FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0934.ptfa, 1179 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767838 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.3811+/-0.00417; mu= 25.8939+/- 0.280
mean_var=75.0369+/-17.207, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 17 in 1/35
Lambda= 0.1481
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0184 ( 1483 res) mbg08693 (1483) 6692 1440 0
mKIAA1463 ( 961 res) mbg00760 ( 961) 5271 1136 0
>>mKIAA0184 ( 1483 res) mbg08693 (1483 aa)
initn: 6692 init1: 6692 opt: 6692 Z-score: 7717.0 bits: 1440.2 E(): 0
Smith-Waterman score: 6692; 81.223% identity (81.223% ungapped) in 1177 aa overlap (3-1179:307-1483)
10 20 30
mKIAA0 VRPGDRVALVFPNNDPAAFMVAFYGCLLAEVV
:::::::::::.::. ::::::::::::.:
mKIAA0 LTYGKLWSRSLKLAYTLLNKLTSKNEPLLNPGDRVALVFPNSDPVMFMVAFYGCLLAELV
280 290 300 310 320 330
40 50 60 70 80 90
mKIAA0 PVPIEVPLTRKDAGSQQIGFLLGSCGVTVALTSDACHKGLPKSPTGEIPQFKGWPKLLWF
:::::::::::::::::.::::::::::.:::.:::.:::::.::::. ::::: : :.
mKIAA0 PVPIEVPLTRKDAGSQQVGFLLGSCGVTLALTTDACQKGLPKAPTGEVATFKGWPPLAWL
340 350 360 370 380 390
100 110 120 130 140 150
mKIAA0 VTESKHLSKPPRDWFPHIKDANNDTAYIEYKTCKDGSVLGVTVTRIALLTHCQALTQACG
: ..:::..::.::.: .:... :::::::: :.::..::::.. .::..:::::::::
mKIAA0 VIDGKHLTRPPKDWYPLAQDTGSRTAYIEYKTSKEGSTVGVTVSHSSLLAQCQALTQACG
400 410 420 430 440 450
160 170 180 190 200 210
mKIAA0 YTEAETIVNVLDFKKDVGLWHGILTSVMNMMHVISIPYSLMKVNPLSWIQKVCQYKAKVA
::::::..::::::.:.:::::.:::::: ::::.:::.::::::::::::::.:::..:
mKIAA0 YTEAETLTNVLDFKRDAGLWHGVLTSVMNRMHVITIPYALMKVNPLSWIQKVCSYKARAA
460 470 480 490 500 510
220 230 240 250 260 270
mKIAA0 CVKSRDMHWALVAHRDQRDVNLSSLRMLIVADGANPWSISSCDAFLNVFQSKGLRQEVIC
::::::::.:.:.: :::: ::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::::
mKIAA0 LVKSRDMHWSLLAQRGQRDVCLSSLRMLIVADGANPWSISSCDAFLNVFQSRGLRPEVIC
520 530 540 550 560 570
280 290 300 310 320 330
mKIAA0 PCASSPEALTVAIRRPTDDSNQPPGRGVLSMHGLTYGVIRVDSEEKLSVLTVQDVGLVMP
:::::::::::::::: : .. :: ..::::.::.:::::::.::::::::::::: :::
mKIAA0 PCASSPEALTVAIRRPPDLGGPPPRKAVLSMNGLSYGVIRVDTEEKLSVLTVQDVGQVMP
580 590 600 610 620 630
340 350 360 370 380 390
mKIAA0 GAIMCSVKPDGIPQLCRTDEIGELCVCAVATGTSYYGLSGMTKNTFEVFPMTSSGAPISE
:: .: :: :: : ::.::::::.:: .:::::.:::: :.::::::. :.:..:.:.:.
mKIAA0 GASVCVVKVDGAPYLCKTDEIGEICVNSVATGTAYYGLLGITKNTFETVPVTADGVPVSD
640 650 660 670 680 690
400 410 420 430 440 450
mKIAA0 YPFIRTGLLGFVGPGGLVFVVGKMDGLMVVSGRRHNADDIVATALAVEPMKFVYRGRIAV
:: :::::::.:: .:::::::.::::::. ::::::::::::::::::::::::::::
mKIAA0 RPFTRTGLLGFIGPDNLVFVVGKLDGLMVVGVRRHNADDIVATALAVEPMKFVYRGRIAV
700 710 720 730 740 750
460 470 480 490 500 510
mKIAA0 FSVTVLHDERIVIVAEQRPDSTEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKTP
::::::::.:::.:::::::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
mKIAA0 FSVTVLHDDRIVLVAEQRPDASEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKAP
760 770 780 790 800 810
520 530 540 550 560 570
mKIAA0 LGGIHLSETKQLFLEGSLHPCNVLMCPHTCVTNLPKPRQKQPEIGPASVMVGNLVSGKRI
:::::.::::: ::::.::::::::::::::::::::::::::.::::..:::::.::::
mKIAA0 LGGIHISETKQRFLEGTLHPCNVLMCPHTCVTNLPKPRQKQPEVGPASMIVGNLVAGKRI
820 830 840 850 860 870
580 590 600 610 620 630
mKIAA0 AQASGRDLGQIEDNDQARKFLFLSEVLQWRAQTTPDHLLYTLLNCRGTIANSLTCVQLHK
::::::.:...::.:::::::::..::::::.::::: :. ::: .::.... ::.::::
mKIAA0 AQASGRELAHLEDSDQARKFLFLADVLQWRAHTTPDHPLFLLLNAKGTVTSTATCIQLHK
880 890 900 910 920 930
640 650 660 670 680 690
mKIAA0 RAEKIAVMLMERGHLQDGDHVALVYPPGIDLIAAFYGCLYAGCVPITVRPPHPQNIATTL
:::..:. :::.:.:. :::::::::::.::::::::::: ::::.:::::::::..:::
mKIAA0 RAERVAAALMEKGRLDAGDHVALVYPPGVDLIAAFYGCLYCGCVPVTVRPPHPQNLGTTL
940 950 960 970 980 990
700 710 720 730 740 750
mKIAA0 PTVKMIVEVSRSACLMTTQLICKLLRSREAAAAVDVRTWPLILDTDDLPKKRPAQIYKPS
::::::::::.:::...:: : .::.:.:::::::::::: ::::::.:::. :.:..:
mKIAA0 PTVKMIVEVSKSACVLSTQAITRLLKSKEAAAAVDVRTWPTILDTDDIPKKKVASIFRPP
1000 1010 1020 1030 1040 1050
760 770 780 790 800 810
mKIAA0 NPDTLAYLDFSVSTTGMLAGVKMSHAATSAFCRSIKLQCELYPSREVAICLDPYCGLGFV
.::.::::::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::..::::::::::::.
mKIAA0 SPDVLAYLDFSVSTTGILAGVKMSHAATSALCRSIKLQCELYPSRQIAICLDPYCGLGFA
1060 1070 1080 1090 1100 1110
820 830 840 850 860 870
mKIAA0 LWCLCSVYSGHQSILIPPSELETNPALWLLAVSQYKVRDTFCSYSVMELCTKGLGSQTES
:::::::::::::.:.:: :::.: .::: ::::::.: :::::::::.::::::.:: .
mKIAA0 LWCLCSVYSGHQSVLVPPLELESNVSLWLSAVSQYKARVTFCSYSVMEMCTKGLGAQTGA
1120 1130 1140 1150 1160 1170
880 890 900 910 920 930
mKIAA0 LKARGLDLSRVRTCVVVAEERPRIALTQSFSKLFKDLGLHPRAVSTSFGCRVNLAICLQG
:. .:..:: ::::.:::::::::.:::::::::::::: :::::.::::::.::::::
mKIAA0 LRMKGVNLSCVRTCMVVAEERPRISLTQSFSKLFKDLGLPARAVSTTFGCRVNVAICLQG
1180 1190 1200 1210 1220 1230
940 950 960 970 980 990
mKIAA0 TSGPDPTTVYVDMRALRHDRVRLVERGSPHSLPLMESGKILPGVRIIIANPETKGPLGDS
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..:::. :::::::::
mKIAA0 TTGPDPTTVYVDMRALRHDRVRLVERGSPHSLPLMESGKILPGVKVIIAHTETKGPLGDS
1240 1250 1260 1270 1280 1290
1000 1010 1020 1030 1040 1050
mKIAA0 HLGEIWVHSAHNASGYFTIYGDESLQSDHFNSRLSFGDTQTIWARTGYLGFLRRTELTDA
::::::: : :::.::.:.::.:.:..:::..::::::::::::::::::::::::::::
mKIAA0 HLGEIWVSSPHNATGYYTVYGEETLHADHFSARLSFGDTQTIWARTGYLGFLRRTELTDA
1300 1310 1320 1330 1340 1350
1060 1070 1080 1090 1100 1110
mKIAA0 NGERHDALYVVGALDEAMELRGMRYHPIDIETSVIRAHKSVTECAVFTWTNLLVVVVELD
.:::::::::::.:::..::::::::::::::::::::.:..::::::::::::::::::
mKIAA0 SGERHDALYVVGSLDETLELRGMRYHPIDIETSVIRAHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELD
1360 1370 1380 1390 1400 1410
1120 1130 1140 1150 1160 1170
mKIAA0 GSEQEALDLVPLVTNVVLEEHYLIVGVVVVVDIGVIPINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDP
: ::.::::: ::::::::::::.:::::.:: :::::::::::::::::::::::::::
mKIAA0 GLEQDALDLVALVTNVVLEEHYLVVGVVVIVDPGVIPINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDP
1420 1430 1440 1450 1460 1470
mKIAA0 IYVAYNM
:::::::
mKIAA0 IYVAYNM
1480
>>mKIAA1463 ( 961 res) mbg00760 (961 aa)
initn: 5269 init1: 4411 opt: 5271 Z-score: 6078.2 bits: 1136.4 E(): 0
Smith-Waterman score: 5271; 78.252% identity (78.333% ungapped) in 961 aa overlap (220-1179:1-961)
190 200 210 220 230 240
mKIAA0 YSLMKVNPLSWIQKVCQYKAKVACVKSRDMHWALVAHRDQRDVNLSSLRMLIVADGANPW
:::..::::::::.:::::::::.::::::
mKIAA1 HWAMMAHRDQRDVSLSSLRMLIVTDGANPW
10 20 30
250 260 270 280 290 300
mKIAA0 SISSCDAFLNVFQSKGLRQEVICPCASSPEALTVAIRRPTDDSNQPPGRGVLSMHGLTYG
:.:::::::..:::.::. :.:::::.: ::.::::::: . :::..:::.::.::
mKIAA1 SVSSCDAFLSLFQSHGLKPEAICPCATSAEAMTVAIRRPGVPGAPLPGRAILSMNGLSYG
40 50 60 70 80 90
310 320 330 340 350 360
mKIAA0 VIRVDSEEKLSVLTVQDVGLVMPGAIMCSVKPDGIPQLCRTDEIGELCVCAVATGTSYYG
::::..:.: :.::::::: ::::..:: :::::.:::::::::::.:: . . : :.:
mKIAA1 VIRVNTEDKNSALTVQDVGHVMPGGMMCIVKPDGLPQLCRTDEIGEICVSSRTGGMMYFG
100 110 120 130 140 150
370 380 390 400 410 420
mKIAA0 LSGMTKNTFEVFPMTSSGAPISEYPFIRTGLLGFVGPGGLVFVVGKMDGLMVVSGRRHNA
:.:.:::::::.:.::::.:... ::::.:::::::::.:::::::::::..::::::::
mKIAA1 LAGVTKNTFEVIPVTSSGSPVGDVPFIRSGLLGFVGPGSLVFVVGKMDGLLMVSGRRHNA
160 170 180 190 200 210
430 440 450 460 470 480
mKIAA0 DDIVATALAVEPMKFVYRGRIAVFSVTVLHDERIVIVAEQRPDSTEEDSFQWMSRVLQAI
::::::.:::: .: :::::::::::.:..:::::.:::::::..:::::::::::::::
mKIAA1 DDIVATGLAVESIKTVYRGRIAVFSVSVFYDERIVVVAEQRPDASEEDSFQWMSRVLQAI
220 230 240 250 260 270
490 500 510 520 530 540
mKIAA0 DSIHQVGVYCLALVPANTLPKTPLGGIHLSETKQLFLEGSLHPCNVLMCPHTCVTNLPKP
::::::::::::::::::::::::::::.:.::::::::::::::.::::::::::::::
mKIAA1 DSIHQVGVYCLALVPANTLPKTPLGGIHISQTKQLFLEGSLHPCNILMCPHTCVTNLPKP
280 290 300 310 320 330
550 560 570 580 590 600
mKIAA0 RQKQPEIGPASVMVGNLVSGKRIAQASGRDLGQIEDNDQARKFLFLSEVLQWRAQTTPDH
::::: .:::::::::::.:::::::.::::::::.:: .:: ::.:.::::::.::::
mKIAA1 RQKQPGVGPASVMVGNLVAGKRIAQAAGRDLGQIEENDLVRKHQFLAEILQWRAQATPDH
340 350 360 370 380 390
610 620 630 640 650 660
mKIAA0 LLYTLLNCRGTIANSLTCVQLHKRAEKIAVMLMERGHLQDGDHVALVYPPGIDLIAAFYG
.:. ::: .:: . . .:.:::::::.:: .: ..:::. ::.:.:.:::::.:::::::
mKIAA1 VLFMLLNAKGTTVCTASCLQLHKRAERIASVLGDKGHLNAGDNVVLLYPPGIELIAAFYG
400 410 420 430 440 450
670 680 690 700 710 720
mKIAA0 CLYAGCVPITVRPPHPQNIATTLPTVKMIVEVSRSACLMTTQLICKLLRSREAAAAVDVR
::::::.:.:::::: ::...:::::.:.:.::..::..::: . .::.::::::::::.
mKIAA1 CLYAGCIPVTVRPPHAQNLTATLPTVRMVVDVSKAACVLTTQTLMRLLKSREAAAAVDVK
460 470 480 490 500 510
730 740 750 760 770 780
mKIAA0 TWPLILDTDDLPKKRPAQIYKPSNPDTLAYLDFSVSTTGMLAGVKMSHAATSAFCRSIKL
::: :.::::::.:: :.::: .:. ::::::::::::::.::::::.:..:.::.:::
mKIAA1 TWPAIIDTDDLPRKRLPQLYKPPTPEMLAYLDFSVSTTGMLTGVKMSHSAVNALCRAIKL
520 530 540 550 560 570
790 800 810 820 830 840
mKIAA0 QCELYPSREVAICLDPYCGLGFVLWCLCSVYSGHQSILIPPSELETNPALWLLAVSQYKV
::::: ::..::::::::::::.:::::::::::::.:::: :::.: ::: .:.:::.
mKIAA1 QCELYSSRQIAICLDPYCGLGFALWCLCSVYSGHQSVLIPPMELENNLFLWLATVNQYKI
580 590 600 610 620 630
850 860 870 880 890 900
mKIAA0 RDTFCSYSVMELCTKGLGSQTESLKARGLDLSRVRTCVVVAEERPRIALTQSFSKLFKDL
::::::::::::::::::.:.: ::.::..:: .::::::::::::..: :::::::::.
mKIAA1 RDTFCSYSVMELCTKGLGNQVEVLKTRGINLSCIRTCVVVAEERPRVSLQQSFSKLFKDI
640 650 660 670 680 690
910 920 930 940 950 960
mKIAA0 GLHPRAVSTSFGCRVNLAICLQGTSGPDPTTVYVDMRALRHDRVRLVERGSPHSLPLMES
:: ::::::.:: :::.::::::::::::::::::...::::::::::::.:.:: : ::
mKIAA1 GLSPRAVSTTFGSRVNVAICLQGTSGPDPTTVYVDLKSLRHDRVRLVERGAPQSLLLSES
700 710 720 730 740 750
970 980 990 1000 1010 1020
mKIAA0 GKILPGVRIIIANPETKGPLGDSHLGEIWVHSAHNASGYFTIYGDESLQSDHFNSRLSFG
:::::::...:.:::::::.::::::::::.: :.::::.::: .:.::.::::.:::::
mKIAA1 GKILPGVKVVIVNPETKGPVGDSHLGEIWVNSPHTASGYYTIYDSETLQADHFNTRLSFG
760 770 780 790 800 810
1030 1040 1050 1060 1070 1080
mKIAA0 DT-QTIWARTGYLGFLRRTELTDANGERHDALYVVGALDEAMELRGMRYHPIDIETSVIR
:. ::.:::::::::.:::::: :.:::::::::::::::..::::.::::::::::: :
mKIAA1 DAAQTLWARTGYLGFVRRTELTAATGERHDALYVVGALDETLELRGLRYHPIDIETSVSR
820 830 840 850 860 870
1090 1100 1110 1120 1130 1140
mKIAA0 AHKSVTECAVFTWTNLLVVVVELDGSEQEALDLVPLVTNVVLEEHYLIVGVVVVVDIGVI
.:.:..::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::: ::.
mKIAA1 VHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELCGSEQEALDLVPLVTNVVLEEHYLIVGVVVVVDPGVV
880 890 900 910 920 930
1150 1160 1170
mKIAA0 PINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDPIYVAYNM
:::::::::::::::.:::::::::::::::
mKIAA1 PINSRGEKQRMHLRDSFLADQLDPIYVAYNM
940 950 960
1179 residues in 1 query sequences
1767838 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:32:17 2006 done: Mon Mar 27 10:32:18 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]