FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA4109.ptfa, 801 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768216 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7654+/-0.00557; mu= 3.2839+/- 0.370
mean_var=184.9922+/-45.454, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 11 in 1/35
Lambda= 0.0943
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0639 ( 810 res) mbg16237 ( 810) 1246 182 2.1e-46
>>mKIAA0639 ( 810 res) mbg16237 (810 aa)
initn: 920 init1: 660 opt: 1246 Z-score: 925.4 bits: 182.1 E(): 2.1e-46
Smith-Waterman score: 1375; 37.084% identity (40.055% ungapped) in 782 aa overlap (55-786:1-774)
30 40 50 60 70 80
mKIAA4 ELHQAKDVNTGGVFQLRQGHSRRVQVTVKPVQHSGTLPLMVEAILSVSIGCVTAR---ST
::.::::::: : ::::.:::: .: :
mKIAA0 VQESGTLPLMEECILSVGIGCVKVRPLRSP
10 20 30
90 100 110 120 130
mKIAA4 KLQRG-------LDSYQEEDLNCVRERWSDALIKRREYLDEQIKKVSNKKEKTEDDMERE
:.... .::::..::. .:..: .:: ::.::::.:..:. .:..::::: .::
mKIAA0 KIHENVHEEEEDMDSYQDRDLERLRRKWLNALTKRQEYLDQQLQKLVSKHDKTEDDADRE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
mKIAA4 ARLVEQWVGLTEERNAVLVPAPGSGIPGAPADWVPPPGMETHIPVLFLDLNADDLSANEQ
:.:.:. . ::::::::.::. :::::::::.:.: :::::::::.::::::::.:....
mKIAA0 AQLLEMRLTLTEERNAVMVPSAGSGIPGAPAEWTPVPGMETHIPVIFLDLNADDFSSQDN
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
mKIAA4 LVGPHASGVNSILPKEHGSQFFYLPIIKHSDDEVSATASWDSSVHDSLHLNRVTPQNERI
: :.: : .. : :. .:: : :.:. : ::.: :::::.::. .:.. :: .::.
mKIAA0 LDDPEA-GWDATLTGEEEEEFFELQIVKQHDGEVKAEASWDSAVHSCPQLSKGTPADERV
160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
mKIAA4 YLIVKTTVQLSHPAAMELVLRKRIAANIYNKQSFTQSLKRRISLINICYSCGVTYEIVSN
.::...:::::::: :.::::::: ......:.:.::: ...: . .::::.:::::
mKIAA0 FLILRVTVQLSHPADMQLVLRKRICVHVHGRQGFAQSLLKKMSHRSSIPGCGVTFEIVSN
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
mKIAA4 IPKATEEIEDRETLALLAARSENEGTLDGETYIEKYTRGVLQVENILSLERLRQAVTVKE
::. .. .:.::.:: .:: :: .. :.:.::::: :.:: :::.:.:.:::: :.:::
mKIAA0 IPEDAQGVEEREALARMAANVENPASADSEAYIEKYLRSVLAVENLLTLDRLRQEVAVKE
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
mKIAA4 ALSTKARHIRRSLSTPNVHNVSSSRPDLSGFDE--DDKGWPENQLDVSDYSSSYQDVACY
:. :.. :::.:.:... .:.:: .:: ..:: :.: :::. : . .:
mKIAA0 QLTGKGKLSRRSISSPSMNRLSGSRQELSPSHSLGSNKGRWESQQDVSQTLVS-RGIAPG
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480
mKIAA4 GTLPRDSPRRSKEGCPSENPHALT-VSPFKAFSPQPPKFFKPLMPVKEEHKKR----LAL
::. .. . :. . : . ..: :.. :: ::..: :.::..... : ::
mKIAA0 PPALSVSPQNNQSSDPGLGGVAASYLNPVKSLVPQMPKLLKSLFPVRDDRRGRHSSPLAH
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
mKIAA4 EARP-LLSQESMPPSQAH--NPGCIVTPGSNGSSMPVEHSSKPEKKIDSEEEENELEALS
. : .: : .. . : . . .:: .:. . . . : :: .. .. .
mKIAA0 QPVPRILVQPTFSDTWATRTEEAQQGSPGPSGALESMVKMAAPAVKI--CDKPVKVSSPP
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590
mKIAA4 RKLMLTQPY-------VPVEFADFSVYNASLENREWSSSKADLTDSRALEKAVSRSPTTS
...::: :. :. . .. :. . : . . :. .: . . :: .
mKIAA0 SPMVVTQPPEGQDGPPSPLSEASSGYFSHSVSSATLSETLTLGLDTTGLGSQTPGSPPAL
510 520 530 540 550 560
600 610 620 630 640
mKIAA4 SLTS-----GYFSHSASNATLSDMA-VPSSDS-SDQLAVS----TKEVECAEPPGPSLAP
.. ...: . :. . : ::.. . : .: : .: : : .:
mKIAA0 CQVTPEPELAFLSCTLSHPPAPEEAHVPAAPTQSTELEVPRAPLLSEPASAVPTSPFRIR
570 580 590 600 610 620
650 660 670 680 690 700
mKIAA4 DVRRASNQELTEV--GRGSGKDETIAVPLEENSALPK--GTPSPQSIPEESSRMPCRTAS
:: . . .: . : .:: .: . . ..: . : : :..:..:
mKIAA0 KVRTSELKSFTGMLGGASSGAEEDPLASEDPSNARGQTLGRLEVTSDSEDASEVPEWLRE
630 640 650 660 670 680
710 720 730 740 750 760
mKIAA4 CSELDVGPSKDGHQAREFCPGEVTIEHTTNILEDHSFTEFMGVSDGKDFDGLADCSVG--
. :: .: : .: . : . .. : . : ::.. :. :
mKIAA0 GEYVVVGTNKTG-IVRYIGPTDFQEGTWIGVELDLPAGKNDGSIGGKQY---FRCNPGYG
690 700 710 720 730 740
770 780 790 800
mKIAA4 ---EPSR-RRAL-TNETDHKGI-PERPPDADRLHPKIENDQEATATR
.::: :::. :.. .:. :. :.. :
mKIAA0 LLVRPSRVRRAVGTGRRRSSGLQPQGAPEVRRSATISGSATNLASLTAALAKGDRSYKNP
750 760 770 780 790 800
mKIAA0 ENRKSWAS
810
801 residues in 1 query sequences
1768216 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 11:02:08 2006 done: Mon Mar 27 11:02:09 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]