# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj06060.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1413.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1413, 1512 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7915624 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3067+/-0.000195; mu= 10.8595+/- 0.011 mean_var=113.1383+/-21.708, 0's: 33 Z-trim: 47 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.120578 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|162317816|gb|AAI56352.1| NEDD4 binding protein (1678) 9995 1750.8 0 gi|148705808|gb|EDL37755.1| Bcl3 binding protein [ (1755) 9936 1740.5 0 gi|109499684|ref|XP_223405.4| PREDICTED: similar t (1745) 8516 1493.5 0 gi|149253962|ref|XP_001474752.1| PREDICTED: simila (1235) 6757 1187.4 0 gi|26339444|dbj|BAC33393.1| unnamed protein produc ( 836) 5688 1001.3 0 gi|149035348|gb|EDL90052.1| rCG57064 [Rattus norve ( 864) 3970 702.5 3.6e-199 gi|194667823|ref|XP_587938.4| PREDICTED: similar t (1767) 3363 597.1 3.8e-167 gi|119613364|gb|EAW92958.1| Nedd4 binding protein (1722) 3356 595.9 8.6e-167 gi|145559498|sp|Q86UW6.2|N4BP2_HUMAN RecName: Full (1770) 3356 595.9 8.8e-167 gi|190192198|dbj|BAG48313.1| Nedd4 binding protein (1690) 3355 595.7 9.6e-167 gi|119613365|gb|EAW92959.1| Nedd4 binding protein (1753) 3355 595.7 9.9e-167 gi|119613363|gb|EAW92957.1| Nedd4 binding protein (1770) 3355 595.7 9.9e-167 gi|30349719|gb|AAP22172.1| BCL-3 binding protein [ (1770) 3351 595.0 1.6e-166 gi|116497241|gb|AAI26467.1| NEDD4 binding protein (1770) 3349 594.7 2e-166 gi|114593668|ref|XP_001143049.1| PREDICTED: Nedd4 (1753) 3338 592.8 7.7e-166 gi|114593666|ref|XP_526557.2| PREDICTED: Nedd4 bin (1770) 3338 592.8 7.7e-166 gi|73951873|ref|XP_536248.2| PREDICTED: similar to (1772) 3331 591.5 1.8e-165 gi|149703039|ref|XP_001497798.1| PREDICTED: simila (1773) 3317 589.1 9.7e-165 gi|109074049|ref|XP_001093830.1| PREDICTED: simila (1753) 3246 576.8 5e-161 gi|109074047|ref|XP_001093946.1| PREDICTED: 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