FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA4241.ptfa, 453 aa vs ./tmplib.26680 library 1768564 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2497+/-0.00534; mu= 15.0653+/- 0.357 mean_var=136.9617+/-32.118, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 20 in 1/35 Lambda= 0.1096 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4240 ( 416 res) mia02001 ( 416) 2252 367 1.3e-102 mFLJ00017 ( 408 res) msh09230 ( 408) 1957 320 1.5e-88 mKIAA0763 ( 530 res) mbp04234 ( 530) 530 95 1.4e-20 mKIAA1110 ( 911 res) mbg05269 ( 911) 528 95 2.4e-20 mKIAA0248 ( 1803 res) mbg12530 (1803) 493 90 1.6e-18 mKIAA2011 ( 771 res) mfj31262 ( 771) 378 71 3e-13 mKIAA0522 ( 646 res) mbp09103 ( 646) 284 56 8e-09 mKIAA0969 ( 1106 res) mic02056 (1106) 196 43 0.00017 >>mKIAA4240 ( 416 res) mia02001 (416 aa) initn: 2283 init1: 2252 opt: 2252 Z-score: 1934.4 bits: 367.0 E(): 1.3e-102 Smith-Waterman score: 2252; 84.319% identity (84.319% ungapped) in 389 aa overlap (65-453:26-414) 40 50 60 70 80 90 mKIAA4 QPSRSRRLRARRLAGSGLKMDEGGGGEGGSVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERL :: ::. :::.:: .:::::.::. ::.:: mKIAA4 RGLREVSGGRGPEPVASTMEDDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRL 10 20 30 40 50 100 110 120 130 140 150 mKIAA4 KYEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDV : ::::: .::..: :.:: :. :::::.::::::::::::::::::::: ::... ::. mKIAA4 KEEIAEVANEIESLGSTEERKNMQRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENGLLKNTCEDI 60 70 80 90 100 110 160 170 180 190 200 210 mKIAA4 AQFLYKGEGLNKTVIGDYLGERDDFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGE :::::::::::::.:::::::::.:.:.:: ::::::::.:::::::::::::::::::: mKIAA4 AQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERDEFSIQVLYAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGE 120 130 140 150 160 170 220 230 240 250 260 270 mKIAA4 AQKIDRMMEAFASRYCLCNPGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFITM ::::::::::::.::: :: ::::::::::::::::::::::::: ::.::::.::::.: mKIAA4 AQKIDRMMEAFAQRYCQCNTGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAM 180 190 200 210 220 230 280 290 300 310 320 330 mKIAA4 NRGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKT :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: mKIAA4 NRGINDGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKT 240 250 260 270 280 290 340 350 360 370 380 390 mKIAA4 WKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:::::::: :..: :::: mKIAA4 WKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIK 300 310 320 330 340 350 400 410 420 430 440 450 mKIAA4 ACKTEADGRVVEGNHVVYRISAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK :::::::::::::::.:::::::.:::::.:.: :::.:::::::.:::.::..... : mKIAA4 ACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPTPEEKEDWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKR 360 370 380 390 400 410 mKIAA4 H >>mFLJ00017 ( 408 res) msh09230 (408 aa) initn: 1971 init1: 1328 opt: 1957 Z-score: 1682.4 bits: 320.4 E(): 1.5e-88 Smith-Waterman score: 1957; 71.835% identity (72.021% ungapped) in 387 aa overlap (66-452:23-408) 40 50 60 70 80 90 mKIAA4 PSRSRRLRARRLAGSGLKMDEGGGGEGGSVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLK : .:: : .:: .:. ..:.:..::..:: mFLJ00 AGKASSWATFPLGFRMDVCHTDPAELSSGEAKELQQIKWHRKQLLEDIQKLK 10 20 30 40 50 100 110 120 130 140 150 mKIAA4 YEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVA :::.:...:: . :.:::. .:..:.. .:::::::::.::::.:::. :: :. .:.: mFLJ00 DEIADVFAQIDCFESTEESRMAQKEKEMCIGRKKFNMDPNKGIQYLIEHKLLTSDVQDIA 60 70 80 90 100 110 160 170 180 190 200 210 mKIAA4 QFLYKGEGLNKTVIGDYLGERDDFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEA ::::::.:::::.:: ::::.: .:..::::::. ::::.:::::::::::::::::::: mFLJ00 QFLYKGDGLNKTAIGTYLGEKDPINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEA 120 130 140 150 160 170 220 230 240 250 260 270 mKIAA4 QKIDRMMEAFASRYCLCNPGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFITMN :::::::::::.::::::::::.::::::::::..:::::.::: ::::.: :::.::: mFLJ00 QKIDRMMEAFAARYCLCNPGVFRSTDTCYVLSFSVIMLNTGLHNPNVRDRPPFERFVTMN 180 190 200 210 220 230 280 290 300 310 320 330 mKIAA4 RGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKTW :::: :.::::: ::::..:::.:::.::::::.:::::::::::::::::::: ::::: mFLJ00 RGINSGSDLPEEQLRNLFDSIKSEPFSIPEDDGGDLTHTFFNPDREGWLLKLGG-RVKTW 240 250 260 270 280 290 340 350 360 370 380 390 mKIAA4 KRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKA ::::::::::::::::.::::::::::::::::...::::.:: :.:::::: .:: ::: mFLJ00 KRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPRGIIPLENLSVQKVEDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKA 300 310 320 330 340 350 400 410 420 430 440 450 mKIAA4 CKTEADGRVVEGNHVVYRISAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK :::..::.::::.: ::::: . ::...:...:.:::.: ::::.:..::..:..: mFLJ00 CKTDGDGKVVEGKHESYRISAANAEERDQWIEAIRASITRVPFYDLLSARKKKIVGK 360 370 380 390 400 >>mKIAA0763 ( 530 res) mbp04234 (530 aa) initn: 549 init1: 206 opt: 530 Z-score: 461.9 bits: 94.9 E(): 1.4e-20 Smith-Waterman score: 530; 41.709% identity (43.005% ungapped) in 199 aa overlap (114-306:86-284) 90 100 110 120 130 140 mKIAA4 KKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIE :. . :... .: . :: :.::::.::: mKIAA0 SSSRDSLREQTLSKQTYHKETRNSWDSPAFSNDVIRKRHYRIGLNLFNKKPEKGIQYLIE 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 200 mKIAA4 NDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYLGERD-DFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQAL .. ..: ::.:: . .::.. .::..::.:. .:: ::. :. .:. ..: .:: mKIAA0 RGFVPDTPVGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRDVLDCVVDEMDFSAMELDEAL 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 mKIAA4 RQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCNPGV---FQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHN :.: .:. :::::..:..:::..:::.::::: :.. :: ..:.::::.:::.... mKIAA0 RKFQAHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCVCNPGVVRQFRNPDTIFILAFAIILLNTDMYS 180 190 200 210 220 230 260 270 280 290 300 310 mKIAA4 HNVRD--KPTAERFITMNRGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFN ::. : : :. ::...: :.:.: : ..:: :... .: :: mKIAA0 PNVKPERKMKLEDFVKNLRGVDDGEDIPRETLIGIYERIRKRELKTNEDHVSQVQKVEKL 240 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370 mKIAA4 PDREGWLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRK mKIAA0 IVGKKPIGSLHHGLGCVLSLPHRRLVCYCRLFQVPDPNKPQKLGLHQREIFLFNDLLVVT 300 310 320 330 340 350 >>mKIAA1110 ( 911 res) mbg05269 (911 aa) initn: 509 init1: 207 opt: 528 Z-score: 457.7 bits: 94.9 E(): 2.4e-20 Smith-Waterman score: 528; 41.206% identity (42.487% ungapped) in 199 aa overlap (114-306:366-564) 90 100 110 120 130 140 mKIAA4 KKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIE : : :.. .: . ::..: ::::::: mKIAA1 AASKEALQAVILSLPRYHCENPASCRSPTLSTDTLRKRLYRIGLNLFNINPDKGIQFLIS 340 350 360 370 380 390 150 160 170 180 190 200 mKIAA4 NDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYLGE-RDDFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQAL .. ..: ::.:: . .::.. .::..::. . .:: ::. :. .:....: .:: mKIAA1 RGFIPDTPIGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSKKQFNRDVLDCVVDEMDFSNMELDEAL 400 410 420 430 440 450 210 220 230 240 250 mKIAA4 RQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCNPGV---FQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHN :.: .:. :::::..:..:::..:::.::: : :.. :: ..:.::::.:::.... mKIAA1 RKFQAHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCMCNPEVVQQFHNPDTIFILAFAIILLNTDMYS 460 470 480 490 500 510 260 270 280 290 300 310 mKIAA4 HNVRD--KPTAERFITMNRGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFN :.. : : :: ::...:.:.:.::. ..:: :... .: :: mKIAA1 PNIKPDRKMMLEDFIRNLRGVDDGADIPRELVVGIYERIQQKELKSNEDHVTYVTKVEKS 520 530 540 550 560 570 320 330 340 350 360 370 mKIAA4 PDREGWLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRK mKIAA1 IVGMKTVLSMPHRRLVCCSRLFEVTDVNKLQKQAAHQREVFLFNDLLVILKLCPKKKSSF 580 590 600 610 620 630 >>mKIAA0248 ( 1803 res) mbg12530 (1803 aa) initn: 336 init1: 310 opt: 493 Z-score: 424.8 bits: 89.8 E(): 1.6e-18 Smith-Waterman score: 493; 42.268% identity (44.324% ungapped) in 194 aa overlap (119-306:645-835) 90 100 110 120 130 140 mKIAA4 DDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQ ..: . : ..::. :::::::: :. :: mKIAA0 DSGADKKFTRKPPRFSCLLPDPRELIEIKNKKKLLITGTEQFNQKPKKGIQFLQEKGLL- 620 630 640 650 660 670 150 160 170 180 190 200 mKIAA4 SSPED---VAQFLYKGEGLNKTVIGDYLGERDDFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQF . : : :::.: .. :.: .::.....: :. .:..:: : : : .::: . mKIAA0 TIPMDNTEVAQWLRENPRLDKKMIGEFVSDRK--NMDLLESFVSTFSFQGLRLDEALRLY 680 690 700 710 720 730 210 220 230 240 250 260 mKIAA4 LWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCNPGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDK : .::::::: : :..:.:. .. :: . : ..:.:..:..:.:::::. :::::: . mKIAA0 LEAFRLPGEAPVIHRLLEVFTEHWRSCNGSPFANSDACFALAYAVIMLNTDQHNHNVRKQ 740 750 760 770 780 790 270 280 290 300 310 320 mKIAA4 --P-TAERFITMNRGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREG : : :.: .:.: : :. ...:...:..:::: . .::.. mKIAA0 NAPMTLEEFRKNLKGVNGGKDFEQDILEDMYHAIKNEEIVMPEEQTGLVRENYVWSVLLH 800 810 820 830 840 850 330 340 350 360 370 380 mKIAA4 WLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFE mKIAA0 RGASPEGVFLRVPPGSYDLDLFTMTWGPTIAALSYVFDKSLEETIIQKAISGFRKCAMIS 860 870 880 890 900 910 >>mKIAA2011 ( 771 res) mfj31262 (771 aa) initn: 411 init1: 378 opt: 378 Z-score: 330.3 bits: 71.1 E(): 3e-13 Smith-Waterman score: 379; 29.085% identity (33.333% ungapped) in 306 aa overlap (5-307:192-461) 10 20 30 mKIAA4 GSARPSVEARPRPGPRTLRS-SPVLPATTSLSPG : ::: : . .:. : . . : . mKIAA2 AKGTSYSSLASLEALASPGPTQSPFFTFEMPPQPPAPRPDPPAPAPLAPLEPDSGTSSAA 170 180 190 200 210 220 40 50 60 70 80 90 mKIAA4 DQPSRSRRLRARRLAGSGLKMDEGGGGEGGSVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIER : : .:: ...:. .: .: :.:: . . . . mKIAA2 DGPWTQRR-----------EVEESDAGA--------TLAPRKELPSPSHSEDSFGLGAAP 230 240 250 260 100 110 120 130 140 150 mKIAA4 LKYE--IAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSP : : ....... :. : .:.: .:.: . .:. :: . mKIAA2 LGSEPPLSQLVSDSDS-----ELDSTER---LALGSTDTLSNGQKA-------DL--EAA 270 280 290 300 160 170 180 190 200 210 mKIAA4 EDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYLGERDDFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRL . .:. ::. .:. :. .. .::. .::. : .... :. ..: :::: :: . : mKIAA2 QRLAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNNDFSKLVAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELAL 310 320 330 340 350 360 220 230 240 250 260 270 mKIAA4 PGEAQKIDRMMEAFASRYCLCNPGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERF ::.:. .:.. :..:: ::: ...: : ..:. :...:::.::.::. . : : mKIAA2 MGETQERERVLAHFSQRYFQCNPEALSSEDGAHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGDF 370 380 390 400 410 420 280 290 300 310 320 330 mKIAA4 ITMNRGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGR : .:.:.:::.:.:::. :: ::::: .. :. mKIAA2 IGNLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQWAIDEEELRRSLSELADPNPKVIKRVSGG 430 440 450 460 470 480 340 350 360 370 380 390 mKIAA4 VKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQ mKIAA2 SGSSSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHADPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMILYLQ 490 500 510 520 530 540 >>mKIAA0522 ( 646 res) mbp09103 (646 aa) initn: 279 init1: 137 opt: 284 Z-score: 250.8 bits: 56.1 E(): 8e-09 Smith-Waterman score: 284; 40.196% identity (42.268% ungapped) in 102 aa overlap (210-306:3-104) 180 190 200 210 220 230 mKIAA4 NIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCNPGV--- :. :::::..:..:::..:::.:::.. mKIAA0 LIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCVCNPALVRQ 10 20 30 240 250 260 270 280 290 mKIAA4 FQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRD--KPTAERFITMNRGINEGGDLPEELLRNLYE :.. :: ..:.::::.:::.... .:. : . :: ::...: :.:..:: ..:. mKIAA0 FRNPDTIFILAFAIILLNTDMYSPSVKAERKMKLDDFIKNLRGVDNGEDIPRDLLVGIYQ 40 50 60 70 80 90 300 310 320 330 340 350 mKIAA4 SIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT :... .. .: mKIAA0 RIQGRELRTNDDHVSQVQAVERMIVGKKPVLSLPHRRLVCCCQLYEVPDPNRPQRLGLHQ 100 110 120 130 140 150 >>mKIAA0969 ( 1106 res) mic02056 (1106 aa) initn: 236 init1: 157 opt: 196 Z-score: 173.2 bits: 42.6 E(): 0.00017 Smith-Waterman score: 196; 30.579% identity (33.333% ungapped) in 121 aa overlap (317-429:92-210) 290 300 310 320 330 340 mKIAA4 ELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPD----REGWLLKLGGGRVKTWKRRWFIL ::. . ::: : ... :: :..:::.: mKIAA0 EVPPERPNIRATRTSRKAIAFGKRAHSMKRNPNAPVTKAGWLYKQASSGVKQWNKRWFVL 70 80 90 100 110 120 350 360 370 380 390 mKIAA4 TDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVE---DPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTE .: ::.:.. .. : ::: .. . :. . . . :.. : . : .:. mKIAA0 VDRCLFYYKDEKQESILGSIPLLSFRVAAVQPSDNISRKHTFKV--TVHWVDEAGASSTH 130 140 150 160 170 400 410 420 430 440 450 mKIAA4 ADGRVVEGNHV-VYRISAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK . .: : .: .:: ::::.: :.... mKIAA0 CLSPQAEHAGVRTYFFSAESPEEQEAWIQAMGEAARVQIPPAQKSVPQPVRHSLEKPDSE 180 190 200 210 220 230 mKIAA0 NIPPSKHHQQPPHNNLTKLEPEAKTRGEGDGRGCEKAERRPERPEVKKETLVKANGLPSG 240 250 260 270 280 290 453 residues in 1 query sequences 1768564 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 11:06:13 2006 done: Mon Mar 27 11:06:14 2006 Scan time: 0.690 Display time: 0.120 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]