# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj07190.fasta.nr -Q ../query/mKIAA3024.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA3024, 898 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7909997 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1595+/-0.000185; mu= 13.8149+/- 0.010 mean_var=76.0352+/-14.807, 0's: 38 Z-trim: 98 B-trim: 8 in 1/65 Lambda= 0.147085 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|55976372|sp|Q69Z26.2|CNTN4_MOUSE RecName: Full= (1026) 5985 1280.1 0 gi|55976164|sp|Q62845.1|CNTN4_RAT RecName: Full=Co (1026) 5907 1263.6 0 gi|55976529|sp|Q8IWV2.1|CNTN4_HUMAN RecName: Full= (1026) 5803 1241.5 0 gi|114585181|ref|XP_001138274.1| PREDICTED: contac (1026) 5777 1236.0 0 gi|194221125|ref|XP_001915937.1| PREDICTED: contac (1026) 5772 1234.9 0 gi|109035921|ref|XP_001101217.1| PREDICTED: simila (1021) 5741 1228.4 0 gi|194677252|ref|XP_600040.4| PREDICTED: similar t (1026) 5728 1225.6 0 gi|118097058|ref|XP_414435.2| PREDICTED: similar t (1029) 5294 1133.5 0 gi|224066637|ref|XP_002186936.1| PREDICTED: contac (1100) 5246 1123.3 0 gi|119584281|gb|EAW63877.1| contactin 4, isoform C ( 807) 5182 1109.7 0 gi|193783587|dbj|BAG53498.1| unnamed protein produ ( 807) 5176 1108.4 0 gi|197246317|gb|AAI68488.1| Unknown (protein for M (1028) 4837 1036.5 0 gi|47940323|gb|AAH72368.1| MGC84491 protein [Xenop (1028) 4770 1022.3 0 gi|119584278|gb|EAW63874.1| contactin 4, isoform C ( 698) 4479 960.4 0 gi|193787073|dbj|BAG51896.1| unnamed protein produ ( 698) 4468 958.1 0 gi|19913548|gb|AAH26119.1| Contactin 4 [Homo sapie ( 697) 4460 956.4 0 gi|114585191|ref|XP_001137939.1| PREDICTED: contac ( 697) 4434 950.9 0 gi|109035927|ref|XP_001101132.1| PREDICTED: simila ( 692) 4398 943.2 0 gi|126336353|ref|XP_001373638.1| PREDICTED: simila (1051) 4232 908.2 0 gi|114587896|ref|XP_001143126.1| PREDICTED: contac (1029) 4189 899.0 0 gi|149728474|ref|XP_001493497.1| PREDICTED: simila (1026) 4184 898.0 0 gi|223462499|gb|AAI50609.1| Contactin 3 (plasmacyt (1028) 4175 896.1 0 gi|119585939|gb|EAW65535.1| contactin 3 (plasmacyt ( 901) 4171 895.2 0 gi|168275494|dbj|BAG10467.1| contactin-3 precursor (1028) 4171 895.2 0 gi|55976612|sp|Q9P232.2|CNTN3_HUMAN RecName: Full= (1028) 4171 895.2 0 gi|73985061|ref|XP_533761.2| PREDICTED: similar to (1027) 4169 894.8 0 gi|114587898|ref|XP_001143207.1| PREDICTED: contac (1029) 4168 894.6 0 gi|114587894|ref|XP_526232.2| PREDICTED: contactin (1028) 4167 894.4 0 gi|109035942|ref|XP_001101862.1| PREDICTED: simila (1028) 4165 893.9 0 gi|146327723|gb|AAI41427.1| Contactin 3 [synthetic (1028) 4163 893.5 0 gi|55976163|sp|Q62682.1|CNTN3_RAT RecName: Full=Co (1028) 4161 893.1 0 gi|55976290|sp|Q07409.1|CNTN3_MOUSE RecName: Full= (1028) 4140 888.6 0 gi|115313841|gb|AAI24395.1| Zgc:153573 [Danio reri (1028) 4118 884.0 0 gi|118097101|ref|XP_414433.2| PREDICTED: similar t ( 888) 4108 881.8 0 gi|224066627|ref|XP_002186724.1| PREDICTED: contac ( 923) 4042 867.8 0 gi|220679059|emb|CAX13941.1| novel protein similar ( 998) 3880 833.4 0 gi|189535801|ref|XP_697914.3| PREDICTED: similar t ( 999) 3880 833.4 0 gi|109035936|ref|XP_001101588.1| PREDICTED: contac (1024) 3869 831.1 0 gi|109035933|ref|XP_001101681.1| PREDICTED: contac (1029) 3869 831.1 0 gi|55976622|sp|Q9UQ52.1|CNTN6_HUMAN RecName: Full= (1028) 3865 830.3 0 gi|55731108|emb|CAH92269.1| hypothetical protein [ (1028) 3861 829.4 0 gi|194378322|dbj|BAG57911.1| unnamed protein produ ( 956) 3860 829.2 0 gi|114585170|ref|XP_516244.2| PREDICTED: contactin (1028) 3851 827.3 0 gi|73984812|ref|XP_541801.2| PREDICTED: similar to (1029) 3851 827.3 0 gi|114585172|ref|XP_001137194.1| PREDICTED: contac (1059) 3851 827.3 0 gi|148666975|gb|EDK99391.1| contactin 6, isoform C (1028) 3842 825.4 0 gi|148666976|gb|EDK99392.1| contactin 6, isoform C (1033) 3842 825.4 0 gi|7209914|dbj|BAA92367.1| neural recognition mole (1028) 3838 824.5 0 gi|55976601|sp|Q9JMB8.2|CNTN6_MOUSE RecName: Full= (1028) 3837 824.3 0 gi|73984810|ref|XP_862969.1| PREDICTED: similar to (1029) 3837 824.3 0 >>gi|55976372|sp|Q69Z26.2|CNTN4_MOUSE RecName: Full=Cont (1026 aa) initn: 5985 init1: 5985 opt: 5985 Z-score: 6856.8 bits: 1280.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 5985; 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