# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj42298.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1024.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1024, 908 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919876 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5056+/-0.000186; mu= 11.8983+/- 0.010 mean_var=85.2108+/-16.508, 0's: 42 Z-trim: 43 B-trim: 16 in 1/65 Lambda= 0.138940 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|109082105|ref|XP_001109121.1| PREDICTED: hypoth ( 916) 3261 664.2 7.3e-188 gi|148688945|gb|EDL20892.1| cDNA sequence AF529169 ( 855) 3153 642.6 2.3e-181 gi|126273659|ref|XP_001363522.1| PREDICTED: simila ( 916) 2893 590.5 1.2e-165 gi|53801355|gb|AAU93887.1| DD1 protein [Gallus gal ( 916) 2822 576.3 2.2e-161 gi|224062649|ref|XP_002199476.1| PREDICTED: hypoth ( 920) 2809 573.6 1.4e-160 gi|149632360|ref|XP_001507379.1| PREDICTED: simila ( 917) 2505 512.7 3e-142 gi|189539379|ref|XP_001340825.2| PREDICTED: simila ( 897) 2325 476.6 2.1e-131 gi|149018933|gb|EDL77574.1| rCG25695, isoform CRA_ ( 111) 715 153.2 6.1e-35 gi|149018932|gb|EDL77573.1| rCG25695, isoform CRA_ ( 70) 430 95.9 6.8e-18 gi|47213984|emb|CAG01859.1| unnamed protein produc ( 798) 377 86.1 6.9e-14 gi|224088541|ref|XP_002188652.1| PREDICTED: hypoth ( 196) 362 82.6 1.9e-13 gi|126333796|ref|XP_001374051.1| PREDICTED: simila ( 233) 331 76.5 1.6e-11 gi|49522711|gb|AAH75669.1| A730017C20Rik protein [ ( 151) 323 74.7 3.5e-11 gi|149064323|gb|EDM14526.1| rCG46944, isoform CRA_ ( 151) 309 71.9 2.4e-10 gi|183986250|gb|AAI66445.1| RGD1312005 protein [Ra ( 189) 306 71.4 4.4e-10 gi|149064327|gb|EDM14530.1| rCG46944, isoform CRA_ ( 193) 306 71.4 4.5e-10 gi|119582784|gb|EAW62380.1| hCG2036615 [Homo sapie ( 190) 295 69.2 2e-09 gi|148677899|gb|EDL09846.1| RIKEN cDNA A730017C20, ( 107) 284 66.8 6e-09 gi|194668873|ref|XP_001256363.2| PREDICTED: simila ( 190) 278 65.8 2.2e-08 gi|114601614|ref|XP_001148621.1| PREDICTED: simila ( 447) 277 65.9 4.8e-08 gi|109078548|ref|XP_001096726.1| PREDICTED: simila ( 314) 270 64.3 9.6e-08 gi|47213643|emb|CAF90347.1| unnamed protein produc ( 212) 224 55.0 4.3e-05 >>gi|109082105|ref|XP_001109121.1| PREDICTED: hypothetic (916 aa) initn: 5005 init1: 2726 opt: 3261 Z-score: 3529.1 bits: 664.2 E(): 7.3e-188 Smith-Waterman score: 5520; 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