FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0400.ptfa, 970 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768047 residues in 2168 sequences
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Lambda= 0.0524
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
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The best scores are: opt bits E(2168)
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20 30 40 50 60 70
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10 20 30
80 90 100 110 120 130
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::.:::.:.:.:.:::.: . ::.::::.::.:::..::::..:.:::.:.... . :
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40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
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::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::: ::::::::.:::::::
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100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
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::::::.:::::::::.::::::.:::::::::::::.::::::::::::....:: ::
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160 170 180 190 200 210
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220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
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mKIAA1 YGSEKKGFLLKKSDGIRKVWQRRKCAVKNGILTISHATSNRQPAKLNLLTCQVKPNAEDK
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
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: ::::::.:::::::::::. :.::: :::::::. ::.:...::::.. ..::: :
mKIAA1 KSFDLISHNRTYHFQAEDEQDYIAWISVLTNSKEEALTMAFRGEQSTGENSL-EDLTKAI
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
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: .:::. :::.:::::. .::::::::::::::::::::::.::: ::.::: :: :::
mKIAA1 IEDVQRLPGNDICCDCGSSEPTWLSTNLGILTCIECSGIHREMGVHISRIQSLELDKLGT
390 400 410 420 430 440
500 510 520 530 540 550
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450 460 470 480 490 500
560 570 580 590 600 610
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.:::. : ::.:.::...:.:.::.::.: : . : :.: :::::::::..:.::::.
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510 520 530 540 550 560
620 630 640 650 660 670
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570 580 590 600 610 620
680 690 700 710 720 730
mKIAA0 LKHEHCEELLTQALSGRFNSHVHVEYEWRLLHEDLDESDDDVDEKLQPSPNRREDRPVSF
:: .::.::.:: ::.:: :::::::: : ....::::::.:.: .: ..: :: ::
mKIAA1 LKATQCEDLLSQAKSGKFNPHVHVEYEWNLRQDEMDESDDDLDDKPSPIKKERSPRPQSF
630 640 650 660 670 680
740 750 760 770 780 790
mKIAA0 YQLGSSQFQSNAVSLARDTANLTKDKQR-GFGPSILQNETYGAILSGSPPSSQSIPPSTT
. .: . :.. :: . .:::: ..: . :. ... .: ..: : :
mKIAA1 CHSSSISPQDK---LALPGFSTPRDKQRLSYGA--FTNQIFAS-------TSTDLPTSPT
690 700 710 720 730
800 810
mKIAA0 S-APPLPPRNVGKDPL---------------TTT------PPPP----------------
: ::::::::.:: : ..: ::::
mKIAA1 SEAPPLPPRNAGKGPTGPPSTLPLGTQTSSGSSTLSKKRPPPPPPGHKRTLSDPPSPLPH
740 750 760 770 780 790
820 830
mKIAA0 ------------------VAKTSGTLEAMNQPSKSSQ-----------------------
.::.. .:...: ...:.
mKIAA1 GPPNKGAIPWGNDVGPSSSSKTANKFEGLSQQASTSSAKTALGPRVLPKLPQKVALRKTE
800 810 820 830 840 850
840 850
mKIAA0 -------------PGTSQS---------KPP--PLPPQP---------------PSRLPQ
: : :. ::: :::.: :..::
mKIAA1 TSHHLSLDRTNIPPETFQKSSQLTELPQKPPLGELPPKPVELAPKPQVGELPPKPGELPP
860 870 880 890 900 910
860 870 880 890
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: : : : : : : : : :. . :....: .:::.
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920 930 940 950 960 970
900 910 920
mKIAA0 ---------------------------------PMPRKSQATKSKPKRVKALYNCVADNP
:.::: .. :.: .:::..:.: :::
mKIAA1 GDLSPNVQSRDAIQKQASEDSNDLTPTLPETPVPLPRKINTGKNKVRRVKTIYDCQADND
980 990 1000 1010 1020 1030
930 940 950 960 970
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1040 1050 1060 1070
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20 30 40 50 60 70
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::.::. :: .. : :. : :: :.
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30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120 130
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.: : ..:. .... .. .: . ... ::: .:. . :... . :
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90 100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
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200 210 220 230 240 250
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:. . :. :. .:.:..: .. :. ..:........:. ::..: : :
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200 210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
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.. :...: . .:.:.. : .. ..::. : ::.:. ..
mKIAA0 YMKDLGAQLDRLVVDAAKEKREMEQKHST------IQQKDFSSDDSKLEYNV--------
260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
mKIAA0 GNKEHGTERNGNLYKKSDGIRKVWQKRKCSVKNGFLTISHGTANRPPAKL-NLLTCQVK-
. .: .: :.:.... :.:..: :..:. :. .. . : . . .: : ::
mKIAA0 -DAANGIVMEGYLFKRASNAFKTWNRRWFSIQNNQLVYQKKFKDSPTVVVEDLRLCTVKH
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420
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. :.. ::...: .. .::..:. : :....:.: : . :::..
mKIAA0 CEDIERRFCFEVVSPTKSCMLQADSEKLRQAWIKAVQTSIATAYRE--KGDESEKLDKKS
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470
mKIAA0 ---TGE----NNIVQELTK--EIISEVQRMTGNDVCCDCGAPDPTWLSTNLGILTCIECS
:: :. ..: : ...:: . :: ::::: :: : : :::: :::::
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420 430 440 450 460 470
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:::: ::::.:...:::::. : : ..:: .:...: : . ::.::. .
mKIAA0 GIHRSLGVHFSKVRSLTLDTWEPELLKLMCELGNDVINRVYEAKLEKMGVKKPQPGQRQ-
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570
mKIAA0 ARKDYITAKYMERRYARKKHADTAAK------LHSLCE-------------AVKTRDIFG
.. :: :::.::... : : . . . . :: ::. : :
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540 550 560 570 580 590
580 590 600
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. : :: . . ::. .::. :... ::
mKIAA0 IQQCSEDGRESLPSTVSANSLYEPEGERQESSVFLDSKHLNPGLQLYRASYEKNLPKMAE
600 610 620 630 640 650
610 620 630 640
mKIAA0 ---------------------VRSVDRTSLHIVDFLVQNSGNLDKQTGKGSTALHYCCLT
...: :: .::.::..:.... .: ::. .
mKIAA0 ALAHGADVNWANSDENQATPLIQAVLGGSLVTCEFLLQNGANVNQRDVQGRGPLHHATVL
660 670 680 690 700 710
650 660 670 680 690 700
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.. . :.:. :. . ..: :. ::.:: . . :: : :.: ... : :
mKIAA0 GHTGQVCLFLKRGANQHATDEEGKDPLSIAVEAANADIVTLLRLA---RMNEEMR-ESEG
720 730 740 750 760
710 720 730 740 750 760
mKIAA0 RLLHEDLDESDDDVDEKLQPSPNRREDRPVSFYQLGSSQFQSNAVSLARDTANLTKDKQR
: . ::. .:. . .. . .. .. .: :..:
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770 780 790 800
770 780 790 800 810 820
mKIAA0 GFGPSILQNETYGAILSGSPPSSQSIPPSTTSAPPLPPRNVGKDPLTTTPPPPVAKTSGT
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::. : ..: .:.::.: .: . :.
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...... .:.. ... ... .... .. .. : ::. : :: . .:.: :
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::: : :::::::::.::.: ::..:: :: . . ..::: : . : :.
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.::. : .. .: ::: .. . . ..: .:. .:. .. : :
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... . :. .:::::: : . .. ....:. . .. . ..:.::: :
mKIAA1 S--RDEVNETCGEGDGRTALHLACR---KGNVVLAQLLIWYGVDVMARDAHGNTALAYAR
880 890 900 910 920 930
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... ::. .::.
mKIAA1 QASSQECIDVLLQYGCPDERFVLMATPNLSRKSNSRNNSSGRAPSVI
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Smith-Waterman score: 370; 29.474% identity (31.111% ungapped) in 285 aa overlap (376-657:710-982)
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::. : ..: .:.::.: . .: . :.
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410 420 430 440 450 460
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...... .:. .. . .. . .. :. .. ::..: :::::.::: :
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740 750 760 770 780 790
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::: : :::::::::.::.: ::..:: :: :. ::: :.. : ..
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.::. :. :...: ::: . . . ..: ::...:. . :: :.:
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: .. . . : ::::. . . . :...:. .... . ..: ::: :
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mKIAA0 ARQAGSQLCADILLQHGCPGEGGSTATTPSAATTPSITATPSPRRRSSAASLGRVDTTIA
970 980 990 1000 1010 1020
970 residues in 1 query sequences
1768047 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]