FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA4248.ptfa, 1059 aa vs ./tmplib.26680 library 1767958 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2670+/-0.00692; mu= 4.0668+/- 0.460 mean_var=276.8442+/-66.321, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0771 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4206 ( 1093 res) mbg03925 (1093) 1347 164 1.2e-40 mKIAA1474 ( 1050 res) mfj34038 (1050) 1125 139 3.1e-33 >>mKIAA4206 ( 1093 res) mbg03925 (1093 aa) initn: 2655 init1: 955 opt: 1347 Z-score: 822.4 bits: 163.9 E(): 1.2e-40 Smith-Waterman score: 3236; 50.361% identity (55.357% ungapped) in 1108 aa overlap (29-1059:9-1093) 10 20 30 40 50 60 mKIAA4 EPQKDERDCGPRARLGAGAPEVRLELSRAMPRRKQQAPKRAAGYAQEEVLKEEEEIKEEE .:::::::::.:.:.:. :: :: : .: mKIAA4 GDGCGGPSSMPRRKQQAPRRSAAYVPEEELKAAEI---DE 10 20 30 70 80 90 100 110 120 mKIAA4 EEEEDSGSVAQHQSSNDTGTDEELETGPEQKGYFSCQNSPGSHLSNQDAENESLLSDASD :. ::.: . : : . . .:: : : : :::: : .:::: : .:..:: mKIAA4 EHAEDGGLSLDIQES-EFACNEETEIKEAQ----SYQNSPVSTATNQDAGYGSPFSEGSD 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 mKIAA4 QVSDVKSVCGRDVSDKKANTHPKLPSEPHNCMDKMTAVYANILSDSYWSGLGLGFKLSNS :.. :: .:. .:. . : : :.. . .. :::::..:.: ::.:.: .: ::: mKIAA4 QLAHFKSSSSRE--EKEESQCPDSVSYPQDSLAQIKAVYANLFSESCWSSLALDLKKSNS 100 110 120 130 140 150 190 200 mKIAA4 ERRNCD----------------------------------------TRNSSGKNDFDWHQ : : : ..:... .:::: mKIAA4 ATSNNDASQKESSTPTPTPPTSTASTACTTATTAITSCSTSTSHSSTTSNSSSSGYDWHQ 160 170 180 190 200 210 210 220 230 240 250 260 mKIAA4 DALSKSLQQNLPSRSVSKPSLFSSVQLYRQSSKLCGSVFTGASRFRCRQCSAAYDTLVEL ::.:.:::. . .:::::.::::::..:: ::::::::.:::..::::::::::: mKIAA4 AALAKTLQQTSSYGLLPEPSLFSTVQLYRQNNKLYGSVFTGASKFRCKDCSAAYDTLVEL 220 230 240 250 260 270 270 280 290 300 310 mKIAA4 TVHMNETGHYQDDNRKKDKLRPTSYSKPRKRAFQDMD-KEDAQKVLKCMFCGDSFDSLQD ::::::::::.:::: ::. . .::::::....:. :::::::::::.:: ::.:::: mKIAA4 TVHMNETGHYRDDNRDKDSEKTKRWSKPRKRSLMEMEGKEDAQKVLKCMYCGHSFESLQD 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 360 370 mKIAA4 LSVHMIKTKHYQKVPLKEPVPTISSKMVTPAKKRVF-DVNRPCSPD----STTGSLADSF :::::::::::::::::::::.:. :.: .:::.. :. ::::. .: .:..: mKIAA4 LSVHMIKTKHYQKVPLKEPVPAIT-KLVPSTKKRALQDLASPCSPEPTGVATEVALSESA 340 350 360 370 380 380 390 400 410 420 430 mKIAA4 SSQKSANLQLPSNSRYGYQNGASYTWQFEACKSQILKCMECGSSHDTLQQLTTHMMVTGH ..::.:: . :.:::::::::::::::: :.:::::::::::::::::::.::::::: mKIAA4 KDQKTANPYVTPNNRYGYQNGASYTWQFEARKAQILKCMECGSSHDTLQQLTAHMMVTGH 390 400 410 420 430 440 440 450 460 470 480 mKIAA4 FLKVTSSASKKGKQLVLDPLAVEKMQSLSETPNSESLAP----KPSSNSPSECTASTT-- :::::.:::::::::::::.. ::.::. :.... : : . .::. .:: mKIAA4 FLKVTTSASKKGKQLVLDPVVEEKIQSIPLPPTTHTRLPASSIKKQPDSPAGSVASEEKK 450 460 470 480 490 500 490 500 510 520 530 540 mKIAA4 ELKKESKKEKGEGI--EDEQGVKSEDYEDSLQKPLDPTIKYQYLREEDLEDGSKGGGDIL : .::..:::. . :. .: :. ::. .: ..:: :::::::::.:. ::: ::: mKIAA4 EPEKEKEKEKAPPAAGDAERKIK-EETEDATEK-FEPTALYQYLREEDLDDSPKGGVDIL 510 520 530 540 550 560 550 560 570 580 590 600 mKIAA4 KSLENTVTTAINKAQNGAPSWSAYPSIHAAYQLSEGTKPPMAMGSQILQIRPNLANKLRP :::::::.:::.:::::::::..:::::::::: :: :. . : .::.:. :.... mKIAA4 KSLENTVSTAISKAQNGAPSWGGYPSIHAAYQLP-GTVKPLQSAVQSVQIQPSYASSVKS 570 580 590 600 610 620 610 620 630 640 650 660 mKIAA4 IAPKWKGMPLGPVPTSLALYTQVKKETEDKDEVVKQCGKESPHEEATSFSQPEGESFSKI .. .. : : ::. . .. . .. : : :: : ..: . .. . : mKIAA4 LSSTEHNALLHS-PGSLTPPPHKSNVSAMEELVEKVTGKVSIKKEERPTEKEKSSPVKAI 630 640 650 660 670 680 670 680 690 700 mKIAA4 EPPSESRKAEPCPLKEEEKPQKE------------------KPEPLEPVSS-LTNGCAP- : .. : : . ::::. :. ::... .::::. mKIAA4 SPVAKENKDLPKTEETGSKPQKKGSDSETGKAKKESTLDAHTPNGTEPLKAKVTNGCGHL 690 700 710 720 730 740 710 720 730 740 750 760 mKIAA4 ---ANHTPALPSINPLSALQSVLNNHLGKATEPLRSPSCSSPNSSTSPVFHKSSLHVVDK ..:.: :::::::::..:.::::...:. ::. . ...: : ..:: mKIAA4 GIITDHSPEPSFINPLSALQSIMNTHLGKVSKPV------SPSLDPLAMLYKISNSMLDK 750 760 770 780 790 770 780 790 800 810 820 mKIAA4 PVISPTSTRPAASVARHYLFENTDQPIDLTKSKSKRAESSQAQSCTSPPQKHALCDIADM :: : .. : .. :.: .::.::::::::::.: :. :.. .:: .. :: ::.:: mKIAA4 PVYPTTPAKQADAIDRYY-YENSDQPIDLTKSKNKPLVSGVADAVSSPLRESALMDISDM 800 810 820 830 840 850 830 840 850 860 870 880 mKIAA4 VKVLPKATTPKPAASSRVPPMKLEIDVRRFEDVSSEVSTLHKRKGRQSNWNPQHLLILQA :: : ::: .. : : : . : ::.. .:.: .:::::::::::::::::::: mKIAA4 VKNLTGRLTPKSSTPSTVSE-KSDADGSSFEEALDELSPVHKRKGRQSNWNPQHLLILQA 860 870 880 890 900 910 890 900 910 920 930 940 mKIAA4 QFASSLFQTSEGKYLLSDLGPQERMQISKFTGLSMTTISHWLANVKYQLRKTGGTKFLKN :::::: .:.::::..::::::::..::::::::::::::::::::::::.::::::::: mKIAA4 QFASSLRETAEGKYIMSDLGPQERVHISKFTGLSMTTISHWLANVKYQLRRTGGTKFLKN 920 930 940 950 960 970 950 960 970 980 990 1000 mKIAA4 MDKGHPIFYCSDCASQFRTPSTYISHLESHLGFQMKDMTRMAADQQSKVEQEISRVSSAQ .: :::.:.:.:::::::: :::.::::.::::..::.... .: .. .. .:.. . . mKIAA4 LDTGHPVFFCNDCASQFRTASTYVSHLETHLGFSLKDLSKLPLSQIQEQQSVVSKALTNK 980 990 1000 1010 1020 1030 1010 1020 1030 1040 1050 mKIAA4 RSPETIAGEEDTDSKFKCKLCRRTFVSKHAVKLHLSKTHSKSPEHHSQFVADVDEE ..::: : :.:::: :::.:::::::::::::.:::: : .:...... mKIAA4 TLGPLGSSEEDLGSTFQCKLCNRTFASKHAVKLHLSKTHGKSPEDHLIYVTELEKQ 1040 1050 1060 1070 1080 1090 >>mKIAA1474 ( 1050 res) mfj34038 (1050 aa) initn: 2191 init1: 729 opt: 1125 Z-score: 689.1 bits: 139.2 E(): 3.1e-33 Smith-Waterman score: 2852; 48.337% identity (53.061% ungapped) in 1022 aa overlap (113-1059:45-1050) 90 100 110 120 130 140 mKIAA4 ELETGPEQKGYFSCQNSPGSHLSNQDAENESLLSDASDQVSDVKSVCGRDVSDKKANTHP :: :..::...: .: .. . : : mKIAA1 TCVQRRNSARPALATRTHRPLSSPAMKWTASLTSETSDRMADFESSSIKNEEETKEVQVP 20 30 40 50 60 70 150 160 170 180 190 mKIAA4 KLPSEPHNCMDKMTAVYANILSDSYWSGLGLGFKLSNSERRNCDTRNSS------GKNDF . . ...: ::: :.::.::::.:.:... .:: . .. .:: :...: mKIAA1 LEDTTVSDSLEQMKAVYNNFLSNSYWSNLNLNLHQPSSENNGGSSSSSSSSSSSCGSGSF 80 90 100 110 120 130 200 210 220 230 240 250 mKIAA4 DWHQDALSKSLQQNLPSRSVSKPSLFSSVQLYRQSSKLCGSVFTGASRFRCRQCSAAYDT ::::.:..:.::: .: . .:::::.:::::::::: ::.:::::.:::..::::::: mKIAA1 DWHQSAMAKTLQQVSQNRMLPEPSLFSTVQLYRQSSKLYGSIFTGASKFRCKDCSAAYDT 140 150 160 170 180 190 260 270 280 290 300 310 mKIAA4 LVELTVHMNETGHYQDDNRKKDKLRPTSYSKPRKRAFQDMD-KEDAQKVLKCMFCGDSFD ::::::::::::::.:::.. :. : .::::::.. .:. :::::::::::.:: ::. mKIAA1 LVELTVHMNETGHYRDDNHETDNNNPKRWSKPRKRSLLEMEGKEDAQKVLKCMYCGHSFE 200 210 220 230 240 250 320 330 340 350 360 370 mKIAA4 SLQDLSVHMIKTKHYQKVPLKEPVPTISSKMVTPAKKR-VFDVNRPCSPDSTTGS----L :::::::::::::::::::::::: ...:.. :.:. .... : ::::: :. : mKIAA1 SLQDLSVHMIKTKHYQKVPLKEPVTPVAAKIIPAARKKPSLELELPSSPDSTGGTPKATL 260 270 280 290 300 310 380 390 400 410 420 mKIAA4 ADSFSS-QKSANLQLPSNSRYGYQNGASYTWQFEACKSQILKCMECGSSHDTLQQLTTHM .:. .. ::..: . :.:::.::::::.:.::: ::::::::::::::::::.::.:: mKIAA1 SDASDALQKNSNPYITPNNRYGHQNGASYAWHFEARKSQILKCMECGSSHDTLQELTAHM 320 330 340 350 360 370 430 440 450 460 470 480 mKIAA4 MVTGHFLKVTSSASKKGKQLVLDPLAVEKMQSLSETPNSESLAPKPSSNSPSECTASTT- ::::::.:::.:: :::: .. :.. :.: .: :: . .:::. ::.. mKIAA1 MVTGHFIKVTNSAMKKGKPIMETPVTPTITTLLDEKVQSVPLAAT-TFTSPSNTPASVSP 380 390 400 410 420 430 490 500 510 520 530 540 mKIAA4 ----ELKKESKKEKGEGIEDEQGVKSEDYEDSLQKPLDPTIKYQYLREEDLEDGSKGGGD :.::: :::. . ::. . : . .: : . ::.:: :.:::.. ::: : mKIAA1 KLAVEIKKEVDKEKA--VPDEKPKEREKPSEEEEK-YDISSKYHYLTENDLEESPKGGLD 440 450 460 470 480 490 550 560 570 580 590 600 mKIAA4 ILKSLENTVTTAINKAQNGAPSWSAYPSIHAAYQLSEGTKPPMAMGSQILQIRPNLANK- ::::::::::.::::::::.:::..:::::::::: . : .. ... ..: ..:. mKIAA1 ILKSLENTVTSAINKAQNGTPSWGGYPSIHAAYQLPNMMKLSLGSSGKSTPLKPMFGNSE 500 510 520 530 540 550 610 620 630 640 650 mKIAA4 -LRPIAPKWKGMP----LGPVPTS--LALYTQVKKETED----KDEVVKQCGKESPHEEA . : . : .:.: . :. ::: :: .... . :: :: ..: mKIAA1 IVSPTKTQTLVSPPSSQTSPMPKTNFHAMEELVKKVTEKVAKVEEKMKEPEGKLSPPKRA 560 570 580 590 600 610 660 670 680 690 mKIAA4 TS--FSQPEGESFSKIEPPSE----SRKAEPCPLKEEEKPQKEKPEPLE-------PVSS : :. ..: . :.: :. :.. : : .. : . . ::.: :.:. mKIAA1 TPSPCSSEQSEPI-KMEASSDGGFKSQENSPSPPRDACKEASPSAEPVENGKELVKPLSG 620 630 640 650 660 700 710 720 730 740 750 mKIAA4 LTNGCAP--ANHTPALPSINPLSALQSVLNNHLGKATEPLRSPSCSSPNSSTSPVFHKSS .: . ..: : : .:::::::::.: :::::..: : : . .. : : mKIAA1 GLSGSTAIITDHPPEQPFVNPLSALQSVMNIHLGKAAKP------SLPALDPMSMLFKMS 670 680 690 700 710 720 760 770 780 790 800 mKIAA4 LHVVDKPVIS---PTSTRPAASVARHYLFENTDQPIDLTKSKSKRAES-----------S ...: ... : ... : . :.. :.::::::::.:: .. : : mKIAA1 NSLAEKAAVATPPPLQAKKAEHLDRYFYHVNNDQPIDLTKGKSDKGCSLGSGLLSPTSTS 730 740 750 760 770 780 810 820 830 840 mKIAA4 QAQSCT----------------SPPQKHALCDIADMVKVLPKATTPKPAASSRVPPMKLE : : . :: ...:: ::.::.: : .. : : .. : . : . mKIAA1 PATSSSTVTTAKTSAVVSFMSNSPLRENALSDISDMLKNLTESHTSKSSTPSSISE-KSD 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 mKIAA4 IDVRRFEDVSSEVSTLHKRKGRQSNWNPQHLLILQAQFASSLFQTSEGKYLLSDLGPQER :: .:. . : . .::::::::::::::::::::::.:: :::::::..:::.:::: mKIAA1 IDGATLEE-AEESTPAQKRKGRQSNWNPQHLLILQAQFAASLRQTSEGKYIMSDLSPQER 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 mKIAA4 MQISKFTGLSMTTISHWLANVKYQLRKTGGTKFLKNMDKGHPIFYCSDCASQFRTPSTYI :.::.:::::::::::::::::::::.:::::::::.: :::.:.:.:::::.::::::: mKIAA1 MHISRFTGLSMTTISHWLANVKYQLRRTGGTKFLKNLDTGHPVFFCNDCASQIRTPSTYI 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 mKIAA4 SHLESHLGFQMKDMTRMAADQQSKVEQEISRVSSAQRSPETIAGEEDTDSKFKCKLCRRT :::::::::...:.......: ....:....: ... : . ::: . ..:::: :: mKIAA1 SHLESHLGFRLRDLSKLSTEQ---INNQIAQTKSPSEKLVTSSPEEDLGTTYQCKLCNRT 970 980 990 1000 1010 1030 1040 1050 mKIAA4 FVSKHAVKLHLSKTHSKSPEHHSQFVADVDEE :.:::::::::::::.:::: : ::...... mKIAA1 FASKHAVKLHLSKTHGKSPEDHLLFVSELEKQ 1020 1030 1040 1050 1059 residues in 1 query sequences 1767958 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 11:06:23 2006 done: Mon Mar 27 11:06:25 2006 Scan time: 1.060 Display time: 0.220 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]