FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 ../query/mKIAA1384.ptfa, 534 aa
 vs ./tmplib.26680 library

1768483 residues in  2168 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6123+/-0.00446; mu= 10.7964+/- 0.299
 mean_var=93.6204+/-21.225, 0's: 0 Z-trim: 20  B-trim: 42 in 1/35
 Lambda= 0.1326

FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                       opt bits E(2168)
mKIAA1309  ( 653 res)   mbh03705                   ( 653) 1197  239 7.8e-64
mKIAA1354  ( 679 res)   mbh01247                   ( 679) 1185  237   4e-63
mFLJ00127  ( 641 res)   msk07274                   ( 641)  782  160   6e-40
mKIAA4249  ( 609 res)   mfj01240                   ( 609)  601  125 1.5e-29
mKIAA1900  ( 546 res)   mbg06467                   ( 546)  548  115 1.6e-26
mKIAA1921  ( 1004 res)   mbg02133                  (1004)  401   87 7.2e-18
mKIAA1490  ( 758 res)   mbp00060                   ( 758)  399   87 7.6e-18
mKIAA4221  ( 649 res)   mph01865                   ( 649)  383   83 5.6e-17
mKIAA0795  ( 588 res)   mfj41092                   ( 588)  361   79 9.7e-16
mKIAA0850  ( 644 res)   mph01355                   ( 644)  347   77 6.6e-15
mKIAA4210  ( 647 res)   mfj22326                   ( 647)  334   74 3.7e-14
mKIAA1340  ( 282 res)   mpm09346                   ( 282)  312   70 3.7e-13
mKIAA0132  ( 637 res)   mfk00029                   ( 637)  293   66 8.4e-12
mKIAA1489  ( 627 res)   mph01025                   ( 627)  289   65 1.4e-11
mKIAA4181  ( 591 res)   mfj29222                   ( 591)  288   65 1.5e-11
mKIAA0711  ( 634 res)   mpf00289                   ( 634)  217   52   2e-07
mKIAA1378  ( 105 res)   mek00908                   ( 105)  156   39 0.00017
mKIAA0469  ( 604 res)   mpg00435                   ( 604)  141   37  0.0046


>>mKIAA1309  ( 653 res)   mbh03705                        (653 aa)
 initn: 1127 init1: 701 opt: 1197  Z-score: 1238.4  bits: 239.1 E(): 7.8e-64
Smith-Waterman score: 1197;  38.340% identity (39.511% ungapped) in 506 aa overlap (33-527:135-636)

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       .: ....:.:  :  .:  :: . ....:  .: .::  . : :. : .:......    
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mKIAA1 ------LLLNFEEMRALLDSLPPPVESELALFQMSVLWLEHDRETRMQYAPDLMKRLRFA
             : : ::..  .:.:      .:: ::. .  ::. . : ::. :  ::: .:: 
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       :.   ::.. ::.::::::: .: .:::.: ::..::: :   ::  . :::.   :. .
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       ::.    . . :. ...::.. . :: :. :     .: .. . :::.:.::..... .:
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       : ... : :.:::.:.:::.  ..:.:. :.   :   ::..:::: .: : .:::::  
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       :::: ::... .:  .:::.:..: .:::::. .  .   :.:.::  : :..:  :.: 
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       :..: . ...::::.:::::..: :  : :.  : :.:  :::. . . .:.:.:  : :
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       :....::.::::::.   .   .  : :::. : ..  :. : :.:  ::. .. :    
mKIAA1 VFENKIYVVGGYSWNNRCMVEIVQKYDPEKNEWHKVF-DLPESLGGIRACTLTVYPPEEA
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Smith-Waterman score: 1185;  37.352% identity (38.493% ungapped) in 506 aa overlap (33-527:157-658)

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Smith-Waterman score: 903;  30.799% identity (32.245% ungapped) in 513 aa overlap (33-527:116-623)

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mKIAA1 VLSVSKILHIPQVTKLCVQFLNDQISVQNYKQVCKIAALHGLEETKKLANKYLVEDVLLL
       .: ....:.:  :. .: ..:....: .::  . ..:....:..   . .....     :
mFLJ00 ILETAHLLQIWTVVDFCCEYLEQEVSEDNYLYLQELASIYSLKRLDAFIDSFVLSHFSTL
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mKIAA1 NF----------EEMRALLDSLPPPVESELALFQMSVLWLEHDRETRMQYAPDLMKRLRF
       .:          ... . :.:     . :  :.:... :: .. : :  ..  ... .::
mFLJ00 SFTPDFLQSISVQKLCVYLSSGQVQHKWEYDLLQVALQWLTQQPE-REVHTRRVLENIRF
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        :.:   :..::. .  ... ..   . .. .::.::     :   :.  . .:: .. :
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       :.:::         :. . : : ... :   : .:   .::::. . .:.:. ::  . .
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mKIAA1 PNGKHSTNFVSRYDPRFNSWIQLPPMQERRASFYACRLDKHLYVIGGRNETGYLSSVECY
        .:. ..:.. ::::: ..::..  :..::..::   ..  : ..:::::.: ::::: :
mFLJ00 NGGNAASNLLYRYDPRRKQWIKVASMNQRRVDFYLASIEDMLVAVGGRNENGALSSVETY
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mKIAA1 NLDTNEWRYVSSLPQPLAAHAGAVHNGKIYISGGVHN---GEYVPWLYCYDPVMDVWARK
       .  :: : ::..::.   .:::....  .::::: :.   : :   : :::   ::: ..
mFLJ00 SPKTNSWTYVAGLPRFTYGHAGTIYKDFVYISGG-HDYQIGPYRKNLLCYDHRTDVWEER
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mKIAA1 QDMNTKRAIHTLAVMNDRLYAIGG--NHLKGFSHLDVMLVECYDPKGDQWNILQTPILEG
       . :.: :. :..  ..: .:.:::  .:.... ..::. :: :.:. .::. . .:.:..
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mKIAA1 RSGPGCAVLDDSIYLVGGYSWSMGAYKSSTICYCPEKGTWTELEGDVAEPLAG-PACATV
        :  : :: .  ::..:::::   :.. ..  :  : . :..   :. . .::  ::. .
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       . :                  
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Smith-Waterman score: 716;  28.032% identity (30.000% ungapped) in 503 aa overlap (41-526:113-599)

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       .. .: : : .::..:.   :   .  .: .:.  .  . :: :         : :. : 
mKIAA4 QLQDVKKTCCEFLESQLHPVNCLGIRAFADMHACTDLLNKANTYAEQHFADVVLSEEFLN
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mKIAA1 LNFEEMRALLDSLPPPVESELALFQMSVLWLEHDRETRMQYAPDLMKRLRFALIPAPELV
       :..:.. .:..:    . ::  .:.  . :..::...:...   ::...:. :.:   ::
mKIAA4 LGIEQVCSLISSDKLTISSEEKVFEAVIAWVNHDKDVRQEFMARLMEHVRLPLLPREYLV
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       .::.   ..... .:.  :..::.:::.: .:.   .:. .:.:.     :....:::  
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mKIAA1 PGPDRLPSNLVQYYDDEKKTWKILTIMPYNSAHHCVVEVENFLFVLGGEDQWNPNGKHST
       :   :     :. :: ... :. .. .:    .  .: . ...:..::      ::.  .
mKIAA4 PKAIRS----VECYDFKEERWHQVAELPSRRCRAGMVYMAGLVFAVGGF-----NGSLRV
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mKIAA1 NFVSRYDPRFNSWIQLPPMQERRASFYACRLDKHLYVIGGRNETGYLSSVECYNLDTNEW
         :. :::  ..: ..  :..::... :  :.  ::..:: . .  ::::: ::. .:::
mKIAA4 RTVDSYDPVKDQWTSVANMRDRRSTLGAAVLNGLLYAVGGFDGSTGLSSVEAYNIKSNEW
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mKIAA1 RYVSSLPQPLAAHAGAVHNGKIYISGGVHNG--EYVPWLYCYDPVMDVWARKQDMNTKRA
        .:. .    .. . .: .: .:  ::  ..  . .  . ::. . . :.   .:.:.:.
mKIAA4 FHVAPMNTRRSSVGVGVVGGLLYAVGGYDGASRQCLSTVECYNATANEWTYIAEMSTRRS
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mKIAA1 IHTLAVMNDRLYAIGGNHLKGFSHLDVMLVECYDPKGDQWNILQTPILEGRSGPGCAVLD
          ..:.:. :::.::.     . :    :: :::  . :  .    .  :..  ::: .
mKIAA4 GAGVGVLNNLLYAVGGHD----GPLVRKSVEVYDPTTNAWRQVADMNMCRRNAGVCAV-N
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mKIAA1 DSIYLVGGYSWSMGAYKSSTICYCPEKGTWTELEG--DVAEPLAGPACATVILPACVPYN
         .:.::: . : .   .:.  : :    :: . .  ....  :: : .. .:       
mKIAA4 GLLYVVGGDDGSCNL--ASVEYYNPTTDKWTVVSSCMSTGRSYAGKATSSCLLAYSETDI
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 initn: 542 init1: 246 opt: 548  Z-score: 568.6  bits: 115.0 E(): 1.6e-26
Smith-Waterman score: 650;  29.424% identity (31.944% ungapped) in 469 aa overlap (33-487:92-537)

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mKIAA1 VLSVSKILHIPQVTKLCVQFLNDQISVQNYKQVCKIAALHGLEETKKLANKYLVEDVLLL
       ::.... :.. .. .:: ..: ....  :: .. ..: :  :   .: .  .::.     
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mKIAA1 NFEEMRALLDSLPPPVES-ELALFQMSVLWLEHDRETRMQYAPDLMKRLRFALIPAPELV
          ..  :: : :  : .    :.:     :. :: : ..   .. . .. . .: :  .
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          ..:   :  :.  .:  .. .  .  . :  :    .. : ..  : ..::      
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mKIAA1 RLPSNLVQYYD--DEKKT-------WKILTIMPYNSAHHCVVEVENFLFVLGGEDQWNPN
       ..    ..:..  :....       :. :. :: . .::::. . .:::: ::: .   .
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mKIAA1 GKHSTNFVSRYDPRFNSWIQLPPMQERRASFYACRLDKHLYVIGGRNET-GYLSSVECYN
          ..  . ::::: ::: .. ::.. :  :    .:..::..:::::    : .:: : 
mKIAA1 RTCAVRTACRYDPRSNSWAEIAPMKNCREHFVLGAMDEYLYAVGGRNELRQVLPTVERYC
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mKIAA1 LDTNEWRYVSSLPQPLAAHAGAVHNGKIYISGGVHN-GEYVPWLYCYDPVMDVWARKQDM
          :.: .:.:. . :. ::: : .: ..::::: : ..:   :. :.: .. :  .. :
mKIAA1 PKKNKWTFVQSFDRSLSCHAGYVADGLLWISGGVTNTAQYQNRLMVYEPNQNKWISRSPM
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mKIAA1 NTKRAIHTLAVMNDRLYAIGGNHLK-GFSHLDVMLVECYDPKGDQWNILQTPILEGRSGP
         .:. :..:... .::..::: :  . ... :  .. :.   :::.  .  .: :..  
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mKIAA1 GCAVLDDSIYLVGGYS-WSMGAYKSSTICYCPEKGTWTELEGDVAEPLAGPACATVILPA
       : :: .  :::::::: :.                                         
mKIAA1 GVAVHNGRIYLVGGYSIWTNEPLACIQV                                
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>>mKIAA1921  ( 1004 res)   mbg02133                       (1004 aa)
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Smith-Waterman score: 499;  24.663% identity (26.501% ungapped) in 519 aa overlap (24-524:497-997)

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mKIAA1        QQQPPPQEEPGTPSSSPDDKLLTSPRAINNLVLQGCSSIGLRLVLEYLYTANV
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mKIAA1 REFEVHQNVLASCSLYFKDLIQRSVQDSSQSSREKLELVLSNLQADVLELLLEFVYTGSL
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mKIAA1 TLSLDTVEEVLSVSKILHIPQVTKLCVQFLNDQISVQNYKQVCKIAALHGLEETKKLANK
       ...  ... .: ... ...    :.::.::. :....:   :  .:      :  ..:. 
mKIAA1 VIDSANAKTLLEAASKFQFHTFCKVCVSFLEKQLTASNCLGVLAMAEAMQCSELYHMAKA
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mKIAA1 YLV---------EDVLLLNFEEMRALL--DSLPPPVESELALFQMSVLWLEHDRETRMQY
       . .         :..: .. ... : .  :::   .: :: ...  . :...:  :: ::
mKIAA1 FALQIFPEVAAQEEILSISKDDFIAYVSNDSLNTKAE-EL-VYETVIKWIKKDPATRAQY
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       : .:.  .:. .:    :.. :.. ...... .:. :. .:  ::..:  ..  :.  .:
mKIAA1 AAELLAAVRLPFIHPSYLLNVVDNEELIKSSEACRDLVNEAKRYHMLPHARQEMQTPRTR
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mKIAA1 PRLSAGVAEVIVLVGGRQMVGMTQRSLVAVTCWNPQNNKWYPLASLPFYDREFFSVVSAG
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mKIAA1 NFLFVLGGEDQWNPNGKHSTNFVSRYDPRFNSWIQLPPMQERRASFYACRLDKHLYVIGG
       . ... :: .    .:   .. :  :   ...:  .  :   :    .   : ..:..::
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mKIAA1 RNETGYLSSVECYNLDTNEWRYVSSLPQPLAAHAGAVHNGKIYISGGVHN-GEYVPWLYC
        . .: .. :: :.  ::.:. :. ::. . . :..: .::::. :::.. :. .  :  
mKIAA1 LGVAGNVDHVERYDTITNQWEAVAPLPKAVHSAAATVCGGKIYVFGGVNEAGRAAGVLQS
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       : :  ..:.  ..          ...:  .. .:: . .. .         :::  .. :
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       :   : .. .:.  . .::: .:: .::   : :   ..   : :  .::: :   .  :
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       .   .:...          
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       .:... .:..:::...: .::   .  .:   .  .:  .:  :  :.:..: .:..   
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             :::  ::.. :: :    : .: ..:.  ..:...: . : .    :.  .:. 
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       :.: :...  ...  ....:  ::::.:.::.:::.: :.   ::  .. : :.   :  
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       : .. : :  :.:. ..:  ::::. .: .. .  :.  .:..::..  .::..:: .. 
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       ....: ::.:.    .. . :. :::.:  ::  ..  .  .  :::  . :.    :  
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       .:.   .:. .  :::.::.   . .: . .:  :: :::: : :... .:.   :.. :
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         .: : .: ::::. .  .: ..   : :. . ::.. . ....  :: ::..::    
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     530    
mKIAA1 VPYNK

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       :. ::...  ...  ..: :  ::::...::.:::.: :.   ::  .. : :.   :. 
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mKIAA1 DTNEWRYVSSLPQPLAAHAGAVHNGKIYISGGVHNGEYVPWLYCYDPVMDVWARKQDMNT
       .. .: .:...  : .. . :: .::.:  ::  ..  .  . :.::  . :.   .:. 
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       .:.   ... :  :::::: :    :.:   : .:   :::: : :. . . .  .:.. 
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       :  .: :..: ::::. .  .: . .  : :. . ::.    ::    : : : :.    
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     530    
mKIAA1 VPYNK

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mKIAA0 HKFSAHRIVLAASIPYFHAMFTNDMMECKQDEIVMQGMDPSALEALINFAYNGNLAIDQQ
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mKIAA1 TVEEVLSVSKILHIPQVTKLCVQFLNDQISVQNYKQVCKIAALHGLEETKKLANKY----
       .:. .:  ...:.. ..   :  :: ...  .:   : ..:           ::..    
mKIAA0 NVQSLLMGASFLQLQSIKDACCTFLRERLHPKNCLGVRQFAETMMCAVLYDAANSFIHQH
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mKIAA1 -----LVEDVLLLNFEEMRALLDSLPPPVESELALFQMSVLWLEHDRETRMQYAPDLMKR
            : :. : : .:..  :..     :.::  .:. .. :...::: :    :.:.. 
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       .:. :     : .:::. :..:    :. :. .: .::::: :.    .. .: :   : 
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mKIAA1 KKMLLLVGGLPPGPDRLPSNLVQYYDDEKKTWKILTIMPYNSAHHCVVEVENFLFVLGGE
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       :     :.   . :  :.:. ..: ..  :. .:... .  :: ..:: :: . .. :.:
mKIAA0 D-----GQLRLSTVEAYNPETDTWTRVGSMNSKRSAMGTVVLDGQIYVCGGYDGNSSLNS
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mKIAA1 VECYNLDTNEWRYVSSLPQPLAAHAGAVHNGKIYISGGVHNG-EYVPWLYCYDPVMDVWA
       :: :. .:..:  :. . .  .: . .: .:.::.::: :.: .    .  :.    .: 
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mKIAA1 RKQDMNTKRAIHTLAVMNDRLYAIGGNHLKGFSHLDVMLVECYDPKGDQWNILQTPILEG
          .: .::  :  : ....... ::   .::    . ..: :.  .::: .. .:.   
mKIAA0 PAASMLNKRCRHGAASLGSKMFVCGGYDGSGF----LSIAEMYSSVADQWCLI-VPMHTR
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mKIAA1 RSGPGCAVLDDSIYLVGGYSWSMGAYKSSTICYCPEKGTWTELEGDVAEPLAGPACATVI
       ::  . ..    .: ::::. . .   ::.  : ::   :: .      :.:    .. .
mKIAA0 RSRVSLVASCGRLYAVGGYDGQSNL--SSVEMYDPETDRWTFMA-----PMACHEGGVGV
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