# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mia21003.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1241.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1241, 1960 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7916904 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2908+/-0.000195; mu= 10.6565+/- 0.011 mean_var=109.9365+/-21.006, 0's: 28 Z-trim: 39 B-trim: 273 in 1/64 Lambda= 0.122322 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|189081674|sp|Q571C7.2|BDP1_MOUSE RecName: Full= (2467) 12767 2265.5 0 gi|148668506|gb|EDL00825.1| mCG116166 [Mus musculu (2467) 12749 2262.3 0 gi|149059180|gb|EDM10187.1| B double prime 1, subu (1815) 8876 1578.8 0 gi|219520641|gb|AAI44853.1| Unknown (protein for I (1107) 7205 1283.7 0 gi|109077609|ref|XP_001093653.1| PREDICTED: simila (2664) 4734 847.9 0 gi|119616095|gb|EAW95689.1| B double prime 1, subu (2624) 4596 823.6 0 gi|189081673|sp|A6H8Y1.2|BDP1_HUMAN RecName: Full= (2624) 4595 823.4 0 gi|171847279|gb|AAI61615.1| BDP1 protein [Homo sap (2621) 4594 823.2 0 gi|109637791|ref|NP_060899.2| transcription factor (2624) 4594 823.2 0 gi|148922149|gb|AAI46793.1| B double prime 1, subu (2624) 4594 823.2 0 gi|114599774|ref|XP_517718.2| PREDICTED: transcrip (2497) 4557 816.7 0 gi|114599772|ref|XP_001155748.1| PREDICTED: transc (2517) 4557 816.7 0 gi|194676474|ref|XP_001790683.1| PREDICTED: B doub (2635) 4117 739.0 1.4e-209 gi|20988111|gb|AAH30359.1| Bdp1 protein [Mus muscu ( 618) 3996 717.2 1.2e-203 gi|194220159|ref|XP_001504088.2| PREDICTED: simila (2410) 3789 681.1 3.4e-192 gi|119616094|gb|EAW95688.1| B double prime 1, subu (2254) 3342 602.2 1.8e-168 gi|9886705|emb|CAC04245.1| putative transcription (2254) 3336 601.2 3.7e-168 gi|114599776|ref|XP_001155555.1| PREDICTED: simila (2147) 3295 593.9 5.4e-166 gi|12232589|emb|CAC21448.1| TFNR [Homo sapiens] (2187) 3225 581.6 2.9e-162 gi|73950137|ref|XP_535267.2| PREDICTED: similar to (2493) 3013 544.2 5.8e-151 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:.::.:::. : :::.: :.:.: ::..: gi|109 NLLENATVQAGPSKGEKHKNKCQAIRPEVKEGECSKEQMLSCTQNVDGIVGFASSEKVEK 520 530 540 550 560 570 40 50 60 70 80 90 mKIAA1 RMDPIPSTCNQQDIMPLARESSESCAVALPVWEPGNTASADMAHAESSCSEGRGADLKTA : ::: : :::: .: ::::: . :: : : :: .. ::.::.: :..:::. gi|109 RTDPILSLSNQQDAASVATESSESNTSDLPSLEVGIRASCEVNDAEGSCTEERNVDLKSN 580 590 600 610 620 630 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 APETEQTENVKPKSRSRLQRPKPNLARAVGKKSAVSQDRQDERNKNSPSETAAEKNHMEK . : .::::::: :. .:::::::.:: ::::..:::. . ..::: :.:..::.:.:: gi|109 SQEIDQTENVKPMLRGCFQRPKPNLSRA-GKKSVLSQDKTEAESKNSHSKTSVEKDHLEK 640 650 660 670 680 690 160 170 180 190 200 210 mKIAA1 ETMNESETSVAKNTDGESPGAKTVSDLSEKSCVQQDSQAKVLRPTRLMRSRMQRPKPNVV . :: . .. . :.: :.::: :.::.:.:..:: :.: :... :.:.:.::::: gi|109 DKMNTLDILRMETMERENPEAETVSMLGEKNCLQEESQLKALTPAKV-RGRLQKPKPNVG 700 710 720 730 740 750 220 230 240 250 260 mKIAA1 KAAERKEILTSQEKFGAHVEKSEDESCVVIPPQ-TENESHKNLQCEDTVSEPGRKDPFEN ::: ::::: :::..::.:::.:.:: . : :..: :... ::.. .: ..: :.: gi|109 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26, 2007]