|AAZ73184.2| ciprofibrate-bound prot (2869) 12510 2023.2 0 gi|109508460|ref|XP_001062696.1| PREDICTED: simila (2867) 11993 1940.1 0 gi|149604227|ref|XP_001512847.1| PREDICTED: simila (2876) 11177 1809.0 0 gi|114662481|ref|XP_510966.2| PREDICTED: chromodom (2882) 9381 1520.4 0 gi|119603201|gb|EAW82795.1| chromodomain helicase (2349) 9359 1516.8 0 gi|119603203|gb|EAW82797.1| chromodomain helicase (2823) 9359 1516.9 0 gi|95147342|ref|NP_079410.4| chromodomain helicase 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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 PAEWWDFDADKSLLIGVFKHGYEKYNTIRADPALCFLERVGKPDDKAVAAEQRANDYMDG 1680 1690 1700 1710 1720 1730 760 770 780 790 800 810 mKIAA0 DVEDPEYKPAPAIFKDDIEDDVSSPGDLVIADGEGQLMEGDKVYWPTPSALTTRLRRLIT :::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::: :::::::::::: gi|114 DVEDPEYKPAPAIFKDDIEDDVSSPGDLVIADGDGQLMEGDKVYWPTQSALTTRLRRLIT 1740 1750 1760 1770 1780 1790 820 830 840 850 860 870 mKIAA0 AYQRTNKNRHIQQMQPTFSLPANAMQPLYEEATLNPKMAAKIERQQRWTRREEADFYRVV :::::::::.:::.:::::.:...:::.:::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 AYQRTNKNRQIQQIQPTFSVPTSVMQPIYEEATLNPKMAAKIERQQRWTRREEADFYRVV 1800 1810 1820 1830 1840 1850 880 890 900 910 920 930 mKIAA0 STFGVVFDPDRGQFDWTKFRALARLHKKTDNSLEKYLCAFMSMCRRVCRLPSKEELVDPN :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::: :::::::::::::::::::::: gi|114 STFGVVFDPDRGQFDWTKFRAMARLHKKTDDSLEKYLYAFMSMCRRVCRLPSKEELVDPN 1860 1870 1880 1890 1900 1910 940 950 960 970 980 990 mKIAA0 IFIQPITEERASRTLYRIELLRKVREQALRHPQLFERLKLCHPNPDLPIWWECGSHDRDL 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