# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj09031.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0888.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0888, 689 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7915848 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0654+/-0.000193; mu= 8.5714+/- 0.011 mean_var=97.7457+/-18.424, 0's: 25 Z-trim: 47 B-trim: 3 in 1/65 Lambda= 0.129726 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|54038397|gb|AAH84589.1| B230112C05Rik protein [ ( 682) 4345 823.8 0 gi|109465947|ref|XP_001069116.1| PREDICTED: hypoth ( 908) 3869 734.9 3e-209 gi|109464286|ref|XP_226706.4| PREDICTED: hypotheti ( 664) 3567 678.2 2.5e-192 gi|109077682|ref|XP_001099174.1| PREDICTED: hypoth ( 815) 3523 670.1 8.7e-190 gi|73950305|ref|XP_544374.2| PREDICTED: similar to ( 670) 3468 659.7 9.3e-187 gi|158261031|dbj|BAF82693.1| unnamed protein produ ( 670) 3460 658.2 2.6e-186 gi|76646134|ref|XP_597523.2| PREDICTED: hypothetic ( 670) 3402 647.4 4.9e-183 gi|149408561|ref|XP_001513553.1| PREDICTED: simila ( 667) 2698 515.6 2.2e-143 gi|149059120|gb|EDM10127.1| hypothetical LOC310013 ( 456) 2411 461.8 2.5e-127 gi|224091421|ref|XP_002187395.1| PREDICTED: hypoth ( 664) 2042 392.8 2e-106 gi|126320632|ref|XP_001368363.1| PREDICTED: simila ( 750) 1878 362.2 3.9e-97 gi|195539698|gb|AAI68131.1| Unknown (protein for I ( 715) 1406 273.8 1.5e-70 gi|10434686|dbj|BAB14344.1| unnamed protein produc ( 244) 1091 214.5 3.5e-53 gi|189533777|ref|XP_001919339.1| PREDICTED: hypoth ( 826) 1081 213.0 3.3e-52 gi|60416157|gb|AAH90800.1| LOC553309 protein [Dani ( 371) 1026 202.5 2.2e-49 gi|112418810|gb|AAI22107.1| Zgc:152970 [Danio reri ( 408) 949 188.1 5.2e-45 gi|47213282|emb|CAF92134.1| unnamed protein produc ( 260) 933 185.0 2.9e-44 gi|118095939|ref|XP_413882.2| PREDICTED: hypotheti ( 277) 721 145.3 2.7e-32 gi|34365213|emb|CAE45948.1| hypothetical protein [ ( 141) 693 139.9 6e-31 gi|210109129|gb|EEA57009.1| hypothetical protein B ( 869) 704 142.5 6e-31 gi|81878137|sp|Q8CHT6.1|F169B_MOUSE RecName: Full= ( 337) 674 136.6 1.4e-29 gi|109458900|ref|XP_001059420.1| PREDICTED: hypoth ( 341) 667 135.3 3.5e-29 gi|126277158|ref|XP_001372604.1| PREDICTED: hypoth ( 385) 621 126.7 1.5e-26 gi|224062725|ref|XP_002197867.1| PREDICTED: hypoth ( 307) 616 125.7 2.4e-26 gi|68390329|ref|XP_686931.1| PREDICTED: si:ch211-2 ( 353) 615 125.6 3.1e-26 gi|152013100|gb|AAI50410.1| Si:ch211-200o3.2 prote ( 344) 611 124.8 5.1e-26 gi|94733197|emb|CAK04385.1| novel protein [Danio r ( 220) 580 118.9 2e-24 gi|194676770|ref|XP_001250286.2| PREDICTED: simila ( 247) 505 104.9 3.7e-20 gi|149057153|gb|EDM08476.1| rCG24812 [Rattus norve ( 223) 452 94.9 3.3e-17 gi|114659206|ref|XP_001140789.1| PREDICTED: hypoth ( 253) 442 93.1 1.3e-16 gi|156227392|gb|EDO48196.1| predicted protein [Nem ( 188) 421 89.1 1.6e-15 gi|149410823|ref|XP_001508836.1| PREDICTED: simila ( 372) 399 85.2 4.7e-14 gi|73951261|ref|XP_850139.1| PREDICTED: hypothetic ( 363) 378 81.2 7.1e-13 gi|74729396|sp|Q8N8A8.1|F169B_HUMAN RecName: Full= ( 192) 362 78.0 3.4e-12 gi|148922028|gb|AAI46359.1| Family with sequence s ( 192) 357 77.1 6.5e-12 gi|119622623|gb|EAX02218.1| hCG1796070 [Homo sapie ( 165) 328 71.6 2.5e-10 gi|74151133|dbj|BAE27690.1| unnamed protein produc ( 701) 242 56.0 5.4e-05 gi|86198329|ref|NP_001034441.1| nucleolar and coil ( 702) 242 56.0 5.5e-05 gi|167869467|gb|EDS32850.1| conserved hypothetical ( 736) 237 55.0 0.00011 gi|73951259|ref|XP_850128.1| PREDICTED: hypothetic ( 182) 228 52.9 0.00012 gi|109090391|ref|XP_001111981.1| PREDICTED: simila ( 666) 233 54.3 0.00017 gi|109090387|ref|XP_001112196.1| PREDICTED: simila ( 701) 233 54.3 0.00018 gi|194111204|gb|EDW33247.1| GL24700 [Drosophila pe (1665) 234 54.7 0.0003 gi|198150719|gb|EAL29841.2| GA16846 [Drosophila ps (1658) 230 54.0 0.00051 gi|145009749|gb|EDJ94405.1| hypothetical protein M ( 728) 225 52.8 0.00051 gi|167879928|gb|EDS43311.1| conserved hypothetical (1182) 227 53.3 0.00058 gi|21700195|dbj|BAC02896.1| tobacco nucleolin [Nic ( 620) 221 52.0 0.00075 gi|60099101|emb|CAH65381.1| hypothetical protein [ ( 913) 223 52.5 0.00079 gi|189524551|ref|XP_684139.3| PREDICTED: hypotheti (1907) 224 52.9 0.0012 gi|149063329|gb|EDM13652.1| rCG21620 [Rattus norve (1091) 218 51.6 0.0017 >>gi|54038397|gb|AAH84589.1| B230112C05Rik protein [Mus (682 aa) initn: 4338 init1: 4338 opt: 4345 Z-score: 4396.1 bits: 823.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 4345; 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