# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj09377.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0076.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0076, 1508 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919263 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3109+/-0.000187; mu= 15.1475+/- 0.010 mean_var=81.5051+/-15.735, 0's: 34 Z-trim: 40 B-trim: 13 in 1/65 Lambda= 0.142063 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|122065164|sp|Q8VE73.2|CUL7_MOUSE RecName: Full= (1689) 10117 2084.4 0 gi|74151204|dbj|BAE27723.1| unnamed protein produc (1689) 10094 2079.7 0 gi|109485719|ref|XP_001056401.1| PREDICTED: simila (1696) 8934 1842.0 0 gi|149069395|gb|EDM18836.1| rCG64568 [Rattus norve (1698) 8931 1841.4 0 gi|119915253|ref|XP_580700.3| PREDICTED: cullin 7 (1696) 7067 1459.3 0 gi|109485723|ref|XP_001056459.1| PREDICTED: simila (1681) 6866 1418.1 0 gi|18043941|gb|AAH19645.1| Cul7 protein [Mus muscu ( 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(1689 aa) initn: 10094 init1: 10094 opt: 10094 Z-score: 11170.3 bits: 2079.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 10094; 99.801% identity (99.867% similar) in 1508 aa overlap (1-1508:182-1689) 10 20 30 mKIAA0 MIQALSSHDAGTRTQILLSLSQQEAIEKHL :::::::::::::::::::::::::::::: gi|741 TGIFKDRRVVNLLMHMLSSPDYQIRWSAGRMIQALSSHDAGTRTQILLSLSQQEAIEKHL 160 170 180 190 200 210 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 DFDSRCALLALFAQATLTEHPMSFEGVQLPQVPGRLLFSLVKRYLHVTFLLDRLNGDAGD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|741 DFDSRCALLALFAQATLTEHPMSFEGVQLPQVPGRLLFSLVKRYLHVTFLLDRLNGDAGD 220 230 240 250 260 270 100 110 120 130 140 150 mKIAA0 QGAQNNFIPEELNVGRGRLELEFSMAMGTLISELVQAMRWDGASSRPESSSSSTFQPRPA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|741 QGAQNNFIPEELNVGRGRLELEFSMAMGTLISELVQAMRWDGASSRPESSSSSTFQPRPA 280 290 300 310 320 330 160 170 180 190 200 210 mKIAA0 QFRPYTQRFRRSRRFRPRASFASFNTYALYVRDTLRPGMRVRMLENYEEIAAGDEGQFRQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|741 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