FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA4127.ptfa, 1510 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767507 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7589+/-0.00516; mu= 9.8192+/- 0.344
mean_var=134.3047+/-32.479, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.1107
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0701 ( 1470 res) mbg01637 (1470) 3067 502 3.3e-142
>>mKIAA0701 ( 1470 res) mbg01637 (1470 aa)
initn: 3249 init1: 1397 opt: 3067 Z-score: 2645.5 bits: 502.2 E(): 3.3e-142
Smith-Waterman score: 3312; 40.106% identity (43.705% ungapped) in 1506 aa overlap (76-1503:8-1467)
50 60 70 80 90 100
mKIAA4 GSRCPRRGEVRGRLFSTTEEATAARLPAFHAGPGCSMAGIIKKQILKHLSRFTKNLSPDK
..:. .::::::::::::::::::::::::
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10 20 30
110 120 130 140 150 160
mKIAA4 INLSTLKGEGQLTHLELDEEVLQNVLELPTWLAITRVYCNRASIQIQWTKLKTHPICLCL
::::::::::.: .::::::::::.:.:::::::..:.::.:::.: ::::::.:::: :
mKIAA0 INLSTLKGEGELKNLELDEEVLQNMLDLPTWLAISKVFCNKASIRIPWTKLKTQPICLSL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
mKIAA4 DKVEVEMQTCEDPRPPNGQSPIALASGQSEYGFAEKVVEGMFIVVNSITIKIHSKAFHAS
::: .::.:::.:: ::: :::: ::::::::::::::::. . ::::.:.: .:::.::
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100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
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::: ::. :::: .:...:::.::: ::.::::::::::.:: .:.:::: ... . .
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160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
mKIAA4 TPLRLITNQGRIQIALKRRTKDCNVVASKLTFLLDDLLWVLTDSQLKAMMKYAESLSEAM
.:.::::::..:...:::: :::::.:.::...::::::::::::::::..::.:::::.
mKIAA0 APVRLITNQSKIRVTLKRRLKDCNVIATKLVLILDDLLWVLTDSQLKAMVQYAKSLSEAI
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
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:::..::::.::: .:.. . :::.. .. .... . :. . . :. :::::.:.::
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280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
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mKIAA0 VISHLDLHICDDIHAKEKE-SNRRVSGGAMQLSFTQLTIDYYPYHKAGDSCSHWMYFSDA
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
mKIAA4 METRGHWAQQLVTEFQSRVEKQCEGGSVKPPWLLGVDPPFRRKADSFSSPGKTPLDKSPT
.:.. ::..:. ::. :: .. . . :: .:: :. . .:: .: .:. :
mKIAA0 TKTKNGWANELLHEFECNVEMLKQAMKDRN---LG-SPP---KSPTHASPQHTQTEKDST
400 410 420 430 440
530 540 550 560 570 580
mKIAA4 -QGR---QAAFGAPAWNRLRSSCLVVRVDDLDIHQVSTAGQPSKKPSTLLSCSRKRHHLP
.: ... :. .: :: .:::. :..:.::::: : ..:....::..: .::
mKIAA0 LKGTPKTPSVLPQPSKAKLMSSSVVVRLADFNIYQVSTAEQCRSSPKSMISCNKKSLYLP
450 460 470 480 490 500
590 600 610 620 630 640
mKIAA4 PQVAAIHVQFTEYYFPDNQELPVPCPNLYIQLNGLTFTVDPVSLLWGNLFCLDLYRSLEQ
...::...:::::.::....:.: :::: :::.: :::: :.:: : : ::: .::.:
mKIAA0 QEMSAIYIEFTEYYYPDGKDFPIPSPNLYSQLNALQFTVDERSILWLNQFLLDLKQSLNQ
510 520 530 540 550 560
650 660 670 680 690 700
mKIAA4 FKAIYKLEASRGRDEHVDVRLDAFWLKVSFPLETRELAKLHRPQALVLSTSSMIATNTRH
: :.:::. : :::::.:.:.. :: .: :.. . .:... ...: ::::::::
mKIAA0 FMAVYKLNDSSKSDEHVDIRVDGLMLKFVIPSEVKAGCHQDQPHTVSIQSSEMIATNTRH
570 580 590 600 610 620
710 720 730 740 750
mKIAA4 APNCTRPDLQSLFRGFAATEFFRCSYGHFPQVAGGFSLLHMLFLHHAFQMDS--------
::: . ::..: . : .:: .: .::. .:.::: .: .:: ..:.
mKIAA0 CPNCRHSDLEALCQDFKECDFFSKTYTRFPKSCDSFNLLHPIFQRHAHEQDTKMHEVYKG
630 640 650 660 670 680
760 770 780 790 800
mKIAA4 -LPPQ------RLAASQDLWSLHFTQISLDFEGTENFRGHTLNFVAPFPLSIWACLPLRW
. :. . .:. :.:...:.:. .:.:: .. .:. ..:: :::::: : : :.
mKIAA0 NIIPKLNKNTLKTSAATDVWAVYFSQFWIDYEGMKSGKGRPVSFVDAFPLSIWICQPTRY
690 700 710 720 730 740
810 820 830 840 850 860
mKIAA4 QQAQARRLLLASEGRLKQSASFGSPVHSEALAPESVSHQRSKTERDLKSLSGSTEGPAAA
. : ... .. :. : : .: . .. . ... .. .:: . . .:. . .
mKIAA0 AELQ-KEFQTCDQVTLNTSQSESSDLAGR-MKRKKLLKEYYSTESEPLTNGGQRPSSDTF
750 760 770 780 790 800
870 880 890 900 910 920
mKIAA4 VREGDAGVDHKGRVADLEDVADIHMLVHSTAHVRVRLDHYQYLALLRLKEVLEGLQEQLT
.: .... : ::.:.::. :: ....::::: :: ..: : :.. :
mKIAA0 LRFSSSSSD-----------ADVHVLVRVHKHVSMQINHYQYLLLLFIHESLVLLSDTLR
810 820 830 840 850
930 940 950 960 970 980
mKIAA4 KDTEAMTGSPLQDQTVCIGVLFPSAEVALLMHPAPGTAHADSAGSDTTSLIDSELSPSED
.:.::.:::: .. .::.:::. :::.:::.::. :. : .:.. : . .. :.:.
mKIAA0 RDVEAVTGSPASQTSVCVGVLLRSAELALLLHPVNPTSALRSPASESGSPLLPDFLPAEN
860 870 880 890 900 910
990 1000 1010 1020 1030
mKIAA4 REPKSDASSDQGAVSPEKVLRDGSGENLA--ASQERLPSDGELPDP-------------G
: .. ::. . ... :... .... :. : . : :: :
mKIAA0 GGFLS-SKRKQGGSGIHRI-RNATLNHMSDNRSMSVDLSHAPLKDPLLFKSASDTNLQKG
920 930 940 950 960 970
1040 1050 1060 1070 1080
mKIAA4 PC-----AQQPVGK-SHEAVESLQAKKLSRAQSARSPATLK-SPADRDAALNGQGEPVPL
... .:: :.. .:. :. : ..... : . .: :..:: . . :
mKIAA0 TSFLDYLSDKHLGKISEDESSGLSHKSGSGEMTSEGSHTKDVASTDSDSVLNYRDGSTRL
980 990 1000 1010 1020 1030
1090 1100 1110 1120 1130 1140
mKIAA4 R-SIEGDLSSAIHMTKDATKEALHATV---DLTKEAVSLTRDAFSLGRDRMTSTMHKMLS
. .:. . . . .:.:. :. ::.::... : .. . : .
mKIAA0 SLDDDGNHNPPSNPVTGKGIDAIHSIFRAEDFLPEAASLSENPESSKEEAPPARAPKSQT
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1150 1160 1170 1180 1190 1200
mKIAA4 LPPAKEAMAKPDEGVVASVSGGAARLRFFSMKRTVSQQSFDGVSLDSGGPDDRISVDSDG
:: : . ::: . .:::..:: :.: .:::: ... ..:::
mKIAA0 SLSAKSKERCPPSPAPLSVS-------YKNMKRSASQVSLDTLSLDSMVLEEQ--AESDG
1100 1110 1120 1130 1140
1210 1220 1230 1240 1250
mKIAA4 SDSFVMLLESESGPESVPPGSVTSVLDDS-GIQGSPVTDSGGQGLPETNSSASASGDLVM
::: :.: : ... .: :: . . ... : :.. :.. :.. :. : . .
mKIAA0 SDSHVLL-----G-KAMKRNSNTSCQSPAESVNTSANTQTCGEASPDAVSTNSEGTQENR
1150 1160 1170 1180 1190
1260 1270 1280 1290 1300 1310
mKIAA4 HSV-SILVLKVNEVSLGIEVRGEDLAVALQAEELALQQLGTVGLWQFLHGQCPGAGFQEP
.. :..:.... :. :..:::: : ::..... .:::.:.: ..: .. :. .
mKIAA0 DDLMSVVVFRITGVNGEIDIRGEDTEVCLQVNQVTPSQLGNVSLRHYLGNRPVGSDQKAI
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1320 1330 1340 1350 1360 1370
mKIAA4 SNLKTNPIRPAVGLRFEVGPGAAVHSPLATQNGFLQFLLRGCDLELFTSVLNGLGPFLED
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1260 1270 1280 1290 1300 1310
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: : .:.::.:.. . ...:::: : .: : :.:. ..:::..:.::: ::.
mKIAA0 ETVATVMPMKIQVSNTKINLKDDSPRGSTVSLQPSPVTVHIDRLVVERSDDGSFHIRDSH
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1440 1450 1460
mKIAA4 ----------GAPA----HDRPLTDV-------------PEKLRLPKEQVLLVPLGQGLG
:: . . : . :: :: . ::.... .. . .
mKIAA0 LFNTGTDFKDGASSDSVVRTRGMCDVRMHSSVTQATQTSPE-VPLPSQSANFLDITREQL
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mKIAA4 CQEKESPTLQQELMDTKQALAIANQDKEKLLQEVRKYNPLFEL
.:.: :.:.: ..:. :: :.. ...::......
mKIAA0 MEENEC--LRQRLAQAKMELAEAHSARDELLHQMKRMGL
1440 1450 1460 1470
1510 residues in 1 query sequences
1767507 residues in 2168 library sequences
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start: Mon Mar 27 11:02:42 2006 done: Mon Mar 27 11:02:44 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]