# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj41200.fasta.nr -Q ../query/mKIAA2022.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA2022, 1489 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7920227 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7790+/-0.000189; mu= 12.4830+/- 0.011 mean_var=92.8691+/-17.909, 0's: 41 Z-trim: 48 B-trim: 141 in 1/65 Lambda= 0.133088 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|34881152|ref|XP_217568.2| PREDICTED: similar to (1517) 9300 1797.1 0 gi|109131261|ref|XP_001096699.1| PREDICTED: simila (1515) 8480 1639.6 0 gi|148682139|gb|EDL14086.1| mCG1188 [Mus musculus] (1304) 8384 1621.1 0 gi|74007860|ref|XP_549086.2| PREDICTED: similar to (1514) 8353 1615.2 0 gi|109512143|ref|XP_001056559.1| PREDICTED: simila (1496) 4916 955.3 0 gi|26332713|dbj|BAC30074.1| unnamed protein produc ( 730) 4840 940.5 0 gi|26344303|dbj|BAC35808.1| unnamed protein produc ( 396) 2643 518.4 4e-144 gi|57160615|emb|CAI39511.1| novel protein [Homo sa ( 117) 481 102.9 1.4e-19 gi|17380486|sp|Q61493.2|DPOLZ_MOUSE RecName: Full= (3122) 398 88.1 1.1e-13 gi|148672985|gb|EDL04932.1| REV3-like, catalytic s (3090) 391 86.7 2.8e-13 gi|153792337|ref|NP_035394.2| REV3-like, catalytic (3122) 391 86.7 2.9e-13 gi|73973780|ref|XP_539084.2| PREDICTED: similar to (3058) 390 86.5 3.2e-13 gi|6978946|dbj|BAA90768.1| DNA polymerase [Mus mus (3122) 388 86.2 4.3e-13 gi|118088674|ref|XP_426179.2| PREDICTED: similar t (3135) 378 84.2 1.6e-12 gi|119901246|ref|XP_870894.2| PREDICTED: similar t (3133) 374 83.5 2.8e-12 gi|149032985|gb|EDL87826.1| REV3-like, catalytic s (3054) 371 82.9 4e-12 gi|145312253|ref|NP_001077435.1| REV3-like, cataly (3132) 371 82.9 4.1e-12 gi|194216346|ref|XP_001502360.2| PREDICTED: simila (2964) 359 80.6 1.9e-11 gi|109073008|ref|XP_001086055.1| PREDICTED: REV3-l (3130) 352 79.2 5.2e-11 gi|74224682|dbj|BAE37883.1| unnamed protein produc ( 360) 338 75.8 6.3e-11 gi|143811385|sp|O60673.2|DPOLZ_HUMAN RecName: Full (3130) 343 77.5 1.7e-10 gi|9957534|gb|AAG09402.1|AF179428_1 DNA polymerase (3052) 340 76.9 2.5e-10 gi|5107941|gb|AAD40184.1|AF157476_1 DNA polymerase (3130) 340 76.9 2.5e-10 gi|2665742|gb|AAB88486.1| DNA polymerase zeta [Hom (3052) 339 76.7 2.9e-10 gi|3378172|gb|AAC28460.1| DNA polymerase zeta cata (3052) 339 76.7 2.9e-10 gi|224048297|ref|XP_002191467.1| PREDICTED: simila (3120) 326 74.2 1.6e-09 gi|149454254|ref|XP_001520025.1| PREDICTED: simila (1544) 315 71.9 4.1e-09 gi|209558045|gb|EEA08090.1| RNA recognition motif. (1078) 225 54.5 0.0005 gi|3319425|gb|AAC64622.1| Hypothetical protein H02 (1275) 209 51.5 0.0048 gi|89303934|gb|EAS01922.1| hypothetical protein TT (1149) 207 51.1 0.0057 gi|89307445|gb|EAS05433.1| hypothetical protein TT (1221) 204 50.5 0.009 gi|116102027|gb|ABJ67170.1| Subtilisin-like serine (2334) 207 51.3 0.0099 >>gi|34881152|ref|XP_217568.2| PREDICTED: similar to DNA (1517 aa) initn: 8684 init1: 4410 opt: 9300 Z-score: 9643.6 bits: 1797.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 9300; 94.082% identity (98.386% similar) in 1487 aa overlap (5-1489:1-1487) 10 20 30 40 50 60 mKIAA2 EATFMDNQQDKVIAASANGDNNLINGVKNNDSEDQEVAMKSFVALEATTPIQPIPVIQKE :::::::::::::::.::::::::.::::.:.::::::.::::.::::::::.::: gi|348 MDNQQDKVIAASANGENNLINGVKENDSEEQDVAMKSFAALEASTPIQPIPVVQKE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 mKIAA2 SPMFPRGLLPPPSKKPCMQSPPSPLALIEAPDHSANSASVNAISLTSGVAKGLNTWSLPN :::::::::: ::::::::::::::.:::::::::..::::::::::::::::::::::: gi|348 SPMFPRGLLPLPSKKPCMQSPPSPLGLIEAPDHSATGASVNAISLTSGVAKGLNTWSLPN 60 70 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overlap (5-1489:1-1485) 10 20 30 40 50 60 mKIAA2 EATFMDNQQDKVIAASANGDNNLINGVKNNDSEDQEVAMKSFVALEATTPIQPIPVIQKE :::::::.:.:::.:.:.::::::.::::::.::::::.::::..::::::: ::: gi|109 MDNQQDKAIVASASGENTLINGVKENDSEDQDVAMKSFAALEAAAPIQPIPVAQKE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 mKIAA2 SPMFPRGLLPPPSKKPCMQSPPSPLALIEAPDHSANSASVNAISLTSGVAKGLNTWSLPN . :.:::::: :::: :::::::::.:::::.:.::::::::::::::.::::::::::: gi|109 TLMYPRGLLPLPSKKSCMQSPPSPLGLIEAPEHAANSASVNAISLTSGIAKGLNTWSLPN 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 mKIAA2 ECEKAPFAIMEPAGMSALNGDCLMQPSRTCLGCFMESKEAVDPEPGISLKVSDLNRDYET :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::::: gi|109 ECEKAPFAIVEPAGMSALNGDCLMQPSRTCLGCFMESKDAVDPEPGISLKVGDLNRDYET 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 mKIAA2 CAVSDIGIQCINAGENIKYGEQLLSDQLLGFPLHKSRAGDRRESEKPDIDLEDPTQKSYY ::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::: gi|109 CAVSDIGIQCINAGENMKYGEQLLSDQLLGFPLHKSRAGDRRETEKPDIDLEDPAQKSYY 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 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