FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0076.ptfa, 1508 aa vs ./tmplib.26680 library 1767509 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6164+/-0.00522; mu= 15.7259+/- 0.349 mean_var=123.9175+/-28.009, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 5 in 1/35 Lambda= 0.1152 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0708 ( 2228 res) mbg06040 (2228) 3133 533 1.9e-151 mKIAA4122 ( 790 res) mbg19439a ( 790) 167 40 0.0025 >>mKIAA0708 ( 2228 res) mbg06040 (2228 aa) initn: 4406 init1: 2180 opt: 3133 Z-score: 2811.4 bits: 533.5 E(): 1.9e-151 Smith-Waterman score: 4103; 44.464% identity (58.535% ungapped) in 1743 aa overlap (106-1496:9-1684) 80 90 100 110 120 130 mKIAA0 HVTFLLDRLNGDAGDQGAQNNFIPEELNVGRGRLELEFSMAMGTLISELVQAMRWDGASS :.. :::::::.:.::::::..: : : mKIAA0 PCLTKEKSRAQQELEFSMAVGNLISELVRSMGWARNLS 10 20 30 140 150 160 170 180 mKIAA0 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. . .:::::::::..: .:::..:..::::.::.::::::: ..:::.:.:: ::: mKIAA0 SQTHEEFLWLIPPQTYLSVEKDEGRTLEQKRNLLSCLLVRILKAHREKGLHIDQLVCLVL 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1410 1420 1430 1440 1450 1460 mKIAA0 EAWEKGPCPARGLVSSLGRGATCRSSDVLSCILHLLVKGTLRRHDDRPQVLYYAVPVTVM :::.::: : : .. . :..: :.:::::::::: .: ..:.:::::::.::.: mKIAA0 EAWQKGPDPPGRLGNAAAVGVACSSTDVLSCILHLLGQGYVERRDDRPQVLMYATP---- 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1470 1480 1490 1500 mKIAA0 EPHMESLNPGSAGPNPPLTFHTLQIRSRGVPYASCTDNHTFSTFR :: ..: . . :. . :: : : mKIAA0 EP----MGPCRGQADVPFCGNKNTETSRPSPEAVVALASLQLPAGRTMSPQEVEGLMEQT 1660 1670 1680 1690 1700 1710 mKIAA0 VRQVQETLNLEPDVAQHLLAHSHWGTEQLLQSYSDDPEPLLLAAGLRVPQAQVVPTRPDQ 1720 1730 1740 1750 1760 1770 >>mKIAA4122 ( 790 res) mbg19439a (790 aa) initn: 82 init1: 82 opt: 167 Z-score: 152.2 bits: 39.9 E(): 0.0025 Smith-Waterman score: 181; 22.622% identity (26.667% ungapped) in 389 aa overlap (1040-1386:363-734) 1010 1020 1030 1040 1050 1060 mKIAA0 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