# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj56082.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0886.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0886, 1245 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7895671 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2682+/-0.00021; mu= 5.8312+/- 0.012 mean_var=175.3132+/-34.367, 0's: 32 Z-trim: 92 B-trim: 458 in 1/66 Lambda= 0.096865 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148691850|gb|EDL23797.1| reticulon 4, isoform C (1162) 7394 1046.6 0 gi|94730421|sp|Q99P72.2|RTN4_MOUSE RecName: Full=R (1162) 7374 1043.8 0 gi|21898577|gb|AAM77068.1| nogo-A [Mus musculus] (1163) 7366 1042.7 0 gi|17367410|sp|Q9JK11.1|RTN4_RAT RecName: Full=Ret (1163) 6744 955.8 0 gi|23379809|gb|AAM73502.1| RTN4 [Mus musculus] (1046) 6255 887.4 0 gi|149044851|gb|EDL98037.1| reticulon 4, isoform C ( 969) 5552 789.1 0 gi|21618981|gb|AAH32192.1| Rtn4 protein [Mus muscu ( 639) 4017 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