# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj34112.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0167.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mKIAA0167, 1029 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7903002 sequences
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Lambda= 0.104012
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|109101574|ref|XP_001082607.1| PREDICTED: simila ( 857) 1357 216.2 5.6e-53
gi|119591484|gb|EAW71078.1| centaurin, gamma 2, is ( 857) 1356 216.1 6.2e-53
gi|118093312|ref|XP_421880.2| PREDICTED: similar t (1213) 1357 216.4 7.1e-53
gi|73994179|ref|XP_848466.1| PREDICTED: similar to ( 936) 1355 216.0 7.3e-53
gi|189520208|ref|XP_001921526.1| PREDICTED: simila ( 857) 1346 214.6 1.8e-52
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gi|149046528|gb|EDL99353.1| centaurin, gamma 3 (pr ( 682) 1310 209.1 6.4e-51
>>gi|109480648|ref|XP_576238.2| PREDICTED: similar to Ce (836 aa)
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: . : : . .:::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::.::::: :::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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Smith-Waterman score: 4984; 96.203% identity (98.608% similar) in 790 aa overlap (240-1029:47-836)
210 220 230 240 250 260
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.
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:::::::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::.::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
gi|156 LQCCESSKVKLRTDSQSEAVAIQAIRNAKGNSICVDCGAPNPTWASLNLGALICIECSGI
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mKIAA0 HRNLGTHLSRVRSLDLDDWPRELTLVLTAIGNDTANRVWESDTRGRAKPTRDSSREERES
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
gi|156 HRNLGTHLSRVRSLDLDDWPRELTLVLTAIGNDTANRVWESDTRGRAKPSRDSSREERES
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:::::::::::::::.:.::::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::::::
gi|156 WIRAKYEQLLFLAPLSTSEEPLGRQLWAAVQAQDVATVLLLLAHARHGPLDTSVEDPQLR
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mKIAA0 SPLHLAAELAHVVITQLLLWYGADVAARDAQGRTALFYARQAGSQLCADILLQHGCPGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|156 SPLHLAAELAHVVITQLLLWYGADVAARDAQGRTALFYARQAGSQLCADILLQHGCPGEG
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990 1000 1010 1020
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::.::::::::::::::::::::::::::.::.:. .:::
gi|156 GSAATTPSAATTPSITATPSPRRRSSAASVGRADAPVALV
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Smith-Waterman score: 4968; 95.823% identity (98.608% similar) in 790 aa overlap (240-1029:47-836)
210 220 230 240 250 260
mKIAA0 TKSTGGPPGPGPLPGPQGLSSSSGSRELLGAELRASPKAVVNSQEWTLSRSIPELRLGVL
: : . .::.:::::::::::::::::::
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::.::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|109 GDARSGKSSLIHRFLTGSYQVLEKTESEQYKKEMLVDGQTHLVLIREEAGAPDAKFSGWA
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::::::::::::.:::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|109 DAVIFVFSLEDENSFQAVSCLHGQLSSLRGEGRGGLALALVGTQDRISASSPRVVGDARA
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::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|109 RALCADMKRCSYYETCATYGLNVDRVFQEVAQKVVTLRKQQQLLAACKSLPSSPSHSAAS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|109 TPVAGQASNGGHTSDYSSSLPSSPNVGHRELRAEAAAVAGLSTPGSLHRAAKRRTSLFAN
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510 520 530 540 550 560
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:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::..
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:::::::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::.::::::::. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|109 QRRKKLTTPSKTEGSTGQAEEENFEFLIVSSTGQTWHFEAASFEERDAWVQAIESQILAS
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:::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
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:::::::::::::::.::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::.::::::::::::::::::.:::::::.::.:. .:::
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:. . : : . .::.::::::::::::::
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:::::::.::::::::::::::::::::: ::::.:::::::::::::::::::::::::
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:::::::::.:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::.:: ::::::::::: : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::. ::::::::::::.::::.:::::::::.:::::.:::
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>>gi|97046551|sp|Q3UHD9.1|AGAP2_MOUSE RecName: Full=Arf- (1186 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::.::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA0 INDYIHSTHGKEMDLLRTTVKVPGKRPPRAISAFGPSASINGLVKDMSTVQMGEGPEAST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|819 INDYIHSTHGKEMDLLRTTVKVPGKRPPRAISAFGPSASINGLVKDMSTVQMGEGPEAST
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|819 PMPSPSPSPSSLQLPTDQTSKHLLKPDRNLARALSTDCTPSGDLSPLSREPPPSPMVKKQ
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::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
gi|819 RRKKLSTPSKTEGSAVQAEAKRKMWKLKSFGSLRNIYKAEENFEFLIVSSTGQTWHFEAA
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mKIAA0 SFEERDAWVQAIESQILASLQCCESSKVKLRTDSQSEAVAIQAIRNAKGNSTCVDCGAPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|819 SFEERDAWVQAIESQILASLQCCESSKVKLRTDSQSEAVAIQAIRNAKGNSTCVDCGAPN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|819 PTWASLNLGALICIECSGIHRNLGTHLSRVRSLDLDDWPRELTLVLTAIGNDTANRVWES
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|819 DTRGRAKPTRDSSREERESWIRAKYEQLLFLAPLGTTEEPLGRQLWAAVEAQDVAAVLLL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|819 LAHARHGPLDTSVEDPQLRSPLHLAAELAHVVITQLLLWYGADVAARDAQGRTALFYARQ
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mKIAA0 AGSQLCADILLQHGCPGEGGSTATTPSAATTPSITATPSPRRRSSAASLGRVDTTIALV
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. .:::
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. .:::
gi|170 APVALV
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:::::::::::::: :::::: .:::.::::::::::::::::::.::::::::::::::
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:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|114 ATVLLLLAHARHGPLDTSVEDPQLRSPLHLAAELAHVVITQLLLWYGADVAARDAQGRTA
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gi|114 PVALV
1190
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:::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
gi|119 SPHPGTGSRRLKVAPPPPAPKPCKTVTTSGAKAGGGKGAGSRLSWPESEGKPRVKGSKSS
170 180 190 200 210 220
100 110 120 130 140
mKIAA0 AGTGASAAA-AGGGGSAAVTTSGGVGAGAGTRGKLSPRKGKSKTLDNSDLHPGPSAGSPP
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gi|119 AGTGVSAAAGAAGGGGAAATTSGGVGAGPGVRGKLSPRKGKSKTLDNSDLHPGPPAGSPP
230 240 250 260 270 280
150 160 170 180 190 200
mKIAA0 -LTVPAIPVPATSVTATSTQPLGPAPPITLEPPAPGLKRGREGGRASTRDRKMLKFISGI
::::: .:...:::.:. : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|119 PLTVPATLTPTSAVTAASALPTGPAPPITLEPPAPGLKRGREGGRASTRDRKMLKFISGI
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210 220 230 240 250 260
mKIAA0 FTKSTGGPPGPGPLPGPQGLSSSSGSRELLGAELRASPKAVVNSQEWTLSRSIPELRLGV
::::::::::::: ::: :::.::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
gi|119 FTKSTGGPPGPGPPPGPPVLSSGSGSRELLGAELRASPKAVINSQEWTLSRSIPELRLGV
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mKIAA0 LGDVRSGKSSLIHRFLTGSYQVLEKIESEQYKKEMLVDGQTHLVLIREEAGAPDAKFSGW
:::.::::::::::::::::::::: ::::.:::::::::::::::::::::::::::::
gi|119 LGDARSGKSSLIHRFLTGSYQVLEKTESEQHKKEMLVDGQTHLVLIREEAGAPDAKFSGW
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gi|119 ADAVIFVFSLEDENSFQAVSRLHGQLSSLRGEGRGGLALALVGTQDRISASSPRVVGDAR
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mKIAA0 ARALCTDMKRCSYYETCATYGLNVDRVFQEVAQKVVTLRKQQQLLAACKSLPSSPSHSAA
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gi|119 ARALCADMKRCSYYETCATYGLNVDRVFQEVAQKVVTLRKQQQLLAACKSLPSSPSHSAA
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mKIAA0 STPVAGQASNGGHTSDYSSSLPSSPNVGHRELRAEAAAVAGLSTPGSLHRAAKRRTSLFA
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|119 STPVAGQAGNGGHTSDYSSSLPSSPNVGHRELRAEAAAVAGLSTPGSLHRAAKRRTSLFA
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mKIAA0 NRRGSDAEKRSLDSRGETTGSGRAIPIKQSFLLKRSGNSLNKEWKKKYVTLSSNGFLLYH
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|119 NRRGSDSEKRSLDSRGETTGSGRAIPIKQSFLLKRSGNSLNKEWKKKYVTLSSNGFLLYH
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mKIAA0 PSINDYIHSTHGKEMDLLRTTVKVPGKRPPRAISAFGPSASINGLVKDMSTVQMGEGPEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|119 PSINDYIHSTHGKEMDLLRTTVKVPGKRPPRAISAFGPSASINGLVKDMSTVQMGEGPEA
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mKIAA0 STPMPSPSPSPSSLQLPTDQTSKHLLKPDRNLARALSTDCTPSGDLSPLSREPPPSPMVK
.:: ::::::::::: : ::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
gi|119 TTPTPSPSPSPSSLQPPPDQTSKHLLKPDRSLARALSTDCTPSGDLSPLSREPPPSPMVK
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mKIAA0 KQRRKKLSTPSKTEGSAVQAE--------------------EENFEFLIVSSTGQTWHFE
:::::::.::::::::: ::: :::::::::::::::::::
gi|119 KQRRKKLTTPSKTEGSAGQAEAKRKMWKLKSFGSLRNIYKAEENFEFLIVSSTGQTWHFE
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mKIAA0 AASFEERDAWVQAIESQILASLQCCESSKVKLRTDSQSEAVAIQAIRNAKGNSTCVDCGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
gi|119 AASFEERDAWVQAIESQILASLQCCESSKVKLRTDSQSEAVAIQAIRNAKGNSICVDCGA
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mKIAA0 PNPTWASLNLGALICIECSGIHRNLGTHLSRVRSLDLDDWPRELTLVLTAIGNDTANRVW
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
gi|119 PNPTWASLNLGALICIECSGIHRNLGTHLSRVRSLDLDDWPRELTLVLTAIGNDMANRVW
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mKIAA0 ESDTRGRAKPTRDSSREERESWIRAKYEQLLFLAPLGTTEEPLGRQLWAAVEAQDVAAVL
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.::::::::
gi|119 ESDTRGRVKPTRDSSREERESWIRAKYEQLLFLAPLGTSEEPLGRQLWAAVQAQDVAAVL
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mKIAA0 LLLAHARHGPLDTSVEDPQLRSPLHLAAELAHVVITQLLLWYGADVAARDAQGRTALFYA
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.:::::::::::::
gi|119 LLLAHARHGPLDTSVEDPQLRSPLHLAAELSHVVITQLLLWYGADVSARDAQGRTALFYA
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mKIAA0 RQAGSQLCADILLQHGCPGEGGSTATTPSAATTPSITATPSPRRRSSAASLGRVDTTIAL
::::::::::.::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::.::.:. .::
gi|119 RQAGSQLCADVLLQHGCPCEGGSTATTPSAATTPSITATPSPRRRSSAASVGRADAPVAL
1130 1140 1150 1160 1170 1180
mKIAA0 V
:
gi|119 V
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]