FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA2032.ptfa, 981 aa vs ./tmplib.26680 library 1768036 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.8348+/-0.00988; mu= -26.4391+/- 0.652 mean_var=627.0342+/-154.050, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0512 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0618 ( 971 res) mfj10160 ( 971) 444 48 5.5e-06 >>mKIAA0618 ( 971 res) mfj10160 (971 aa) initn: 334 init1: 90 opt: 444 Z-score: 199.9 bits: 48.4 E(): 5.5e-06 Smith-Waterman score: 477; 26.027% identity (29.843% ungapped) in 876 aa overlap (170-979:59-888) 140 150 160 170 180 190 mKIAA2 SILSCFTFSKDKLAALELLASNIVDAQNSRPIEDLFRINMSEKKRCKRVLEQA-SKAGCK : ::: .:::. .:. . :. . . mKIAA0 VCWNGGHKKAVLSPRNSRMVCSPVTVRIAPPDSKLFRSSMSEQ-----ILDTTLSSPSSN 30 40 50 60 70 80 200 210 220 230 240 250 mKIAA2 APHAMISSCGTFPGNPYPKGKPSRINGIFPGTPLKKDGEEITNEGKGIAARILGPSKPPP :: . :. : : .: . :. ::.: :. . . : : : mKIAA0 AP----DPCAKETVLNALKEKKKRT--VAEEDQLHLDGQE--NKRRRHDSGGSGHSAFEP 90 100 110 120 130 260 270 280 290 300 310 mKIAA2 STYN--PHKPVPYPIPPCRPHATIAPSAYNN-----AGLVPLANVIAPGVPPPPPYTPNP . : : :: : : :. . . . : ... ::.. . :.: . . mKIAA0 LVANGVPAAFVPKPGSLKRSLASQSSDDHLNKRSRTSSVSSLASACTGGIPSSSRNAITS 140 150 160 170 180 190 320 330 340 350 360 mKIAA2 AGTDNEDLSS---QSKPTQSQTFSTPASQLFSPHGSSNPSTPAATPVPAVSPAKAVNHPS . .... .:. .: ::.: ::.:::. :..: :: .. . : mKIAA0 SYSSTRGISQLWKRSGPTSSP-FSSPASSR-----SQTPERPAKKTREEEPCQQSSSSPP 200 210 220 230 240 370 380 390 400 410 420 mKIAA2 VSAAATGAGMSATNTALAVFPTP--QPNTPNPTVIRTPSVPATPVTSTHSTTPTPVPSV- . . . : ..:.:. . . .: ::. . : .. : . : : : . mKIAA0 LVTDKESPGEKVTDTTTGKQQSSWTSPPTPGSSGQRKRKIQLLPSRRGDQLTLPPPPELG 250 260 270 280 290 300 430 440 450 460 470 mKIAA2 FSGLVPLPGLSATPTL----------PTQAS-SISRVTLASSETFASTCAPFSGHSSASS .: . . .: : .:: : . ..: :. : . .: .: mKIAA0 YSITAEDLDMERKASLQWFNKVLEDKPDDASASATDGPPSTSPPFTFTLPAVGPAASPAS 310 320 330 340 350 360 480 490 500 510 520 530 mKIAA2 TAGSASNPITAPLSSVFAGLPLPF---PPASHSIATPTPSVIASAAGPHGVNSPLLSALK . .:::. :... . : : : . ..:.:.: : . .::.: : mKIAA0 LPAPSSNPLLESLKKMQES-PAPSSSEPAEAATVAAPSPPKTPS------LLAPLVSPLA 370 380 390 400 410 420 540 550 560 570 580 590 mKIAA2 GFLTSNDTHLINSSALPSAVTSGLASLSSLPNRNSDSPASATNKCYPPAAVPAAQRSS-T : :.:. .:.. :.:. :::: ::. .:: .:.... ...::. :: : mKIAA0 GPLAST-----SSDSKPAATFLGLASASSITPL-TDSKSSGVSQAEQSVSTPASTASSPT 430 440 450 460 470 600 610 620 630 640 mKIAA2 PGLAMFPGLQSPVASATSVAPTLPA-QSPLATPS-TAVPVSCGSS---GSLLHGPHAGGI : .:. :. :: ::..:.: :: ::. : :.: : ..: .: . :.. mKIAA0 PKPSMLFGMLSPPASSSSLATPAPACASPMFKPIFPATPKSESDSPLPSSSSAATTASSS 480 490 500 510 520 530 650 660 670 680 690 mKIAA2 SSAPAAATM-----PVMIKSEPTSPPPSAFKGPAHPGTPVRGTLGLSGAL--GRGYPTTS .. :.::. :.. : :: . : . . : . : . :. : : : :.. mKIAA0 TAPPTAASTTPTFKPIFDKMEPFTAMPLSTPFSLKQTTATATTTATSAPLFTGLGTATST 540 550 560 570 580 590 700 710 720 730 740 750 mKIAA2 VPISVSTCLNPALSGLSSLSTPLAGSMSLPPHASSTPIAPVFTALPPFTSLTNSFPLPGS : .... . . :.. .. ..: .. ..:. .. . .. : ..:. : . :. mKIAA0 VASGTAASASKPVFGFGVTTAASTASSTMTSTSQSVLFGGAPSSAPALASI---FQF-GK 600 610 620 630 640 650 760 770 780 790 800 mKIAA2 PSLNPAVSLAGSS------TTTTSAAVHPSSATVRSVLPTSNASPAAF--P-LNLSTAVP : : ::.: ::.: ..: .:: . . . :.: ::...::. : :..:..: mKIAA0 P-LAPAASAAGTSFSQPLASSTQTAASNSGFSGFGSTLTTSTSAPATTSQPTLTFSNTVT 660 670 680 690 700 710 810 820 830 840 850 860 mKIAA2 SLFAVTQGPLPTS-NPSYPGFP-VSSAPS-GAPTLPSFPGLQAPST-VAVTPLPVAASAP : . :. .: .:. : .: ..: :. :: . :.: ::: . : .:::: mKIAA0 PTFNI---PFSSSAKPALPTYPGANSQPTFGATDGATKPAL-APSFGSSFTFGNSVASAP 720 730 740 750 760 870 880 890 900 910 920 mKIAA2 SPAPVLPGFASAFSSNFN--SALVAQAGLSSGLQAA-GS--SVFPGLLSLPGIPGFSQAP : ::. :.:: . :. .: .. : .. : : :: ::: .. ::. : mKIAA0 SAAPAPATFGSAAQPAFGGLKAAASTFGAPASTQPAFGSTTSVFS--FGSATTSGFGAAA 770 780 790 800 810 820 930 940 950 960 970 mKIAA2 PQSSLQELQHSAAAQSALLQQVHSASAL--ESYPAQADGF-----PSYPSTPGTPFSLQT .. . .:....: . ... : .. . :: . :: :. :: :: ::. . mKIAA0 TAATTTQTTNSGSSSSLFGSSAPSPFTFGGSAAPAGSGGFGLSATPGTSSTSGT-FSFGS 830 840 850 860 870 880 980 mKIAA2 GLSQSGWQ : ::: mKIAA0 G--QSGTPGTTTSFGSLSQNTLGAPSQGSPFAFSVGSTPESKPVFGGTSTPTFGQSAPAP 890 900 910 920 930 940 981 residues in 1 query sequences 1768036 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:58:07 2006 done: Mon Mar 27 10:58:09 2006 Scan time: 1.080 Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]