# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mej02761.fasta.nr -Q ../query/mKIAA4018.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA4018, 606 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7900943 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4863+/-0.000189; mu= 11.0052+/- 0.011 mean_var=83.8065+/-16.145, 0's: 53 Z-trim: 173 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.140099 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|28302239|gb|AAH46591.1| Lrrc1 protein [Mus musc ( 596) 3905 799.3 0 gi|50400985|sp|Q80VQ1.2|LRRC1_MOUSE RecName: Full= ( 524) 3415 700.2 4.2e-199 gi|149019124|gb|EDL77765.1| similar to RIKEN cDNA ( 524) 3298 676.5 5.5e-192 gi|50925909|gb|AAH79423.1| Leucine rich repeat con ( 524) 3297 676.3 6.4e-192 gi|114607924|ref|XP_001156152.1| PREDICTED: leucin ( 524) 3226 662.0 1.3e-187 gi|109071543|ref|XP_001109225.1| PREDICTED: leucin ( 524) 3222 661.2 2.3e-187 gi|50401149|sp|Q9BTT6.1|LRRC1_HUMAN RecName: Full= ( 524) 3220 660.8 3.1e-187 gi|158257928|dbj|BAF84937.1| unnamed protein produ ( 524) 3219 660.6 3.5e-187 gi|114607926|ref|XP_518548.2| PREDICTED: leucine r ( 527) 3210 658.7 1.3e-186 gi|194677560|ref|XP_001787645.1| PREDICTED: simila ( 524) 3202 657.1 3.8e-186 gi|67970427|dbj|BAE01556.1| unnamed protein produc ( 518) 3190 654.7 2e-185 gi|194223618|ref|XP_001918318.1| PREDICTED: simila ( 520) 3168 650.3 4.5e-184 gi|148694403|gb|EDL26350.1| leucine rich repeat co ( 479) 3041 624.6 2.2e-176 gi|73973382|ref|XP_538968.2| PREDICTED: similar to ( 712) 3038 624.1 4.6e-176 gi|224048615|ref|XP_002195329.1| PREDICTED: leucin ( 524) 2998 615.9 9.9e-174 gi|126310265|ref|XP_001371328.1| PREDICTED: simila ( 525) 2977 611.7 1.9e-172 gi|40675662|gb|AAH64859.1| Hypothetical protein MG ( 524) 2861 588.2 2.1e-165 gi|49523200|gb|AAH75175.1| Scrp1 protein [Xenopus ( 524) 2859 587.8 2.8e-165 gi|26349893|dbj|BAC38586.1| unnamed protein produc ( 443) 2848 585.5 1.2e-164 gi|54038577|gb|AAH84248.1| LOC495083 protein [Xeno ( 524) 2843 584.6 2.7e-164 gi|149019125|gb|EDL77766.1| similar to RIKEN cDNA ( 443) 2740 563.7 4.4e-158 gi|60551959|gb|AAH90814.1| Zgc:101523 [Danio rerio ( 526) 2663 548.2 2.4e-153 gi|118088954|ref|XP_419907.2| PREDICTED: similar t ( 473) 2659 547.3 3.9e-153 gi|194040253|ref|XP_001927723.1| PREDICTED: simila ( 510) 2604 536.3 9.1e-150 gi|118087465|ref|XP_427026.2| PREDICTED: similar t (1699) 2179 450.8 1.7e-123 gi|26341692|dbj|BAC34508.1| unnamed protein produc ( 349) 2137 441.7 1.8e-121 gi|119602602|gb|EAW82196.1| scribbled homolog (Dro ( 756) 2109 436.3 1.6e-119 gi|148697570|gb|EDL29517.1| scribbled homolog (Dro ( 965) 2107 436.0 2.6e-119 gi|18032008|gb|AAL38976.1| scribble [Homo sapiens] (1630) 2109 436.6 2.9e-119 gi|119602604|gb|EAW82198.1| scribbled homolog (Dro (1631) 2109 436.6 2.9e-119 gi|148921804|gb|AAI46322.1| Scribbled homolog (Dro (1655) 2109 436.6 3e-119 gi|119602603|gb|EAW82197.1| scribbled homolog (Dro (1656) 2109 436.6 3e-119 gi|148697569|gb|EDL29516.1| scribbled homolog (Dro (1669) 2107 436.2 3.9e-119 gi|38173753|gb|AAH60689.1| Scrib protein [Mus musc ( 929) 2100 434.6 6.7e-119 gi|148697568|gb|EDL29515.1| scribbled homolog (Dro (1040) 2100 434.6 7.3e-119 gi|149066144|gb|EDM16017.1| similar to PDZ-domain (1038) 2099 434.4 8.4e-119 gi|38566048|gb|AAH62888.1| Scrib protein [Mus musc (1612) 2100 434.8 1e-118 gi|50400983|sp|Q80U72.2|LAP4_MOUSE RecName: Full=P (1612) 2100 434.8 1e-118 gi|148697567|gb|EDL29514.1| scribbled homolog (Dro (1637) 2100 434.8 1e-118 gi|148697571|gb|EDL29518.1| scribbled homolog (Dro (1646) 2100 434.8 1e-118 gi|16974785|gb|AAL32469.1|AF441233_1 PDZ-domain pr (1665) 2100 434.8 1e-118 gi|149066147|gb|EDM16020.1| similar to PDZ-domain (1635) 2099 434.6 1.2e-118 gi|149066146|gb|EDM16019.1| similar to PDZ-domain (1638) 2099 434.6 1.2e-118 gi|194215174|ref|XP_001916975.1| PREDICTED: scribb (1642) 2099 434.6 1.2e-118 gi|149066145|gb|EDM16018.1| similar to PDZ-domain (1663) 2099 434.6 1.2e-118 gi|149019123|gb|EDL77764.1| similar to RIKEN cDNA ( 341) 2087 431.6 1.9e-118 gi|71000206|dbj|BAE07162.1| scribble1 [Danio rerio (1724) 2089 432.6 5e-118 gi|47228901|emb|CAG09416.1| unnamed protein produc ( 452) 2012 416.6 8.7e-114 gi|47221194|emb|CAG05515.1| unnamed protein produc (1944) 1863 386.9 3.1e-104 gi|212507758|gb|EEB11620.1| leucine-rich repeat-co (1463) 1818 377.7 1.4e-101 >>gi|28302239|gb|AAH46591.1| Lrrc1 protein [Mus musculus (596 aa) initn: 3905 init1: 3905 opt: 3905 Z-score: 4265.3 bits: 799.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 3905; 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