# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj66248.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0649.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0649, 1180 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7915205 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0125+/-0.000198; mu= 11.5118+/- 0.011 mean_var=107.6693+/-20.657, 0's: 33 Z-trim: 48 B-trim: 496 in 2/65 Lambda= 0.123603 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148676433|gb|EDL08380.1| mCG59727 [Mus musculus (1101) 7440 1338.3 0 gi|109467956|ref|XP_001063635.1| PREDICTED: simila (1165) 6900 1242.0 0 gi|149039197|gb|EDL93417.1| rCG45515 [Rattus norve (1102) 6496 1170.0 0 gi|194226009|ref|XP_001917418.1| PREDICTED: simila (1303) 2449 448.4 1.3e-122 gi|73967785|ref|XP_548400.2| PREDICTED: hypothetic (1182) 2271 416.6 4.4e-113 gi|194671826|ref|XP_876074.3| PREDICTED: similar t (1173) 1204 226.3 8.2e-56 gi|114627523|ref|XP_520352.2| 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:.:.: : : . .::.. : ::. .::.. :.:: ... : .: : gi|194 GQERPARKPWGVFCRETERTKATGARPGDEPPALRFRRRASEAALFCSEAEAGGLQGPAP 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 mKIAA0 SASSPTSEDSAVDSDDSIELEIRRFLAEKAKESIRNTEPQG------GPAK---PEMPCR : :: ....:.::::::::::::.:::::::::. ..: :: ::. ::.: : gi|194 SPSSLSDDSSSVDSDDSIELEIRKFLAEKAKESVSGAEIQGRDLSAPGPGARPAPELPGR 800 810 820 830 840 850 850 860 870 880 890 900 mKIAA0 KDPTLGLQP-GVCTRSQKARGTPQLAEGRRGPERARTQATGLLSQSGKGTLRAEQTARLT . : . : :::::::.: : :.. : .: ::: : : gi|194 RGPPAATAPPGVCTRSQRAAGRPSVPGGWSSPC-------------------AEQ-AGLP 860 870 880 890 910 920 930 940 950 960 mKIAA0 TALGRSEPALPKNTCRNSSAKASPPSRKSAHVHKDHSPQGSQTATAESVFGQLPSCAKVG .::.:.: : :..: . ::..:: .:.:. .:.:.::.: . :.:...:: ::: :..: gi|194 VALARAELAAPRSTGGTVSARGSPAGRRSTLAHRDQSPRG-EPAAADGAFGPLPSSAEAG 900 910 920 930 940 950 970 980 990 1000 1010 mKIAA0 AEAGSAGGTFHLNYGSQNLLTPNPGSQ-----ADLVLPWSDFAHQSRLSSPWVLNS-GQG ..: . :.: :. :: :::.. :.:.:::.::: ::: .: :.:. :.: gi|194 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. :::.: .:. . .:::.: .:.. : . ..: ::. ..::.: gi|739 ARHTSG-----AGALSAKGSAAGRRLVCTHKDQSSRGTECAR-QRALGPLPTQIEAGAQA 910 920 930 940 950 970 980 990 1000 1010 mKIAA0 GSAGGTFHLNYGSQN-----LLTPNPGS-QADLVLPWSDFAHQSRLSSPWVLNS-GQGTV : : .: . .:. : . .::: :: :.:::.::::::::.: :.:. :. .. gi|739 ESPGVAFAATTQGQGPRTRKLGADGPGSPQAGLALPWADFAHQSRLQSTWALSPEGREAT 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 mKIAA0 WTGVFRGEKEKGATSQAGAPPSLSSGPRKGLPF------LSTQLFHFGKNVSWGGKQTSL : : . :....: .: :.:.::: ::::::::::.:::::.:.:. gi|739 WRGGLGGQRDHGPEGQ---------DPKKSLPFTGFSSLLSTQLFHFGKSVSWGGRQASV 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 mKIAA0 FSPNLGLPLQAPAFSAFRETQPGHNPVFGSPHLLMK-DSGNWPSRKAQGTLRQQDRRNSA ::: :.::::.:.::::::: ::.::::: ::: : ..:.::.::.: . ::::. gi|739 FSPPLSLPLQGPSFSAFRETPAGHSPVFGSSHLLTKKEGGHWPARKSQVACALPTRRNSG 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1130 1140 1150 1160 1170 1180 mKIAA0 SEDKVLDLRYRHRV-DREPQDQETLGSDASEFSDTSMEDGGSATVSSKGLKL ::. :::::::.:: . . .:.::::.::.::::::.::. ...:.:. 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