FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mFLJ00088.ptfa, 904 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768113 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.5659+/-0.0039; mu= 23.3563+/- 0.262
mean_var=69.6262+/-15.965, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 2 in 1/35
Lambda= 0.1537
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
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mKIAA1161 ( 718 res) mbh03358 ( 718) 242 63 1.1e-10
>>mKIAA0088 ( 775 res) mbh03415 (775 aa)
initn: 2889 init1: 2831 opt: 2938 Z-score: 3514.6 bits: 661.3 E(): 1.3e-190
Smith-Waterman score: 2938; 55.764% identity (55.989% ungapped) in 746 aa overlap (159-903:31-774)
130 140 150 160 170 180
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. .:: :.: . : :... ..: : :::
mKIAA0 PLVPAPSGLEQTALLPSRQESKDPAEGNGAQPEATPGDG-DKPEETQEKAEKDEPGAWEE
10 20 30 40 50
190 200 210 220 230 240
mFLJ00 KFGKFVDVKANGPSSVGLDFSLHGFEHLYGIPQHAESHQLKNTRDGDAYRLYNLDVYGYQ
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250 260 270 280 290 300
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... :..::::: ::::. : .:::::::.:: :.:... : . . .: .
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120 130 140 150 160 170
310 320 330 340 350 360
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180 190 200 210 220 230
370 380 390 400 410 420
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430 440 450 460 470 480
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mKIAA0 PHIKVDSGYRVHEELRNHGLYVKTRDGSDYEGWCWPGSASYPDFTNPRMRAWWSNMFSFD
300 310 320 330 340 350
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mKIAA0 NYEGSAPNLYVWNDMNEPSVFNGPEVTMLKDAVHYGGWEHRDIHNIYGLYVHMATADGLI
360 370 380 390 400 410
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::: : ::::::::.::.:::..:::::::: :::..::::::: :.:.. :.:::::::
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420 430 440 450 460 470
610 620 630 640 650 660
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670 680 690 700 710 720
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730 740 750 760 770 780
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mFLJ00 GLRVALSPQGSAVGELYLDDGHSFQYLHQDQFLYRKFLFCSSVLTNRCANEKGHYPSKCI
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mKIAA0 TLFVALSPQGTAQGELFLDDGHTFNYQTRHEFLLRRFSFSGSTLVSSSADPKGHLETPIW
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mFLJ00 VEQILVLGLKKKPSSVTTHLSDGRAQPAAFTYCAETSTLRLEKLSLRVGEDWEVRVG
.:.....: ::..:. . . . . .: . :::.: :.: .. :. :: ...
mKIAA0 IERVVIMG-AGKPAAVVLQTKGSPESRLSFQHDPETSVLILRKPGVSVASDWSIHLR
720 730 740 750 760 770
>>mKIAA1161 ( 718 res) mbh03358 (718 aa)
initn: 282 init1: 142 opt: 242 Z-score: 283.9 bits: 63.4 E(): 1.1e-10
Smith-Waterman score: 348; 24.099% identity (27.577% ungapped) in 444 aa overlap (335-761:302-706)
310 320 330 340 350 360
mFLJ00 KVRCRTDVHWMSESGIIDVFLLTGPTPADVFKQYSYITGTQAM-PPLFSLGYHQCRWNYE
:.. : . ...:. :..: . :
mKIAA1 AGRTAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYMVRRYFNKPSRVPASEAFRDPIWSTWALHGR--AV
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mFLJ00 DEQDVKAVDAGFDEHDIPYDVIWLDIEHTEDKKYFTWDKKRFANPKRMQELLRSKKRKLV
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mKIAA1 DQNKVLQFAQQIRQHRFNSSHLEIDDMYTPAYGDFNFDEGKFPNASDMFRRLRDAGFRVT
330 340 350 360 370 380
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mFLJ00 VISDPHIKVDPDYTVYAQAKEQGFFVKNPEGGDFEGVCW-PGLSSYLDFTNPKVREWYSS
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mKIAA1 LWVHPFVNYNS--SSFGEGVERELFVREPTGRLPALVRWWNGIGAVLDFTHPEAREWFQG
390 400 410 420 430 440
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mFLJ00 -LFAFPVYQGSTDILFLWNDMNEPSVFRGP-ELTMHKSAVHYGDWEHRELHNIYGFYQQM
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mKIAA1 HLRRLRLRYNVTSFKF---DAGEVSYL--PRDFSTYRPLSDPSVWSRRYTEMAEPFFSLA
450 460 470 480 490 500
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: : .:: : .:: :: ::: ...:..: .. :: .
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: . . .. : .:. : : : . ...:..:::: : : . .......
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610 620 630 640 650 660
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mKIAA1 GDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPAGK--WRS------YKGELFDKTPVLLTDYPVDLDEVA
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904 residues in 1 query sequences
1768113 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:06:49 2006 done: Mon Mar 27 10:06:50 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]