# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfk00395.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0372.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mKIAA0372, 808 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7919258 sequences
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Lambda= 0.152268
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|194142388|gb|EDW58794.1| GJ18460 [Drosophila vi (1222) 620 146.1 8.1e-32
gi|110758191|ref|XP_395911.3| PREDICTED: similar t (1096) 565 134.0 3.2e-28
gi|190586351|gb|EDV26404.1| hypothetical protein T (1584) 510 122.0 1.9e-24
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gi|221121460|ref|XP_002155391.1| PREDICTED: simila ( 462) 456 109.8 2.7e-21
gi|194114066|gb|EDW36109.1| GL17618 [Drosophila pe (1234) 458 110.5 4.2e-21
gi|194192716|gb|EDX06292.1| GD10628 [Drosophila si ( 937) 445 107.6 2.5e-20
gi|215463819|gb|EEB95507.1| hypothetical protein M ( 279) 365 89.6 1.9e-15
gi|220728183|gb|EED82082.1| predicted protein [Pos ( 703) 347 86.0 6e-14
gi|187983898|gb|EDU49386.1| conserved hypothetical (1142) 348 86.3 7.5e-14
gi|119411719|gb|EAW21662.1| antiviral protein (Ski (1419) 337 84.0 4.7e-13
gi|164647542|gb|EDR11786.1| predicted protein [Lac (1329) 328 82.0 1.8e-12
gi|46096135|gb|EAK81368.1| hypothetical protein UM (1546) 328 82.0 2e-12
gi|159127743|gb|EDP52858.1| antiviral protein (Ski (1429) 326 81.6 2.5e-12
gi|66852372|gb|EAL92697.1| translation repressor/a (1429) 326 81.6 2.5e-12
gi|40744409|gb|EAA63585.1| hypothetical protein AN (1410) 324 81.1 3.4e-12
>>gi|148705169|gb|EDL37116.1| mCG116369 [Mus musculus] (1595 aa)
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10 20 30
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>>gi|162318356|gb|AAI56422.1| Tetratricopeptide repeat d (1563 aa)
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Smith-Waterman score: 5199; 99.257% identity (99.752% similar) in 808 aa overlap (1-808:756-1563)
10 20 30
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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Smith-Waterman score: 4887; 92.079% identity (98.515% similar) in 808 aa overlap (1-808:756-1563)
10 20 30
mKIAA0 EELLSLGGRCYGRALKLMSTSNTWCDLGIN
.::: :::::::::::::::::::::::::
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::::.::::::::::.:::::::::::::::::::::.:::.::::::..::.:::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
gi|109 AQHCFIKSIQAEQINAAAWTNLGVLYLATENIEQAHEAFQMAQSLDPSYLLCWIGQALIA
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::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::
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::::::::::::: : :::::::::::::::.::::::::::.::::::::.::::.:::
gi|109 QGVLCKYVERIQNYAPAFTMLGYLNEHLQLKREAAEAYQRATALLHSAEDQHTYNVTVRN
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::::::::::::.:.::::::::.:::::::::::::::::::::..::::::.::::::
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10 20 30
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