# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mfj01101.fasta.nr -Q ../query/mFLJ00238.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mFLJ00238, 1452 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7892563 sequences
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mean_var=144.9041+/-27.957, 0's: 28 Z-trim: 155 B-trim: 24 in 2/64
Lambda= 0.106545
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|74185188|dbj|BAE43322.1| unnamed protein produc ( 611) 4012 629.5 2.3e-177
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gi|149632063|ref|XP_001513687.1| PREDICTED: simila (1503) 3213 507.1 3.9e-140
gi|126341636|ref|XP_001379568.1| PREDICTED: simila (1457) 2432 387.0 5.3e-104
gi|74217173|dbj|BAC38178.2| unnamed protein produc ( 366) 2342 372.5 3e-100
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gi|47213905|emb|CAF95847.1| unnamed protein produc (1569) 1441 234.7 4e-58
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gi|194040855|ref|XP_001926910.1| PREDICTED: simila ( 211) 1275 208.3 4.9e-51
gi|18676678|dbj|BAB84991.1| FLJ00238 protein [Homo ( 204) 1066 176.1 2.2e-41
gi|10435317|dbj|BAB14559.1| unnamed protein produc ( 254) 1045 173.0 2.4e-40
gi|13938195|gb|AAH07218.1| FYCO1 protein [Homo sap ( 255) 1045 173.0 2.4e-40
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gi|47215877|emb|CAG12269.1| unnamed protein produc (1417) 951 159.4 1.7e-35
gi|41688291|dbj|BAD08645.1| hypothetical protein [ ( 149) 919 153.4 1.2e-34
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gi|149637984|ref|XP_001510589.1| PREDICTED: simila (1453) 668 115.9 2.2e-22
gi|23495223|gb|AAN35553.1|AE014834_50 liver stage (1596) 666 115.6 2.9e-22
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gi|73978187|ref|XP_532649.2| PREDICTED: similar to (1514) 656 114.0 8.2e-22
gi|224094344|ref|XP_002188833.1| PREDICTED: early (1408) 650 113.1 1.5e-21
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gi|194226653|ref|XP_001915836.1| PREDICTED: simila (1494) 645 112.3 2.6e-21
gi|194043814|ref|XP_001924842.1| PREDICTED: simila ( 591) 637 110.7 3.3e-21
gi|194037681|ref|XP_001926390.1| PREDICTED: simila (1410) 641 111.7 3.8e-21
gi|76363511|sp|Q8BL66.2|EEA1_MOUSE RecName: Full=E (1411) 640 111.5 4.3e-21
gi|126339640|ref|XP_001369350.1| PREDICTED: simila (1493) 638 111.3 5.5e-21
gi|21629318|gb|AAM68995.1|AC125735_25 hypothetical (2354) 639 111.6 6.7e-21
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gi|114646201|ref|XP_522610.2| PREDICTED: early end (1411) 628 109.7 1.5e-20
gi|34222508|sp|Q15075.1|EEA1_HUMAN RecName: Full=E (1411) 626 109.4 1.9e-20
gi|1016368|gb|AAA79121.1| endosome-associated prot (1410) 619 108.3 4e-20
gi|189531622|ref|XP_691200.3| PREDICTED: similar t (1394) 618 108.2 4.4e-20
>>gi|81901948|sp|Q8VDC1.1|FYCO1_MOUSE RecName: Full=FYVE (1437 aa)
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Smith-Waterman score: 9225; 100.000% identity (100.000% similar) in 1437 aa overlap (16-1452:1-1437)
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gi|819 DRPVIYDGSDFP
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Smith-Waterman score: 9213; 99.930% identity (99.930% similar) in 1438 aa overlap (16-1452:1-1438)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|159 RGSLGRENQLLASLSERLARAEKGEKTPPDTELHQEPVPADLVLKFQELKGKLQALEGEN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|159 TEAQELNRQQSIKLEQLAKELQLKEEARASLAHLVKDVVPLQEELSGKKQESAQLRRQLQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::
gi|159 VDRPVIYDGSDFP
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:::: ::::::::::::.:.::::::::.::::::: ::.:: : :.:::::.:. ::.:
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: ::::.::::::::: :.:::: :. ::.:::::::.::.:::::::::::.:::::
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:.:::::::::.::::::::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::
gi|149 ESLAHLSSVEEELAEARQQEKQHREEKQLLEQEAKSLTWQLQLLETQLGQVSQLVSDLEE
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:::::::..:::::.:::::::::.:: :::..::::: :.::.::::::.::
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:.:.:::: :::::. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::..:::::.::::..:::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::.:: ::::::::::::::::::::.:::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::.:::
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::::::.:::::::::::.::::.::::::::.:::::::::::::::::.::. .::::
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::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::.::: :::::::::::::::::::::.:::::::::: :
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::.:
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.::::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::: :::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: :::::::::::
gi|149 FSSDPKSISFSVVFQETEDTPLDQCKVLIPTTRCNSHKESIRGQLKVRTPGIYLLIFDNT
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:::::::::.:::::::::::::::::
gi|149 FSRFISKKVFYHLTVDRPVIYDGSDFP
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>>gi|32172768|gb|AAH53712.1| Fyco1 protein [Mus musculus (871 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|321 TEAQELNRQQSIKLEQLAKELQLKEEARASLAHLVKDVVPLQEELSGKKQESAQLRRQLQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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gi|321 QKKQLMQERDHLSQRVGTLEQLAEVHGPPQSAEMPEKRQQCLREEQVNNSTVSEAEQEEL
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gi|321 QKELQNMVDRNQLLEGKLQALQTDYKALQQREAAIQGSLASLEAEQASIRHLGNQMEASL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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>>gi|119585157|gb|EAW64753.1| FYVE and coiled-coil domai (1478 aa)
initn: 6377 init1: 3857 opt: 4690 Z-score: 3899.2 bits: 734.1 E(): 1.8e-208
Smith-Waterman score: 7139; 76.168% identity (89.709% similar) in 1477 aa overlap (16-1451:1-1477)
10 20 30 40 50 60
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:::...:.::::::::::::.::::.::.:.::::::::::::::
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250 260 270 280 290 300
mFLJ00 NEALESFDEMRLELDQLEVREKQLQERVQQLDRENQALRMLVSRQGGQLQVEKEMGYLAV
:::::.:::::::::::::::::::::.:::::::: :: ::.:: :::.:.: : :.
gi|110 NEALEGFDEMRLELDQLEVREKQLQERMQQLDRENQELRAAVSQQGEQLQTERERGRTAA
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
mFLJ00 EDSIGLVSLVAELQKQGDVSQAT---VKKLQSCLQALELNVDKKE--YSPSALQLENM--
::.. :. :::::::: .:.::: ::.::.:::.:::.. .:: : . .::.:
gi|110 EDNVRLTCLVAELQKQWEVTQATQNTVKELQTCLQGLELGAAEKEEDYHTALRRLESMLQ
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360 370 380 390 400 410
mFLJ00 --AKELDTVRGSLGRENQLLASLSERLARAEKGEKTPPDTELHQEPVPADLVLKFQELKG
:.::...: :: ..:: :::. :: :.. : ::. .:::.:.: . ..:::
gi|110 PLAQELEATRDSLDKKNQHLASFPGWLAMAQQKADTASDTKGRQEPIPSDAAQEMQELGE
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mFLJ00 KLQALEGENTEAQELNRQQSIKLEQLAKELQLKEEARASLAHLVKDVVPLQEELSGKKQE
:::::: : :...:.::::: .::::.:::::::.::::: .:::...::::::::: ::
gi|110 KLQALERERTKVEEVNRQQSAQLEQLVKELQLKEDARASLERLVKEMAPLQEELSGKGQE
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mFLJ00 SAQLRRQLQESLAHLSSVEEELAEARQQEKQHREEKQLLEQEATSLTWQLQLLETQLGQV
. :: :.::: ::: :: :::::: :...::..:::.:::::. ::: :::.:::::.::
gi|110 ADQLWRRLQELLAHTSSWEEELAELRREKKQQQEEKELLEQEVRSLTRQLQFLETQLAQV
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mFLJ00 SQLVSDLEEQKKQLMQERDHLSQRVGTLEQLAEVHGP--PQSAEM---------------
:: :::::::::::.:..:::::.:: ::.:: :: : ..:
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mFLJ00 --PEKRQQCLREEQVNNSTVSEAEQEE--------LQKELQNMVDRNQLLEGKLQALQTD
::..:. :.: :.... :.:. ::: :.:::::.: :::::::::::::.:
gi|110 GKPEEEQRGLQEAQLDDTKVQEGSQEEELRQANRELEKELQNVVGRNQLLEGKLQALQAD
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mFLJ00 YKALQQREAAIQGSLASLEAEQASIRHLGNQMEASLLAVKKAKETMKAQVAEKEAALQSK
:.::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::.::::.::::.::::: ::::
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690 700 710 720 730 740
mFLJ00 ESECQRLQEEADQCRLQAEAQAQELRALENQCQQQIQLIEVLSAEKGQQGLSLPQVN---
:.:::.:.::..::. :::. .::::::.::::: ::::::.:::::::.. : :
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mFLJ00 --TDQLALSQAQLEIHQGEAQRLQNEVVDLQAKLQVALGDRDKLQSQLGVAETVLREHKT
. ::::::::::.::::.:::: .:::::::...:: :.::.::::..::.:::::::
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:::::::::::::::::::::::::::: :::: .::..:.:::::: ::::..::::
gi|110 LVQQLKEQNEALNRAHVQELLQCSEREGALQEERADEAQQREEELRALQEELSQAKCSSE
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:.:::::::.::::::::::::::::::::.::.:.::::: .:::::.:::: .::.
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::: :: ::::::.::::.:::. ::.:. ::::::::::: ::::::.:::: ..:::
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::::::::.:.:::.:.::: ::.::::::.::: ..:::..:. :.: : :::.:::.
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1040 1050 1060 1070 1080 1090
mFLJ00 HLAECQATLLRKDEESTMLQTSLERTQKELEKATSKIQEYYNKLCQEVTNRERNDQKMLA
:::::::..::::.:.. :. .::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
gi|110 HLAECQAAMLRKDKEGAALREDLERTQKELEKATTKIQEYYNKLCQEVTNRERNDQKMLA
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::: :.::: :::::
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1160 1170 1180 1190 1200 1210
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:::.::::::::::::::::::::::..: .:::::::::::::..:: :: ::::::::
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:::::: .::: .::. :.:: :. :::::::::::::::::::::::::::::::::
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mFLJ00 DSMDPNTAEQDTTSNSLTPEDTEDVPMGQDAEICLLKSGELMIKLPLTVEEVASFGEGSR
::.:::.:::::::.:::::::::.:.:::.:::::::::::::.::::.:.::::::::
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mFLJ00 ELFVRSSTYSLITITVAEPGLTISWVFSSDPKSISFSVVFQETEDTPLDQCKVLIPTTRC
:::::::::::: ::::: :::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
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:::::::.:::::: ::::.::::::::::.::::.::::::::::::::::
gi|110 NSHKENIQGQLKVRTPGIYMLIFDNTFSRFVSKKVFYHLTVDRPVIYDGSDFL
1430 1440 1450 1460 1470
>>gi|30722350|emb|CAD91151.1| hypothetical protein [Homo (1478 aa)
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:::...:.::::::::::::.::::.::.:.::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::: ::::::::::
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::.::::::::::::::.:..:::.:::::::::::::::.:::::::.:..::: ::
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mFLJ00 --AKELDTVRGSLGRENQLLASLSERLARAEKGEKTPPDTELHQEPVPADLVLKFQELKG
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. :: :.::: ::: :: :::::: :...::..:::.:::::. ::: :::.:::::.::
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::..:. :.: :.... :.:. ::: :.:::::.: :::::::::::::.:
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::: :.::: :::::
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mFLJ00 DSMDPNTAEQDTTSNSLTPEDTEDVPMGQDAEICLLKSGELMIKLPLTVEEVASFGEGSR
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gi|307 ELFVRSSTYSLIPITVAEAGLTISWVFSSDPKSISFSVVFQEAEDTPLDQCKVLIPTTRC
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gi|307 NSHKENIQGQLKVRTPGIYMLIFDNTFSRFVSKKVFYHLTVDRPVIYDGSDFL
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>>gi|13276231|emb|CAC33883.1| FYVE and coiled-coil domai (1478 aa)
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gi|132 EDNVRLTCLVAELQKQWEVTQATQNTVKELQTCLQALELGAAEKEEDYHTALRRLESMLQ
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]