FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1261.ptfa, 729 aa vs ./tmplib.26680 library 1768288 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5101+/-0.00813; mu= -9.5003+/- 0.538 mean_var=428.2824+/-103.083, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0620 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1547 ( 897 res) mbg07188 ( 897) 3967 369 9.6e-103 mKIAA4188 ( 402 res) mbh00640 ( 402) 2123 204 2.4e-53 >>mKIAA1547 ( 897 res) mbg07188 (897 aa) initn: 2386 init1: 2386 opt: 3967 Z-score: 1937.0 bits: 369.3 E(): 9.6e-103 Smith-Waterman score: 3967; 83.027% identity (84.097% ungapped) in 707 aa overlap (26-729:197-897) 10 20 30 40 50 mKIAA1 ARIRFKSLEAAGSITVALPVLLRLWYYEMSYGLNIEMHKQAEIVKRLNAICAQVI :::::::::::::::.::.::::.: ::.. mKIAA1 QFLQAQYHSLKVEYDKLANEKTEMQRHYVMYYEMSYGLNIEMHKQTEIAKRLNTILAQIM 170 180 190 200 210 220 60 70 80 90 100 110 mKIAA1 PFLSQEHQQQVVQAVERAKQVTMAELNAIIGQQ-LQAQHLSHG-HGLPVPLTPHPSGLQP :::::::::::.:::::::::::.::::::::: ::::::::. :: :: : :::::::: mKIAA1 PFLSQEHQQQVAQAVERAKQVTMTELNAIIGQQQLQAQHLSHATHGPPVQLPPHPSGLQP 230 240 250 260 270 280 120 130 140 150 160 170 mKIAA1 PAIPPI-GSSAGLLALSSALGGQSHLPIKDEKKHHDNDHQRDRDSIKSSSVSPSASFRGS :.:::. :::.:::::. :::.:.:: .::::.::. :: :.:.: ..::::: :.:.: mKIAA1 PGIPPVTGSSSGLLALG-ALGSQAHLAVKDEKNHHELDH-RERESSTNNSVSPSESLRAS 290 300 310 320 330 340 180 190 200 210 220 230 mKIAA1 EKHRNSTDYSSESKKQKTEEKEIAARYDSDGEKSDDNLVVDVSNEDPSSPRGSPAHSPRE ::::.:.::: :.::.:.:::. .::::::.:::: ::::::::::..:: :::::: : mKIAA1 EKHRGSADYSMEAKKRKAEEKDSLSRYDSDGDKSDD-LVVDVSNEDPATPRVSPAHSPPE 350 360 370 380 390 400 240 250 260 270 280 290 mKIAA1 NGLDKTRLLKKDAPISPASVASSSSTPSSKSKELSLNEKSTTPVSKSNTPTPRTDAPTPG :::::.: :::::: :::::::::::::::.:.:. :.::.:: ::::::::.:::::: mKIAA1 NGLDKARGLKKDAPTSPASVASSSSTPSSKTKDLGHNDKSSTPGLKSNTPTPRNDAPTPG 410 420 430 440 450 460 300 310 320 330 340 350 mKIAA1 SNSTPGLRPVPGKPPGVDPLASSLRTPMAVPCPYPTPFGIVPHAGMNGELTSPGAAYAGL ...::::: .::::::.::.::.::::... ::.::... : ::: :::: .::::: mKIAA1 TSTTPGLRSMPGKPPGMDPIASALRTPITLTSSYPAPFAMMSHHEMNGSLTSP-SAYAGL 470 480 490 500 510 520 360 370 380 390 400 410 mKIAA1 HNISPQMSAAAAAAAAAAAYGRSPVVGFDPHHHMRVPAIPPNLTGIPGGKPAYSFHVSAD ::: :::::::::::: :::::.:::::: ::. ..: .:..::::::::::::::: mKIAA1 HNIPSQMSAAAAAAAAA--YGRSPMVGFDPHPPMRATGLPSSLASIPGGKPAYSFHVSAD 530 540 550 560 570 580 420 430 440 450 460 470 mKIAA1 GQMQPVPFPPDALIGPGIPRHARQINTLNHGEVVCAVTISNPTRHVYTGGKGCVKVWDIS ::::::::: ::: ::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::: mKIAA1 GQMQPVPFPHDALAGPGIPRHARQINTLSHGEVVCAVTISNPTRHVYTGGKGCVKIWDIS 590 600 610 620 630 640 480 490 500 510 520 530 mKIAA1 HPGNKSPVSQLDCLNRDNYIRSCRLLPDGRTLIVGGEASTLSIWDLAAPTPRIKAELTSS .::.:::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::.:::::.:::::::::::: mKIAA1 QPGSKSPISQLDCLNRDNYIRSCKLLPDGRTLIVGGEASTLTIWDLASPTPRIKAELTSS 650 660 670 680 690 700 540 550 560 570 580 590 mKIAA1 APACYALAISPDSKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGASCIDISNDGTKLWT ::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: mKIAA1 APACYALAISPDAKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGASCIDISHDGTKLWT 710 720 730 740 750 760 600 610 620 630 640 650 mKIAA1 GGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMENSNVEVLHVTKPDKYQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: ::::::: mKIAA1 GGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMESSNVEVLHHTKPDKYQ 770 780 790 800 810 820 660 670 680 690 700 710 mKIAA1 LHLHESCVLSLKFAHCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESSSVLSCDISVDDKY ::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: mKIAA1 LHLHESCVLSLKFAYCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESSSVLSCDISADDKY 830 840 850 860 870 880 720 mKIAA1 IVTGSGDKKATVYEVIY ::::::::::::::::: mKIAA1 IVTGSGDKKATVYEVIY 890 >>mKIAA4188 ( 402 res) mbh00640 (402 aa) initn: 2177 init1: 2052 opt: 2123 Z-score: 1050.0 bits: 204.0 E(): 2.4e-53 Smith-Waterman score: 2219; 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