# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj02256.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0373.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0373, 1370 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7900293 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7050+/-0.000208; mu= 7.3522+/- 0.011 mean_var=164.0994+/-31.864, 0's: 33 Z-trim: 144 B-trim: 427 in 2/63 Lambda= 0.100120 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|118595720|sp|Q6A078.2|CE290_MOUSE RecName: Full (2472) 8433 1232.0 0 gi|163965444|ref|NP_666121.2| centrosomal protein (2479) 8433 1232.0 0 gi|209364558|ref|NP_001129227.1| centrosomal prote (2479) 8010 1170.9 0 gi|119392290|gb|ABL74279.1| centrosomal protein ce (2479) 7514 1099.2 0 gi|73977517|ref|XP_865300.1| PREDICTED: similar to (1539) 7503 1097.4 0 gi|73977515|ref|XP_539708.2| PREDICTED: similar to (2480) 7503 1097.7 0 gi|109098159|ref|XP_001100925.1| PREDICTED: centro (1539) 7499 1096.8 0 gi|109098157|ref|XP_001101114.1| PREDICTED: centro (2480) 7499 1097.1 0 gi|51571895|tpg|DAA05591.1| TPA: TPA_exp: centroso (2479) 7476 1093.7 0 gi|116241294|sp|O15078.2|CE290_HUMAN RecName: Full (2479) 7476 1093.7 0 gi|119617820|gb|EAW97414.1| centrosomal protein 29 (2484) 7476 1093.8 0 gi|149742891|ref|XP_001491574.1| PREDICTED: simila (2480) 7373 1078.9 0 gi|194037700|ref|XP_001928242.1| PREDICTED: simila (2481) 7369 1078.3 0 gi|119617819|gb|EAW97413.1| centrosomal protein 29 (2141) 6951 1017.8 0 gi|149638002|ref|XP_001511673.1| PREDICTED: simila (2514) 6378 935.2 0 gi|148689712|gb|EDL21659.1| mCG12157 [Mus musculus (2421) 6279 920.8 0 gi|116241293|sp|Q9TU23.2|CE290_BOVIN RecName: Full (1468) 6026 884.1 0 gi|118082366|ref|XP_416130.2| PREDICTED: similar t (2469) 5742 843.3 0 gi|126339493|ref|XP_001373528.1| PREDICTED: simila (2300) 5503 808.7 0 gi|119365083|sp|P85001.1|CE290_DANRE RecName: Full (2439) 5001 736.2 6.2e-209 gi|26325892|dbj|BAC26700.1| unnamed protein produc ( 808) 4954 728.9 3.3e-207 gi|224094182|ref|XP_002192788.1| PREDICTED: centro (2447) 4852 714.7 1.9e-202 gi|11385646|gb|AAG34904.1|AF273044_1 CTCL tumor an ( 761) 4024 594.6 8.6e-167 gi|140832807|gb|AAI35771.1| LOC100125168 protein [ (1069) 3403 505.0 1.1e-139 gi|211827963|gb|AAH04690.2| Cep290 protein [Mus mu ( 695) 2957 440.4 2e-120 gi|112362137|gb|AAI20446.1| CEP290 protein [Bos ta ( 663) 2384 357.6 1.6e-95 gi|198423448|ref|XP_002121206.1| PREDICTED: simila (1639) 1890 286.7 8.8e-74 gi|115970027|ref|XP_001183119.1| PREDICTED: simila ( 472) 1531 234.3 1.6e-58 gi|72020866|ref|XP_790657.1| PREDICTED: similar to ( 450) 1462 224.3 1.5e-55 gi|156220099|gb|EDO40972.1| predicted protein [Nem ( 396) 1340 206.6 2.8e-50 gi|221110573|ref|XP_002157036.1| PREDICTED: simila ( 752) 1251 194.0 3.2e-46 gi|47220555|emb|CAG05581.1| unnamed protein produc (1401) 1215 189.1 1.8e-44 gi|156208030|gb|EDO29675.1| predicted protein [Nem ( 775) 1071 168.0 2.2e-38 gi|121900914|gb|EAY05939.1| 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protein produ (1748) 584 98.1 5.6e-17 gi|89295855|gb|EAR93843.1| hypothetical protein TT (1762) 583 97.9 6.3e-17 gi|121896827|gb|EAY01967.1| viral A-type inclusion (2098) 582 97.9 7.8e-17 gi|89308027|gb|EAS06015.1| hypothetical protein TT (2198) 577 97.2 1.3e-16 >>gi|118595720|sp|Q6A078.2|CE290_MOUSE RecName: Full=Cen (2472 aa) initn: 8433 init1: 8433 opt: 8433 Z-score: 6586.4 bits: 1232.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 8433; 99.270% identity (99.854% similar) in 1370 aa overlap (1-1370:1103-2472) 10 20 30 mKIAA0 LDAQKVEQMLRDELADSVTKAVSDADRQRI :::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 MYEHLRTSLKQMEERNFELETKFTELTKINLDAQKVEQMLRDELADSVTKAVSDADRQRI 1080 1090 1100 1110 1120 1130 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 LELEKSEVELKVEVSKLREISDIAKRQVDFLNSQQQSREKEVESLRTQLLDFQAQSDEKA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 LELEKSEVELKVEVSKLREISDIAKRQVDFLNSQQQSREKEVESLRTQLLDFQAQSDEKA 1140 1150 1160 1170 1180 1190 100 110 120 130 140 150 mKIAA0 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