# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mia18005.fasta.nr -Q ../query/mKIAA4127.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA4127, 1510 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7920473 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4270+/-0.00019; mu= 15.0857+/- 0.011 mean_var=85.6089+/-16.802, 0's: 37 Z-trim: 39 B-trim: 3132 in 1/65 Lambda= 0.138616 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|187465716|emb|CAQ51768.1| UHRF1 (ICBP90) bindin (1429) 9512 1913.2 0 gi|67462038|sp|Q6BDS2.1|URFB1_HUMAN RecName: Full= (1440) 7726 1556.0 0 gi|119624204|gb|EAX03799.1| chromosome 6 open read (1400) 7723 1555.4 0 gi|187950527|gb|AAI37128.1| UHRF1BP1 protein [Homo (1400) 7718 1554.4 0 gi|114606971|ref|XP_518418.2| PREDICTED: ICBP90 bi (1540) 7637 1538.3 0 gi|55726325|emb|CAH89933.1| hypothetical protein [ (1426) 7620 1534.8 0 gi|109070842|ref|XP_001116551.1| PREDICTED: simila (1427) 7266 1464.0 0 gi|148690606|gb|EDL22553.1| mCG120568, isoform CRA (1018) 6642 1339.1 0 gi|148690605|gb|EDL22552.1| mCG120568, isoform CRA (1312) 6618 1334.4 0 gi|149732443|ref|XP_001498508.1| PREDICTED: UHRF1 (1442) 6353 1281.5 0 gi|149043453|gb|EDL96904.1| rCG60530 [Rattus norve (1313) 5888 1188.4 0 gi|73972605|ref|XP_538873.2| PREDICTED: similar to (1429) 5418 1094.5 0 gi|119915099|ref|XP_613916.3| PREDICTED: similar t (1436) 5366 1084.1 0 gi|126309883|ref|XP_001378195.1| PREDICTED: simila (1649) 4820 974.9 0 gi|118102524|ref|XP_418025.2| PREDICTED: similar t (1476) 4191 849.1 0 gi|224085237|ref|XP_002196779.1| PREDICTED: hypoth (1472) 4151 841.1 0 gi|7020307|dbj|BAA91074.1| unnamed protein product ( 736) 4091 828.9 0 gi|119624203|gb|EAX03798.1| chromosome 6 open read ( 731) 3652 741.1 7.2e-211 gi|149637857|ref|XP_001506239.1| PREDICTED: hypoth (1476) 3155 641.9 1e-180 gi|224094456|ref|XP_002190189.1| PREDICTED: UHRF1 (1709) 3100 631.0 2.3e-177 gi|119892638|ref|XP_598970.3| 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391.7 2e-105 gi|189535681|ref|XP_001921467.1| PREDICTED: simila (1127) 1843 379.5 8e-102 gi|224147321|ref|XP_002199837.1| PREDICTED: hypoth ( 333) 1818 374.0 1e-100 gi|47216386|emb|CAG02444.1| unnamed protein produc (1575) 1717 354.4 4e-94 gi|62858369|ref|NP_001016421.1| uhrf1 binding prot ( 364) 1587 327.9 8.8e-87 >>gi|187465716|emb|CAQ51768.1| UHRF1 (ICBP90) binding pr (1429 aa) initn: 9512 init1: 9512 opt: 9512 Z-score: 10271.5 bits: 1913.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 9512; 100.000% identity (100.000% similar) in 1429 aa overlap (82-1510:1-1429) 60 70 80 90 100 110 mKIAA4 RGEVRGRLFSTTEEATAARLPAFHAGPGCSMAGIIKKQILKHLSRFTKNLSPDKINLSTL :::::::::::::::::::::::::::::: gi|187 MAGIIKKQILKHLSRFTKNLSPDKINLSTL 10 20 30 120 130 140 150 160 170 mKIAA4 KGEGQLTHLELDEEVLQNVLELPTWLAITRVYCNRASIQIQWTKLKTHPICLCLDKVEVE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|187 KGEGQLTHLELDEEVLQNVLELPTWLAITRVYCNRASIQIQWTKLKTHPICLCLDKVEVE 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 mKIAA4 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