# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj10160.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0618.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0618, 971 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7892446 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6231+/-0.000217; mu= 2.8901+/- 0.012 mean_var=201.4965+/-38.008, 0's: 28 Z-trim: 126 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.090353 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|51316481|sp|Q8K3Z9.2|PO121_MOUSE RecName: Full= (1200) 6231 825.8 0 gi|21591727|gb|AAM64199.1|AF516680_1 nuclear pore (1199) 6209 822.9 0 gi|1709213|sp|P52591.1|PO121_RAT RecName: Full=Nuc (1199) 5661 751.5 5.6e-214 gi|149063047|gb|EDM13370.1| nuclear pore membrane (1199) 5658 751.1 7.3e-214 gi|109066273|ref|XP_001110084.1| PREDICTED: nuclea (1083) 3135 422.2 6.8e-115 gi|109066269|ref|XP_001110260.1| PREDICTED: nuclea (1225) 3135 422.2 7.5e-115 gi|194678652|ref|XP_596969.4| PREDICTED: similar t (1216) 3104 418.2 1.2e-113 gi|205829302|sp|Q96HA1.2|P121A_HUMAN RecName: Full (1249) 3090 416.4 4.4e-113 gi|205829304|sp|A8CG34.2|P121C_HUMAN RecName: Full (1229) 3071 413.9 2.4e-112 gi|114614075|ref|XP_001154568.1| PREDICTED: nuclea (1229) 3006 405.4 8.6e-110 gi|14250658|gb|AAH08794.1| POM121 membrane glycopr ( 984) 2814 380.3 2.5e-102 gi|158258533|dbj|BAF85237.1| unnamed protein produ ( 984) 2813 380.2 2.8e-102 gi|150378545|ref|NP_001092885.1| POM121 membrane g ( 987) 2809 379.6 4e-102 gi|114614077|ref|XP_519153.2| PREDICTED: nuclear p ( 987) 2731 369.5 4.6e-99 gi|114614073|ref|XP_001154106.1| PREDICTED: nuclea (1052) 2731 369.5 4.8e-99 gi|114613893|ref|XP_001144034.1| PREDICTED: nuclea (1049) 2692 364.4 1.6e-97 gi|114613891|ref|XP_001143439.1| PREDICTED: nuclea (1086) 2692 364.4 1.7e-97 gi|114613887|ref|XP_001144107.1| PREDICTED: nuclea (1228) 2692 364.5 1.8e-97 gi|73957770|ref|XP_546930.2| PREDICTED: similar to ( 890) 2475 336.0 4.7e-89 gi|109066271|ref|XP_001110178.1| PREDICTED: nuclea (1043) 2475 336.1 5.3e-89 gi|114613895|ref|XP_001143971.1| PREDICTED: nuclea ( 986) 2416 328.4 1e-86 gi|126314514|ref|XP_001379116.1| PREDICTED: simila (1337) 2223 303.4 4.8e-79 gi|194375704|dbj|BAG57196.1| unnamed protein produ ( 859) 2099 287.0 2.6e-74 gi|119577923|gb|EAW57519.1| hCG1998564, isoform CR ( 405) 2060 281.6 5.3e-73 gi|119577924|gb|EAW57520.1| hCG1998564, isoform CR ( 617) 2060 281.8 7.1e-73 gi|114614079|ref|XP_001154336.1| PREDICTED: nuclea ( 859) 2025 277.4 2.1e-71 gi|205829303|sp|A6NF01.2|P121B_HUMAN RecName: Full ( 834) 1960 268.9 7.3e-69 gi|114613897|ref|XP_001143734.1| PREDICTED: nuclea ( 859) 1691 233.8 2.7e-58 gi|189524475|ref|XP_696713.3| PREDICTED: POM121 me (1201) 1516 211.2 2.5e-51 gi|149436865|ref|XP_001514514.1| PREDICTED: simila ( 686) 1418 198.1 1.2e-47 gi|47221399|emb|CAF97317.1| unnamed protein produc ( 715) 1118 159.1 7.2e-36 gi|157888824|dbj|BAF80888.1| nuclear pore membrane ( 398) 1097 156.1 3.2e-35 gi|194373461|dbj|BAG56826.1| unnamed protein produ ( 375) 1061 151.3 8e-34 gi|47221400|emb|CAF97318.1| unnamed protein produc ( 487) 985 141.6 9.2e-31 gi|38014361|gb|AAH01518.2| POM121 protein [Homo sa ( 326) 968 139.2 3.2e-30 gi|118100010|ref|XP_415711.2| PREDICTED: similar t ( 809) 966 139.3 7.2e-30 gi|119577922|gb|EAW57518.1| hCG1998564, isoform CR ( 208) 929 133.9 8e-29 gi|10434013|dbj|BAB14097.1| unnamed protein produc ( 523) 903 130.9 1.6e-27 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 854 125.5 5.7e-25 gi|70905643|gb|AAZ14282.1| proteophosphoglycan ppg (2425) 837 123.0 1.8e-24 gi|134073236|emb|CAM71958.1| proteophosphoglycan p (5967) 842 124.0 2.1e-24 gi|70905642|gb|AAZ14281.1| proteophosphoglycan 5 [ (17392) 843 124.6 4e-24 gi|70905641|gb|AAZ14280.1| proteophosphoglycan ppg (7194) 812 120.2 3.6e-23 gi|194677797|ref|XP_001789044.1| PREDICTED: simila ( 918) 796 117.2 3.7e-23 gi|194223113|ref|XP_001495134.2| PREDICTED: simila (1109) 783 115.6 1.4e-22 gi|119623495|gb|EAX03090.1| hCG1647683 [Homo sapie ( 971) 734 109.1 1e-20 gi|74751990|sp|Q96KW2.1|PO122_HUMAN RecName: Full= ( 971) 733 109.0 1.1e-20 gi|169168655|ref|XP_001715527.1| PREDICTED: simila (1151) 734 109.2 1.2e-20 gi|169168970|ref|XP_001718868.1| PREDICTED: simila ( 971) 732 108.9 1.2e-20 gi|169169601|ref|XP_001717755.1| PREDICTED: POM121 (1151) 733 109.1 1.3e-20 >>gi|51316481|sp|Q8K3Z9.2|PO121_MOUSE RecName: Full=Nucl (1200 aa) initn: 6237 init1: 4124 opt: 6231 Z-score: 4399.5 bits: 825.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 6231; 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